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报工作人员写的反驳文章《改革的原则：思维和行动的革命性》，苏共高层实际上分裂了。通过这一事件，利加乔夫的影响力下降了，逐渐失去了主持苏共中央书记处会议的权力，雅科夫列夫的地位加强了。
在1988年9月30日举行的中央非常全会上，葛罗米柯、索洛缅采夫辞职，政治局候补委员杰米契夫和多尔基赫去职，选举梅德维杰夫为政治局委员（没有经过候补阶段），选举政治局委员切布里科夫为中央书记。普戈担任党的中央监察委员会主席。全会改组了苏共中央机构，成立了6个隶属于苏共中央的委员会：党的建设和干部政策委员会（主席为拉祖莫夫斯基）、意识形态委员会（主席是梅德维杰夫）、社会经济政策委员会（主席是斯柳尼科夫）、农业政策委员会（主席是利加乔夫）、国际政策委员会（主席是雅科夫列夫）、法律政策委员会（主席是切布里尼科夫）。通过这一变动，原来由利加乔夫主持的书记处实际上被取消了，此后，书记处就没有再开过会，直到苏共二十八大书记处的职能才恢复。戈尔巴乔夫此举是为了削弱利加乔夫的权力和地位，利加乔夫失去了党内第二把手的地位，在领导层中的影响力大大降低了。
苏联转入对政治体制进行根本改革后，为反对派提供了参与政治合法的途径和舞台。从1988年12月起，苏联开始进行人民代表的选举。自由竞争和差额选举是这次人民代表选举的最大特色，各种各样的候选人纷纷提出自己的竞选纲领，宣传材料铺天盖地地散发，演讲、集会、游行成了司空见惯的事。受欢迎的是敢于诋毁共产党的激进民主派，出现了所谓的“叶利钦现象”，即党委支持的候选人得不到群众的认可，党的机关没有好感的人却变成了得到人民强有力支持的人。在竞选活动中，利加乔夫再一次遭受打击，有人无中生有地说他有贪污行为，戈尔巴乔夫并没有保护他，在参加选举的政治局委员中，利加乔夫和雅科夫列夫得到的反对票最多。
叶利钦和利加乔夫离开高层决策中心，但高层同样没有形成以戈尔巴乔夫为核心的坚强的领导集体，在经济体制改革问题上，戈尔巴乔夫与雷日科夫意见不同，在政治体制改革问题上雅科夫列夫也不认同戈尔巴乔夫的做法，到1990年10月，雅科夫列夫、谢瓦尔德纳泽辞职，12月雷日科夫辞职，按见证者雅科夫列夫的看法，“1989年到1991年期间，保守派和改革派在中央争斗的结果是谁也没有取得胜利。失去了在转向市场时本来可以利用的极重要的有利条件，即联盟范围内的大市场”。[68]戈尔巴乔夫任命普戈为内务部长、亚纳耶夫为副总统、帕夫洛夫为总理，这些被新提拔上来的人，实际上更不认同戈尔巴乔夫，正是他们在1991年8月19日发动政变。这场政变的结果是苏共的消亡，戈尔巴乔夫在回忆他为什么发表建议苏共自行解散的声明时说：“沙赫纳扎罗夫从福罗斯回来后，曾打电话给扎索霍夫说：‘请您赶快去医院找伊瓦什科，要求立即解救被囚禁在福罗斯的总书记，谴责国家紧急状态委员会。’扎索霍夫去了，政治局也召集了会议，要求同总书记见面，但是并没有谴责国家紧急状态委员会。这就是当时的全部真相。在这种情况下，我怎么能够同这些人一起在政治局见面，同他们坐在一张桌子旁呢？书记处成员和中央委员基本上都支持国家紧急状态委员会。当这一切情况都明朗化后，我宣布辞去总书记的职务，因为我不可能同搞反宪法武装政变、公开欺骗党和人民的人继续一起合作。同时，我号召共产党员们，在当地组织起来，集体讨论自己活动的组织形式，作出自己的选择。”[69]八·一九事变使苏联共产党这个有着93年历史的政党不复存在了，联盟国家解体的进程也加快了。
