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。第一裁判官托马斯·?托尔克马达（1420—1498）实施了恐怖的统治，许多犹太人遭到了屠杀。宗教裁判所一直密切监视着改宗的犹太人，显示出对犹太人总体上根深蒂固的怀疑，并带来了一些丑恶且新颖的成见，特别是相信犹太人的血液是恶劣的，带来恶劣的性格，不可逆转，因为它通过遗传一代代地传承下来。就是以这种方式，生物学的种族主义首次在历史上出现，显然它的形式是初级的，但十分恶毒，足以让人们相信，纳粹分子并非第一个痴迷于血液污染和血液净化的。只是十三年后，当基督徒完成了西班牙的征服后，费迪南和伊莎贝拉把犹太人驱除出西班牙，1498年葡萄牙也模仿了西班牙。到1500年，整个西欧，除了德国和奥地利的一些地区，都没有犹太人了。
到中世纪末叶，犹太人已经脱离了实际的人类生存，变为“没有人性的”神话中的恶魔人物。因此，对犹太人的仇恨被认为是美德。事实上，正如史蒂文·?卡茨提示我们的，一个人越是仇恨犹太人，就越是虔诚。因此，纳粹并没有创立犹太人在精神上是邪恶的信念，教会已经显示这一点。纳粹分子给这一神话的信念增添的是其起源的不同解释。他们认为邪恶存在于犹太人的血液中，而非其宗教中。他们处理犹太人的方式也不一样，是从速的种族灭绝。正如后来所说的，中世纪对犹太人问题的解决要么改宗皈依，要么被驱逐出境；如果做不到这点的话，人们就允许犹太人作为局外人强迫集中居住，成为边缘化的存在，无论他们到哪里都被贴上标签，受到鄙视。基督徒不借助种族灭绝行动来解决犹太人问题的原因是，基督徒伦理建立在爱和对罪恶的宽恕上，不允许犯有这样不敬神的罪行。
移民和强迫集中居住
到1500年，世界犹太人的文化中心从西南欧（意大利、西班牙、葡萄牙、法国）迁移到东北欧（波兰、俄国西部）。犹太人伟大的黄金年代与犹太人—穆斯林—基督徒在伊比利亚半岛的合作相联系，它在经济和文化两个方面极大地丰富了世界，因此也肯定了弗朗茨·?鲍斯的观点：“文化的进步依赖于提供给一个社会群体能够向他的邻里学习经验的机会。”但是，黄金时代到此走到了尽头。伊比利亚的犹太人作鸟兽散，在土耳其、巴勒斯坦、叙利亚，甚至新世界找到了自己的避难所。近东的犹太人被称为“塞法迪犹太人”（西班牙或葡萄牙籍的犹太人或其后裔），他们对自己的伊比利亚传统、高度神秘和思考性的神学、秘传的民俗、先进的商业技能感到骄傲。北部的犹太人大量拥入波兰和俄国西部，他们具有高度发达的文化修养感和商业才能，这些都有利于东欧落后的乡村。这些东欧的犹太人，也就是人们熟知的“阿什肯纳兹犹太人”（德系犹太人），他们讲的是被称为意第绪语的德语和希伯来语混合的方言，他们遵守犹太教士严格的规则，在自己的社区中过着与外界隔离的生活。这些在奥地利和德国四处生活的犹太人被强迫在称为“犹太社区”的地方集中居住，在隔离的居住区中生活。这些地方通常位于城镇最恶劣的地区，人口拥挤不堪。在这些隔离的强迫集中居住区生活的犹太人，被基督徒社区严格控制。犹太人不得不支付随意的、特别高的赋税，并佩戴专门的黄色徽章或帽子。他们被禁止与基督徒社交，并在夜晚禁止离开他们的居住区。
三百多年来（1500—1800）——准确的时间依据居住地的不同而不同——犹太人基本上是被隔离的，被强迫集中居住，但是，变化之风也冲击着他们孤立而充满焦虑的生活。基督徒的宗教战争（1540—1648）把整个欧洲带入强烈的宗教仇恨的战场，也侵害了欧洲的犹太人，特别是那些依然生活在德国的犹太人。新教改革之父马丁·?路德是一个神经质的天才，具有本质上属于中世纪的思想，他以彻底的、毫不含糊的、来自对绝对之物深切需求的对立观点看待世界。一旦他发现真理，一旦他看见真理，他就会以尖刻的挖苦和鄙视去谴责所有不符合他自己观点的所有观点。路德可以作为分裂和矛盾人格的教科书典型。正如海因里希·?海涅所说：
