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强调了局势的危险，以及“阻止这莫大危险的需求，因为如果不惩罚和消灭这些敌人，必然酿成大祸”。[3]阿尔梅达想要的不仅是战胜敌人，还要彻底消灭敌人而在此役中牺牲的葡萄牙人将成为烈士。虽然没有史料记载穆斯林船上的战前动员，但他们极可能也呼吁士兵为真主而牺牲自我。
葡萄牙传令官在队列前行进，还奉命向每艘船上的水手宣布阿尔梅达的承诺，即胜利之后将如何奖赏大家，骑士将被擢升到更高级的贵族，犯人的刑罚将被一笔勾销。如果有奴隶阵亡，他们的主人将得到补偿；如果奴隶活下来，将重获自由。一旦打赢这场战役，所有人都可以任意掳掠财物。
风力渐强，士兵们摩拳擦掌，跃跃欲试。“海洋之花”号鸣响大炮，宣示进军。穆斯林阵营也在热火朝天地备战。船上挂起了网，以阻挠敌人登船，并利于己方向下面的进攻者射箭。船舷披挂着厚厚的木板，以提供额外的防护。船体在水线之上的部分挂着打湿的棉花包，以减缓敌人炮弹的冲击力。
葡萄牙人遵照传统，发出“圣地亚哥！”的呐喊，然后展开他们的旗帜。喇叭齐鸣，战鼓擂响，战船驶入河道。舰队经过时，岸上和河对岸一个小岛上的穆斯林大炮做好了准备。阿尔梅达挑选了自己最旧的一艘船“圣灵”号去打头阵，一边前进一边测深，并承受敌人的第一波攻击。“圣灵”号两面遭到炮击，“弹丸横飞，仿佛碎石的暴雨”，[4]甲板遭到火力横扫。十人死于炮击，但舰队通过狭窄的河口继续前进，一艘一艘地逼近了他们选定的目标。
前方克拉克帆船的主要目标是穆斯林的旗舰，因为旗舰永远是海战的关键。这一次葡萄牙人决定更明智地运用他们的火炮。“圣灵”号接近敌人之后稳住阵脚，在近距离向停泊着的敌方克拉克帆船开火。侯赛因旁边的船被直接命中，船舷被打出一个大窟窿。这艘船不断倾斜，最后倾覆沉没了，大多数船员溺死。攻击者发出欢呼声。葡萄牙战船两船一组，迅速逼近敌方旗舰。在战线另一端，战斗也打响了，克拉克帆船对决克拉克帆船，桨帆船缠斗桨帆船。在上游，阿亚兹的弗斯特船在等待机会，欲从背后包抄敌人。
第乌
双方战船混战成一团，响起乱七八糟的呼啸轰鸣。穆斯林船只落锚，等待敌人的冲击；葡萄牙船只以侧舷对准敌人，在近距离开炮，然后与敌人厮杀；埃及人竭尽全力地还击。太阳被硝烟遮蔽，“浓烟滚滚，火光冲天，大家什么都看不清”。[5]根据编年史家的记载，这简直是世界末日的景象。大炮的轰鸣“令人魂飞魄散，似乎是魔鬼，而不是人类的造物”。[6]“不计其数的箭矢”[7]从浓烟中呼啸而过；鼓舞的呐喊声呼唤着神的名字，有基督徒的上帝，也有穆斯林的真主，还有圣徒的名字。伤员和垂死挣扎者的惨叫“响彻云霄，仿佛今天就是最后审判日”。[8]由于水流湍急、风力强劲，准确地捕捉目标变得很困难；有些船猛地径直撞上它们选定的对手，颤抖不停；有的船从敌船身侧擦过，被水流冲走；有的战船完全错过了敌人，被带往上游，暂时脱离了战斗。侯赛因的克拉克帆船上显然有本领高强的炮手和上乘的火炮，其中很多炮手是叛变的欧洲人。但他们的战船静止不动，而且船首指向敌人，所以火炮的射界有限，而且经验丰富的战士比葡萄牙人少得多。