（二）苏联共产党的联邦化与分裂
苏共党内许多人对戈尔巴乔夫实行的公开性、多元化、民主化政策以及社会上出现的民族主义等形形色色的思潮并不认同，对苏联的前途表示担忧，退休在家的原莫斯科州委书记科诺托普1989年6月15日写给戈尔巴乔夫和政治局委员的信就很有代表性，他在信中列举了社会上出现的民族主义、歪曲历史、诋毁列宁、攻击强力部门等许多现象，他认为戈尔巴乔夫的政治体制改革是错误的，“我认为，我们不可饶恕地、过早地在计划体系尚未完善的时候就将其摈弃，转而依靠‘超资本主义自我调节的经济’理论，我们过早地抛弃了党的领导作用，首先是党的干部政策，转而依靠缺乏应有纪律和严格秩序的、虚构的自愿人民政权制，将我们的‘议会’变成资产阶级的议会更是灭顶之灾，因为在那里，任何时候、任何地方都只有‘美元’和富商们才能行使真正的权力。也可以这样形象地说，他们愿意饶恕谁就饶恕谁，愿意将谁处死就处死谁。人民代表中出现了如此之多的蛊惑人心者，而人代会有时就像是个大戏台，并非偶然”。[70]苏共内的正统派希望摆脱戈尔巴乔夫，在戈尔巴乔夫当选为苏联总统后，许多人要求不让戈尔巴乔夫兼任党的总书记，在1990年3月第三次人代会上就“被选为苏联总统的人不能兼任其他政治和国家职务”进行了表决，结果在2250名代表中，赞成票1303，反对票607，未获通过。[71]
地方苏维埃的选举使苏共失去了对苏维埃的控制，它导致政治家和党员不再对苏共中央负责，而对选民负责，导致地方分离主义发展，联盟中央失去权威。这使苏共联邦化，1990年1月立陶宛共产党率先宣布脱离苏共而独立，原来作为维系国家统一力量的苏共无法再发挥作用。在这一进程中，俄罗斯共产党的建立既是苏共联邦化的表现，也是苏共党内正统派发展的结果。
俄罗斯联邦与其他加盟共和国不同，它没有共和国的党组织，实际上苏共依托的就是俄罗斯。在改革的过程中俄罗斯民族主义也在发展，1989年12月成立苏共中央俄罗斯局，没有什么作为。要求成立俄罗斯共产党的呼声越来越高，利加乔夫对此表示支持，戈尔巴乔夫也很难顶住压力，只好放任自流。1990年6月19日俄罗斯共产党代表会议开幕，这次会议变成了俄共的成立大会，其党员占苏共的62%。戈尔巴乔夫支持的库普佐夫没有被选为俄共中央第一书记，当选者是波洛兹科夫。“俄罗斯联邦共产党在正统的马克思主义基础上的建立和党的重心从联盟中央向共和国的转移，主要是向俄罗斯联邦共产党的转移，使戈尔巴乔夫无法阻止在苏共党内出现一个强大的、有组织的反对派”。[72]伊万·波洛兹科夫和根纳季·久加诺夫在苏共遭到批判的时刻成立俄罗斯联邦共产党，将它同联盟的领导层相对抗，从而对苏联共产党的垮台起到了决定性的作用并进而导致苏联解体。
