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系教授兼系主任后，曾昭燏把母亲和昭鏻、昭楣两个妹妹接来南京，一同居住在曾昭抡的家宅中。据游寿说：“有一天遇到曾昭燏，她在外语系一年级，我叫她转到中文系，学文字学，再学一点文献、考古文物，这样前途较广阔。她在第二年转到中文系，以后我们共同构写了甲骨文前后编，用蝉翼笺影写，请胡小石先生题词。”1曾昭燏记下师生诗词唱和，其乐融融的情景：“师生平喜诵吴梦窗《点绛唇》‘明月茫茫，夜来应照南桥路……’一词，用其韵至再至三，群弟子亦和之。余和曰：‘小阁飞空，一池碧映垂杨路；绛云深处，听尽潇潇雨。’”
青年时期的曾昭燏。
1935年3月，曾昭燏告别师友，自费去英国留学。尽管后来金陵大学国学研究班主编的《文史丛刊·小学研究》上还刊有她的论文《读契文举例》，但她的研究方向已开始从文字转向器物，从案头走向田野……
1937年年初，中研院史语所考古组主任、中博院筹备处主任李济应邀到欧洲讲学。他是哈佛大学人类学博士，组织了数次安阳发掘，赢得了国际声誉。他在英国受到伦敦大学研究院学习考古学的几位中国留学生的热情追随，其中有吴金鼎与陪读夫人王介忱、夏鼐和曾昭燏。他们对这位来自万里之遥祖国的师友十分敬慕。在伦敦期间，李济患骨节病住进医院，异国他乡多有不便，幸亏有王介忱与曾昭燏两位女性跑上跑下，悉心照料，经过二十余天的治疗才逐渐康复。夏鼐日记有载：1月23日“约了李先生，及吴君夫妇、向觉民、曾昭燏等，到北平楼聚餐”。1月26日“晚间赴曾君之约，为李先生洗尘。他们看戏去，自己不去”。1月30日“晚间赴吴君之约聚餐，李先生及曾女士皆在座，谈至10时半始散”。2月22日“下午至李先生处，曾君亦在，闲谈着考古学方面的事情，至傍晚始返”。3月21日“至皇家丘陵看李先生，他的骨节病仍没痊愈，……有一个小灶房，每天中午由吴太太来做，晚餐由曾女士来做。”4月1日“傍晚至李先生处，约他明天到大学学院参观博物馆，曾、俞二女士皆在座，坐到夜深12时许始散。他们所谈的，几可作《儒林外史》读。”2李济也关心他们的现状和未来，并动员他们日后回国到史语所或中博院工作。
1937年6月初，曾昭燏以学术论文《中国古代铜器铭文与花纹》，得到导师叶慈的赞许并获文学硕士学位。这篇论文实乃一部专著，文中所列古代铜器上的600种徽识，是从2082件青铜器中整理得来。此时，曾昭燏已得到中博院的津贴，并按照要求，前往德国柏林国家博物馆和慕尼黑德意志博物馆实习考察，了解发达国家的博物馆现状。这多半出于李济的安排，意在培养未来的工作伙伴。数月前，李济考察慕尼黑的德意志博物馆后，感叹“真是如入宝山！看了十天，尚未尽兴”，他印象最深的是，飞行器的陈列竟是从昆虫及飞鸟的飞行姿态开始的。由这些标本再看到各种现代的飞机及模型，“对于飞机的结构，好像自己已是解人了”。借助博物馆普及科学知识，推进科学在中国生根，是他最大的心愿。
曾昭燏到达柏林的那天，突闻卢沟桥事变爆发，她“感觉沉闷愤激”。直到八一三淞沪抗战爆发的消息传来，她才“以万分振奋的心情，注视这战事的发展，而且慎重地考虑自己能在这抗战中做些什么事”。1938年9月，曾昭燏舍弃在伦敦大学考古学院任助教的优裕条件，离开英国，经德国到法国乘海轮回国，同船的还有费孝通、杨周翰等人。他们从香港经越南10月29日始抵昆明。11月，曾昭燏欲回湘迎接母亲，后在桂林，母女俩竟意外重逢。