阿尔梅达的战船上，登船小组在艏楼待命，准备在与敌船相撞的那一瞬间纵身一跃。到时他们将抛出抓钩，把己方与敌船连接起来，然后由奴隶把敌船拉近。冲撞的震撼力是爆炸性的。“圣灵”号虽然在河道里中了许多弹，还是冲向侯赛因的旗舰，即最关键的目标和整个战役的核心。抓钩甚至还没有抓牢，葡萄牙士兵们就跳上敌船，在甲板上杀出一条血路。在他们头顶上，攀附在网兜上的马穆鲁克弓箭手向他们发出暴雨般的箭矢；然后，“圣灵”号的船长努诺·瓦斯·佩雷拉率领第二支队伍冲上敌船。侯赛因的旗舰似乎马上就要失陷，但在浓烟与混战中，战局逆转往往能骤然发生。另一艘埃及的克拉克帆船在系锚允许的范围内左冲右突，开始从另一侧攻击“圣灵”号，使它像三明治的肉馅一样被夹在两艘埃及战船之间。攻击立刻转变为防御。葡萄牙人被迫放弃唾手可得的战利品，转而保卫自己的战船。在激烈的战斗中，努诺·瓦斯因为穿着板甲而感到酷热难当，于是掀起了护喉甲，想喘口气，结果中了一箭。他负了致命伤，被抬到甲板下方的船舱内。对争夺穆斯林旗舰的战斗来说，这是一个关键时刻。葡萄牙人动摇了。然后第二艘船，“伟大国王”号从另一侧撞上了侯赛因的旗舰，新一波士兵冲上船，拆掉了网兜，把攀着网兜的弓箭手困在里面。主动权再次易手。
在克拉克帆船的战线全线都爆发了类似的战斗；葡萄牙战船开炮之后就蛮勇地冲向敌人。小型战船“孔塞桑”号企图派兵登上另一艘高侧舷的穆斯林克拉克帆船；二十二人成功冲上敌船，包括船长佩罗·康。但“孔塞桑”号被水流从敌船一侧冲走，于是那二十二人就被困在敌船上孤立无援，面对数量远远多于他们的敌人。康企图通过一个舷窗从侧翼包抄攻击者，但他从舷窗一露头就被斩首。其余二十一人在艏楼拼命抵抗，直到其他葡萄牙战船发动新的进攻，他们才得救。“圣约翰”号向另一艘马穆鲁克战船冲去，十几人等待登船，发誓要跳上敌船并同生共死。“圣约翰”号撞上了目标，力度极猛，以至于反弹回来，偏向一边。在纵身跳船的一瞬间，只有五人成功登船，但很快就被大批敌人包围；三人中箭身亡，另外两人躲到屏障之后的船舱，坚守不出。他们虽然因中箭和被碎木片击伤而失血，但一直坚持战斗，杀死了八名企图驱逐他们的敌人，最后这艘船被葡萄牙人占领，两人才得救，但那时他们已经奄奄一息了。
在参加此役的许多葡萄牙人当中，有两人的名字永载史册：安东尼奥·卡瓦略和戈梅斯·“谢拉·丁埃罗”。但他们的敌人的名字，我们一无所知。训练有素的马穆鲁克步兵身穿灵活的链甲，头戴插着红羽饰，附有护喉甲、护鼻甲的敞开式头盔，比身披重甲的欧洲人敏捷轻快得多。马穆鲁克士兵打得非常勇敢，但他们的人数较少，而且阿亚兹对他们充满恶意，巴不得他们全都死掉，或者离开他的领土。此外，他们的战船受制于侯赛因的战术，大炮火力也不如葡萄牙人。和他们并肩作战的是黑皮肤的努比亚人、阿比西尼亚人和“本领高强、射击精度极高的”[9]土库曼弓箭手。在高悬于海面之上的桅杆战斗平台之间的战斗中，这些弓箭手的威力令对手胆寒。葡萄牙人不得不在木制屏障后面躲避嗖嗖射来的箭矢。这些箭插入桅杆，像豪猪刺一样，或者一次又一次射入人体。在这一天结束的时候，阿尔梅达的部下有三分之一都负了箭伤。在桅杆瞭望台上的葡萄牙人顶多只能匆匆地冲出屏障，向敌船甲板投掷石块，然后再迅速掩蔽。