他是一个梦想的神秘主义者，也是一个行动的实践者。他的思想不仅有翅膀，也有手。他是冷酷的、学究型的作家，也是一个充满灵感的、沉迷于上帝的预言家。白日长时间地投入辛苦的劳作，总结出教义上的差异；夜晚拿起长笛，仰望星空，灵魂融化在旋律和奉献中。同样一个人，能够像渔妇一样破口大骂，也可以像少女一样多愁善感。
路德起初向犹太人伸出援手，因为他在感情上认同由他所鄙视为魔鬼的罗马天主教会让犹太人所承受的痛苦。他提醒他的德国同胞，耶稣是一位犹太人，他教诲了爱的纯洁的信条，因而基督徒的责任就是用爱和怜悯之心去对待犹太人，特别是当他看到天主教不能实现基督徒理想的时候。在一本作于1523年的名为《耶稣基督生来是犹太人》的小册子里，他说：
最初的传道者是犹太人，假如他们对待我们这些异教徒犹如我们这些异教徒对待犹太人一样的话，在犹太人当中就不会再有一位基督徒……我们应该以亲如兄弟的态度对犹太人加以报答，这样我们可以使他们中的一些人改宗皈依……我们只是异教徒，而他们是基督的后代。我们是异邦人和外来人，他们是基督的血亲、兄弟姐妹。
这段文字写于1523年，当时他和天主教会之间的斗争达到高潮。二十年后的1543年，在路德宗内部和外部发生了漫长的、十分保守而反对改革的斗争，路德将自己的怒气发泄到犹太人身上。他谴责他们是阴险的寄生虫，“坐在火炉边暴饮暴食，塞满自己的肚子。一边烤着梨子，一边放屁。他们剥削着我们的钱财”。在对犹太人物质贪婪的商业信条给予更严酷的道德谴责的同时，路德还提醒他的读者，犹太人犯有杀害基督，以及与魔鬼交易的罪行。他说：
第一，他们烧毁了他们自己的教会或学校……
第二，我建议拆除和焚毁他们的房屋……
第三，我建议没收他们所有的祈祷书和《塔木德经》的文本，它们教唆人们通奸、说谎、诅咒、亵渎……
第四，我建议禁止他们的祭司布道。
第五，我建议剥夺犹太人在公路上的安全通行。
第六，我建议没收他们的所有现金和金银财富……
第七，……让所有的人能够向他们投掷硫黄和石块。
……让他们像疯狗一样被赶出德国。
如此尖刻的言语有时达到了污秽的程度，正如路德许多情绪的爆发都是在他狂暴的时候。这些言语使得一些历史学家确信：“第一位伟大的德国民族预言家和德语的锻造者，确立了犹太人这个词彻底贬抑的和完全可怕的意义。”同时也让他们确信，路德对犹太人发起的攻击比希特勒在《我的奋斗》中人们所发现的更为邪恶；他整个启示录式的思考——犹太人在其中是魔鬼的孩子——是通往大屠杀之路的关键第一步。对路德的指控存有一定的真实性，因为在整个中世纪的神学家当中还找不到可以和路德恶毒攻击犹太人相匹配的事例；回想起来，甚至圣约翰·?克利索斯托的反犹太人的爆发相较而言也远为温和，当时犹太人和基督徒势均力敌，为争夺皈依者相互竞争。确实，马丁·?路德引发了宗教战争而非大屠杀，他与阿道夫·?希特勒分享了——假设不在同样一个世界——同样的对犹太人的刻骨仇恨，这种仇恨显示出明显的鬼神学的特征。然而，路德是基督徒，而非种族主义者。尽管他的爆发走到了极端，但他相信犹太人是根据上帝的形象创造出来的人类，是可以拯救的。他没有塑造产生希特勒的世界或者思想框架。路德和他的支持者所做的，只是集中了现存的中世纪对犹太人的偏见，将它们留存于未来；当纳粹犯下大屠杀罪恶之际，其贡献在于，如果邪恶横行于市，势必出现良心的钝化。
路德发起的宗教改革带来了宗教狂热状态的强化，这种狂热加剧了现存的反犹太人的态度。然而，基督徒倾向于相互灭绝的事实意味着：先前很大程度上为犹太人保留的灭绝愤怒被替代了，因而得到了些许的减轻。这一例外发生在东欧。中世纪后期，犹太人在那里发现了庇护所，建立了稳固的国中之国。波兰国王没有理会天主教神职人员的反对，给予波兰的犹太人优厚的待遇，以致1565年一个教皇的使团惊讶地发现：“在这些地区可以发现大批的犹太人，他们没有遭受到在其他地方遇到的轻蔑……他们拥有土地，从事商业活动，研究医学和天文学。他们拥有大量的财富，不仅被视为令人尊重的人，还成为了领导……总之，他们具有所有的公民权利。”然而，这种状况注定没有得到延续。波兰在17世纪因为没有能力创造一个强大的、集权化的国家，它开始衰落了。此时，内部的分裂恶化为严重的动荡。最不吉利的事情发生在1648年。那时，乌克兰的俄罗斯农民——他们大多数是东正教徒——反抗他们的波兰地主以及代表他们利益的犹太金融代理商。俄罗斯农民的造反导致了对犹太人和波兰人的大范围屠杀，最终导致了俄波战争，瑞典后来也参与其中，最后演化为任何人都可以参与其中的混战，十万犹太人遭到屠杀。