1939年1月曾昭燏携母到达昆明。她来到城郊龙泉镇的中博院，担任专门设计委员。此时的中博院，可谓考古学的重镇。曾昭燏与伦敦大学考古学博士吴金鼎及夫人王介忱等，“所从事的田野工作及其方法正代表了当时英国甚至可以说是世界的较高水平”。信心满满的李济拟订了一份西南考古计划：“过去十余年来，华北考古之结果，证明中华远古之文化，确有一部分来自西南，吾人为欲了解全部中国文化之渊源起见，现拟按照下列计划，从事西南考古。
曾昭燏（中）1938年在德国柏林。
兹拟实地调查西南古迹，颁藉吾人所熟知之汉族遗物为线索，先求汉族遗迹之分布，再就地层先后，以推求汉化以前之他族文化，及汉化后所产出之特色……”3他派吴金鼎先去滇西摸底。吴金鼎11月中旬出发，经大理、邓川、洱源、鹤庆、丽江、滨川诸县，在大理境内发现了数处史前遗址。
1939年春，吴金鼎、曾昭燏、王介忱三人组织发掘团，前往大理调查古迹。洱海之滨苍山脚下，他们就地招聘白族青壮年四十多人参加田野发掘， 自3月开工，一鼓作气完成马龙佛顶峰的发掘。“于此万里投荒，绝圣弃智，反易安详。”闲暇之时，曾昭燏写了几首小诗，兹录其《寄怀子淋约廉柏林》，诗曰：
金袂凌风绝世姿，参天雕柱亦威仪。一城芳草终季绿，惆怅无繇共赋诗。丧乱飘流各海涯，月明同动故园思。秦鬟妆镜今犹昨，休话莫愁夜泛时。4
11月23日，尚在佛顶峰考古工地的曾昭燏，忽得母亲病亡的电报，顿时如五雷轰顶。“伤哉！遂为无母之人，此生尚有何趣味也！”她急赴昆明，为母亲吊丧。此时，昭抡、昭鏻、昭楣均在昆明，昭承、绍杰也从重庆赶来奔丧，唯有在北平协和医学院攻读博士的昭懿远在北方，无法回来送别母亲。曾昭燏泪眼和墨写下祭文，内中有“烽燧满天，乡邦难返，谨奉遗体暂厝昆明近郊，一俟寇氛肃清，江南底定，当扶柩而北归，庶合葬于先垄”等愿语。1940年1月2日，曾氏兄妹将母亲葬于龙泉镇瓦窑村的右山上。1月14日，曾昭燏即忍悲吞泣返回大理考古工地。直到2月15日，始完成在大理马龙、佛顶、中和、龙泉等遗址的考察，共发现新石器时代至汉、晋和南诏大理国时期文化遗址三十八处，以及南诏大理国以来的古墓葬十七座。此次考古发掘的收获，“证明此次在大理之发现，实代表一特殊系统之史前文化，似可与黄河流域之仰韶、龙山两文化并列。此文化之初次发现，即在点苍山与洱海附近，故定名曰‘苍洱文化’”；“足证其与中华远古之其他文化有相当关系”。返回昆明，他们开始整理发掘出土物，撰写发掘报告。战乱之时，何处安放平静的书桌？直到1942年，曾昭燏、吴金鼎、王介忱才联合署名出版《云南苍洱境考古报告》。其中“点苍山下所出古代有字残瓦”一章，由曾昭燏执笔，全书的英文摘要亦由她撰写。由于当时印刷条件极为困难，全书数十万字均由她用毛笔誊写，在李庄石印出版。后人评说：“这本书对研究云南地区的远古文化及大理国文化的研究，提供了很有价值的资料，且有开创性的功绩。”51940年，日机轰炸昆明，中博院与中研院史语所等单位将迁往四川南溪县李庄镇。行前，曾昭燏“陪仲兄（曾昭承）往拜母亲墓，于瓦窑村一带山上徘徊甚久”。
1940年11月底，中博院迁到李庄。1941年2月，曾昭燏被任命为中博院总干事，襄助主任李济，负责日常工作。中博院绘图员索予明回忆：
我的顶头上司曾昭燏小姐，她是一位工作十分认真的主管……她学识好，能力高，受到傅斯年赏识，礼聘进入中博院。三十八年抵台，胡适之先生到了台中，就询问：曾小姐来了没？没有来，好可惜，那是个人材啊！这是大家对她的评价。我认识的曾小姐：干练，有抱负，外文好，工作严肃又认真。我们尊敬她又怕她，跟她在一个办公室里工作，除了跑厕所，差不多都坐在位子上工作，一点都不敢偷懒马虎。曾小姐也是位考古学者，她的考古工作做得十分出色。6