马穆鲁克士兵的斗志和弓箭手的高超本领还不够。阿亚兹的很多部下不是职业军人，而且诱惑力极强的安全地带——城市大门，就在咫尺之外。侯赛因英勇地努力挽救自己的旗舰时，阿亚兹仍然在岸上，在安全距离之外坐山观虎斗。浓烟有时遮蔽战场，有时暂时消散，将战场展现出来。就连这硝烟也对葡萄牙人有利，因为风把烟吹向穆斯林阵线，给他们的敌人带来了一些有利的机会。
在上游，双方的桨帆船也展开了鏖战。葡萄牙人的迅猛炮火扫荡了两艘穆斯林桨帆船；葡萄牙人登上了它们，用船上的火炮对付其余穆斯林船只。最终，炮弹射入了侧舷低矮的埃及船只（它们被钉死在岸边，只有船首炮能够发挥战斗力）的两侧，杀死了被锁在桨位上的奴隶。穆斯林船员抛弃了战船，逃往陆地。
在河道中央，副王身穿精美的链甲和做工绝佳的头盔与胸甲，在“海洋之花”号上观察战况。“海洋之花”号是葡萄牙舰队中最大也最雄壮威武的一艘船，有三层甲板，配备了重炮，但此时船龄已经有八年，颇有些老迈了。船体漏水，需要不断修理。在战役打响时，它的十八门炮从侧舷向古吉拉特的克拉克帆船发出排山倒海般的轰击。大炮的震动猛烈地撼动了这艘400吨重的战船，使得它的船体上的木板接缝开始松动。沉没的危险突然间暴露出来，令大家十分担忧。一旦旗舰沉没，可能会使得局势逆转。它在此役中生存下来，被归功于神圣的奇迹。实际上这是因为接缝里的粗麻屑遇水膨胀，堵住了漏水的空洞，从而将其封闭，所以船能维持浮力，无须抽水。
激战正酣时，阿亚兹终于被迫命令弗斯特船和轻型阿拉伯三角帆船的指挥官，独眼龙“狡猾的”西迪·阿里从葡萄牙人背后袭击他们。但“海洋之花”号选择目前的战位，恰恰就是为了应付这个威胁。西迪·阿里的舰队以作战的速度疯狂地划桨前进，企图迅速从葡萄牙旗舰旁冲过，但逆风和逆流减慢了它们行进的速度。它们在与“海洋之花”号位置齐平时，变成了极易命中的活靶子。当它们划过时，三枚重型炮弹射来，粉碎了最前线，并将船只轰得粉身碎骨，并将船员掀入水中；紧密的队伍乱作一团。跟在后面的船没办法绕开前面船只的残骸，撞了上去；接着又是三枚炮弹，命中了全体敌船。穆斯林的进攻顷刻间土崩瓦解。最后面的船只拼命倒退，以躲避更多的灾祸；一些比较勇敢的船员判断自己能在葡萄牙人下一轮炮火之前猛冲过去，于是继续划桨前进，但葡萄牙炮手填弹的速度让他们大吃一惊。侯赛因计划的核心部分就这样崩溃了。