东欧的犹太人对这些通常被认为是自十字军东征以来最糟糕的屠杀作出了回应，他们退却到管理有序的孤岛世界，在严格的《塔木德经》研习的围墙后面把自己埋藏起来，这种情况在立陶宛和白俄罗斯尤其明显。然而，对于这种原教旨主义来说，有一个例外发生在波兰南部和乌克兰，在那里，类似于欧洲的福音派教会的基督教运动，诸如德国的虔信派和英国的卫理宗，犹太教出现了感情上的转向，除了对《塔木德经》持有更为自由的解释之外，犹太教信仰者们还在犹太教奥秘派以及犹太人的民间传说和诗歌中重新发现了丰富的神秘主义传统。他们自发地发现一种内心的宗教，它点燃了炽热的救世希望，这一宗教在富有人格魅力的传教士摩尔达维亚的伊斯雷尔·?本·?埃里泽（1700—1760）手上达到了顶峰。他的追随者被称为哈西德派教徒，他们把自己的名字给予了最伟大而神秘的现代犹太教——哈西德派。
启蒙运动和解放运动
西欧对犹太人的观点和态度的根本性变化发生在启蒙运动年代。启蒙运动自身是三个世纪来反对古代宗教和世俗权威的顶峰。启蒙运动最显著的推进是对世界的“去神话化”，是把世界重新定义为只是处于运动中的事物，它服从于能够被人类心智理解的理性进程。启蒙思想者具有新的科学原则和更宽广的人文视野，他们是通过重新发现古典遗产获得的这一视野。启蒙思想者试图规划新的人文主义宇宙观，以取代旧的宗教宇宙观，并且相应地来改造世界。启蒙运动之光来自它的中心法国，并成为了一场国际性的思想运动。它主要得到前卫知识分子的支持，他们系统地阐述了欧洲发达国家正在兴起的商业阶层的价值观念。这些得到广泛的大城市市民和中产阶级利益支撑的价值观念断言：所有人生来自由平等，应该从传统的、专制的控制方式中解放出来。对于一些人来说，这些新的人类解放的信条以及与其对应的词汇和短语——“理性”“进步”“人类尊严”“被统治者同意的政府”“自由事业”——都几乎变成了世俗的千年运动，这一运动旨在用更新的材料建设中世纪的上帝之城。
基督教千年精神演变为其世俗的对应物是无可否认的，不过，不同的是得到这种世俗的拯救所依靠的方法。正如卡尔·?贝克所认为的，18世纪不是13世纪的重演，而是以西方文明为轴心的激进变化，从上帝和超自然的力量变为人类及其世俗的希望和渴望。拯救的方法也是不同的；科学作为方法取代了宗教,依靠这种方法，人们能够征服古老的敌人（无知、迷信、贫穷、战争），得到世俗的天堂。换句话说，启蒙运动是人类意识的一次重大的定位；同样重要的是，它也是心理上的转变，因为它说出了更乐观的、更宽容的话语。启蒙运动宣称人类本质上是良善的，良善的生活应该在此生的财富中，而非在来世中追求。所有这一切都可以通过有意义的社会和政治变化来实现。
启蒙运动许多设想后面的精神是新科学，它的支持者需要一个合作的、累积的、经验的和进步的世界；它的自我纠正原则允许采用旧的神学从未能够采用的方式纠正错误，因为新的科学不像信仰是建立在教条和未经检验的前提之上的，它要求经验上可以确定的事实。毫无疑问，鉴于对科学的这种信仰，对宗教的信仰必定会消失，事实也是如此。约翰·?洛克作出了最初的努力，英国的自然神论者阐述了纯粹“理性的”、消除奇迹或神秘元素的宗教，从此开始，启蒙运动稳固地沿着哲学怀疑论、世俗人文主义、无信仰的方向发展。宗教变得越来越理性主义，越来越没有神秘感、激情感或来世的成分。尽管18世纪依然保留了对基督教传统的信奉，但是它的哲学先锋（伏尔泰、休谟、卢梭、康德、莱辛、杰斐逊）在本质上持有自然神论和怀疑论的思想。他们倡议更广泛的宗教宽容，在观念上希望政教分离。
像所有被压迫的少数人一样，犹太人欢迎