1941年春，曾昭燏参加由中研院史语所、中博院、中国营造学社三家合组的川康古迹考察团，团长吴金鼎，团员有夏鼐、曾昭燏、王介忱、赵青芳、高去寻、陈明达等。首选目标是位于岷江中游的彭山江口镇汉墓。她在《永元残墓清理报告》中写道：
1941年6月12日，与吴金鼎君自寂照庵北行，往寨子山调查。于山之西向半腰上，见有近代石工所开之大缺口，其近处有一洞，盖一已开之崖墓。入其内，见墓室尚完好，唯石椁破片与泥土堆积不平。吴君忽于墓之尽头处左侧，发现一内室，室门外两侧石上，各有刻字一行。向内一行过暗，不能读。向洞口一行，有“永元十四年三月廿六日”字样。既已知墓之年代，当即决意全部加以清理。
1944年（民国三十三年）中博院的催粮信函。
15日，再往访此墓，为内室门侧刻字二行作拓片。内室不见天光，甚暗，持灯入，见瓦棺残片及泥土堆积，于土中拾得残陶数十片而归。16日，率一工人往，将内室瓦棺碎片，堆于一处，室内泥土，全清理一遍，凡遗物皆为拾出。19日，清理外室左面石椁内之积土。20日，为内外二室作平面剖面各图，工作遂毕。7
曾的文字表明，当时的发掘已按照现代田野考古的科学方法操作，其地层学和类型学方法得到了很好的应用。
总干事曾昭燏不能长久在外。她写道：“1942年3月，因博物馆的需要，我从彭山绕道重庆回李庄，在博物馆里面工作……李济对我非常信任，我一面作博物馆的基本工作，例如保管、编目等，打下基础，一方面保持着我这部门不被腐化……同事中只有王天木支持我。”8为改变这种状况，她以女性特有的细腻关心来培养新人。
1939年，曾昭燏与吴金鼎、王介忱在大理上末村作考古发掘时，认识了青年画家李霖灿。当时李在大理“三月街”写生，被人误为“画地图”，被警察押送至县政府。县长知道抓错了人，就对李霖灿说：“你既然认识中央研究院的，就到乡下取个‘保’回来，也好了结这桩公案”。随即派一名警察陪同李霖灿到上末村工地。不多一会儿，曾小姐的公文写好交给警察，李霖灿始得脱身。李也由此见识了曾昭燏的一手好书法，及指挥考古发掘的技能。于是他在上末村工作站住下来，晴天跟他们上苍山坡头学考古。李霖灿在一篇文章中写道：“初出茅庐的我，第一次接触到学术机关的空气温馨，这一点温馨，影响到我后来的终身要从事研究工作的决定。”来到李庄，在李济、董作宾和曾昭燏等人的关心下，李霖灿开始编写世界上第一部《磨西东巴文字字典》。晚年李霖灿曾委托访台的南京博物院研究员宋伯胤，代他将一篇纪念文稿带到曾昭燏的坟前焚烧。文中充满深情地回忆，是曾昭燏赏识他，帮助他到中博院工作，指导他撰写学术论文、专著，还为他补习英语。李霖灿在祭文中哭道：“昭燏女史，我以八十二岁老翁的年纪，在三十年之后来为你含泪作传……”。
1940年，李霖灿画的大理三月街。
毕业于同济大学测绘系的索予明写道：
曾小姐好学，也鼓励属下用功，她中午不休息，教我们英文。李霖灿先生曾形容她的教学：“真是讲得好，原原本本，清清楚楚，首尾贯串，左右逢源。”我们也知道她教得好，教得认真，但对我们西言真是苦不堪言。9
1943年7月，曾昭燏与李济合著的《博物馆》一书由国府教育部署刊，重庆正中书局出版。这是在曾昭燏留学期间，到柏林国家博物馆和慕尼黑博物院两次实习所完成的报告的基础上撰写的。她通过对欧美尤其是德国博物馆的考察，结合中国的实际情况，对博物馆的组织、管理、建筑设备及收藏、陈列、研究、教育等项工作的原则和要求，作了简明扼要的说明。作者指出：中国历史悠久，文献丰富，而科学不发达，故历代收藏，专重古物，对于科学物品，素来忽视；