穆斯林打得非常英勇，但他们缺少训练有素的战士，再加上葡萄牙人的专业化军事素养，以及他们火炮的强大威力，都使得战役的结果没了悬念。穆斯林的船只一艘接一艘地被俘获或被抛弃。侯赛因的旗舰最终投降，不过那时侯赛因已经乘坐小艇逃之夭夭了。其他船上的一些士兵不会游泳，于是砍断了船首锚的缆绳，企图把自己的船拉回到岸边。葡萄牙人又派遣小船去屠戮在水中挣扎的人，于是“大海被死者的鲜血染红了”。[10]一些轻快的卡利卡特三角帆船成功逃到外海，沿着马拉巴尔海岸南下去传播这凄惨的消息，而古吉拉特的克拉克帆船中最大的一艘，即一艘重约600吨的双层甲板战船，上面有四百名船员，则坚持战斗了一整天。它被拉到离岸很近的地方，所以葡萄牙船只无法接近它并派兵登船，而且这艘船的船体非常结实。整支葡萄牙舰队炮击了很长一段时间，才将它击沉。它虽然沉底了，但上层建筑仍然露出水面。船员得以逃到陆地上。
这一天结束的时候，阿尔梅达巡视各船，拥抱船长们，询问伤员的情况。次日清晨，葡萄牙人在旗舰上举行了典礼，喇叭齐鸣，然后清点损失数字。葡萄牙死者为三十人至一百人，伤员可能有三百人，主要是被碎片和箭打伤的。不过，对葡萄牙人而言，这是大获全胜。埃及舰队全军覆灭，它的所有船只都被击沉、俘虏或焚毁。除了侯赛因和与他一同逃跑的二十二人之外，鲁姆人活下来的极少。根据葡萄牙史料记载，有一千三百名古吉拉特人战死，卡利卡特人的死亡数字不详。敌人的三艘克拉克帆船，包括旗舰，以及两艘桨帆船、六百门炮，被葡萄牙舰队接收。对穆斯林而言，这是一场毁灭性的失败。
这天上午，一艘飘着白旗的小型弗斯特船赶来了。阿亚兹一直到最后都非常小心谨慎。他迅速送回了他在朱尔战役之后精心照料的葡萄牙战俘，让他们全都穿着华贵的丝绸衣服，并送给他们塞满黄金的钱包。他提议让第乌无条件投降，并臣服于葡萄牙国王，然后给葡萄牙舰队呈上丰厚的礼物。
阿尔梅达并不想要第乌；他觉得自己现有的兵力不足以防御这座港口。他要求曾资助埃及舰队的穆斯林商人赔款，并为自己的儿子复仇。他得到了赔款。洛伦索死后，副王再也不是能够讲道理的人了；他残酷无情、虐待狂一般的报复玷污了他的名誉。他强迫阿亚兹交出其在城内庇护的所有鲁姆人，这些人将落到五花八门的恐怖下场。阿亚兹顺从了他。有些鲁姆人被砍掉手脚，然后在一个大柴堆上被活活烧死；有的被捆在大炮炮口，被炸得粉身碎骨；或者被放到俘获的船只上，然后船只被葡萄牙人的大炮击沉；有的鲁姆人则被强迫互相杀戮。城门上悬挂着血淋淋的死人肢体，“因为那些杀害他儿子的穆斯林曾从这城门进进出出”。[11]有的俘虏则被他关押在船上。法兰克人的狂怒将被铭记许久。伊斯兰世界对此的态度是斯多葛式的哀恸：“这些可憎的入侵者，胜利地驾船离去，因为这是最伟大的真主的旨意，他的意志是无可争议的，任何人都不能违逆他的旨意。”[12]
阿尔梅达在返回科钦的途中就像他来时一样，一路烧杀抢掠，震慑和恫吓当地居民。经过海港时，葡萄牙人用大炮射出首级和被砍断的手。在坎纳诺尔，葡萄牙水手折磨俘虏，将其吊死在桅杆上；阿尔梅达在震天的喇叭声中凯旋科钦时，桁端挂着更多死尸。马穆鲁克苏丹的王旗被送到葡萄牙，悬挂在位于托马尔的基督骑士团修道院。第乌战役的结局或许是不可避免的，但它的影响非常深远。马穆鲁克苏丹的公信