俄罗斯联邦共产党的领导者并不认同戈尔巴乔夫的政策，对戈尔巴乔夫持批评的态度，1991年1月，俄罗斯联邦共产党第一书记波洛兹科夫在苏共中央委员会和中央监察委员会联席会议上的发言指出，改革发生了蜕化，“扩大民主，提高人们福利的改革都还没有实行”。“现在，自由派，如果准确地说，叫做右派或简称反动派，撕下了民主派的假面具。在宣布反共产主义是他们自己的思想体系之后，便把那些已被推翻阶级的继承人、民族主义者、影子经济的投机分子，即受到苏维埃政权限制的所有人都集合到他们的旗帜下”。“现在我们再也不能谈及任何多党制，只有捍卫社会主义改革的苏联共产党。也有为数不多的政治集团的领袖，他们归根到底只有一个政治面目，那就是反共产主义。这些集团团结起来，联合起来，是为了与苏联共产党作斗争，是为了夺取政权。我们没有什么公开性。如果说从前是苏联共产党垄断公开性的话，那么现在这种垄断已归与其对抗力量的一方。正是他们在对社会意识施加自己有腐蚀作用的影响”。[73]俄罗斯联邦共产党在政治上否定戈尔巴乔夫的改革，在行动上支持叶利钦与联盟争主权，投票赞成通过俄罗斯主权宣言。
1990年2月，苏共中央公开发表了马克思主义纲领派和民主纲领派的文件，承认了党内存在派别；政治局委员向党报告工作的制度在1990年7月党的二十八大上实行了。以叶利钦为首的反对派取得了民众更多的支持，在反对派的强大压力下，戈尔巴乔夫为了保住自己的权力开始讨好反对派，他公开说民主纲领派拟定的《民主纲领》中有许多建议是合理的，应当吸收进党纲草案中。面对党内主流派的压力，戈尔巴乔夫又同意苏共中央发表《致全苏共产党员的公开信》，信中说《民主纲领》的起草人和“彻底的民主派”实际上是想把党搞垮，奉行从内部分裂党、使苏共从政治舞台上消失的方针，应当与走上同党作斗争之路的人划清界限，同派别集团的组织者划清界限。但是，这只是做做样子而已，戈尔巴乔夫并未想实施。
苏联共产党陷入了深刻的危机，党内派别林立、思想与路线极度混乱，正确思想和决策难以集中起来，使党本身失去了精神支柱和凝聚力，它已经没有能力来把握和左右政治局势，更无法带领人民群众前进了。叶利钦与戈尔巴乔夫之间，叶利钦与中央委员会、政府之间的斗争对党的损害很大，特别是叶利钦在党的二十八大上抗议性地退党，对造成党的信任危机和党的瓦解起了不小的作用。1990年3月苏联改行总统制后，党的权力受到进一步削弱，戈尔巴乔夫的支持率在1990年下降了一半，叶利钦等人的威信急剧上升。[74]1991年6月12日，叶利钦当选为俄罗斯联邦总统，加强了他同戈尔巴乔夫抗衡的地位，因为他是民选的总统，而戈尔巴乔夫是由人民代表选出的。叶利钦上任后便开始自行其是，他访问美国，表示要独立自主地与美国发展联系，表示俄罗斯不执行苏联政府制定的下一年的经济计划，禁止各政党和群众性的社会运动的组织在俄罗斯联邦的国家机关、团体、军队和企业中设立基层组织和进行活动。对于叶利钦针对联盟中央和苏共的这些命令与决定，戈尔巴乔夫无力进行改变。八·一九事件后，叶利钦更是带头向联盟中央争权，直接导致了国家的解体。“戈尔巴乔夫和叶利钦的对立肯定会把我们的国家分裂成两个敌对的阵营，并使双方丧失理智，从而使我们的工作失去意义，因为俄罗斯联邦第一次人代会后开始的那场苏联与共和国的法律之战首先打击了经济，打击了人心与事业”。[75]
（三）党的民主体制建设明显滞后
戈尔巴乔夫在推行他的新思维时，不是依靠党的干部和党员，而是依靠全体民众，搞全社会的民主化，实际上把民主的次序搞反了，应该首先抓党的民主化，再搞社会的民主化，因为苏共并不是本来意义上的政党，实际上是管理国家的权力机关。戈尔巴乔夫从社会的民主化开始，实际上成了让苏共交出政权，把权力还给通过选举产生的苏维埃，但由几千人组成的苏维埃本来只是个立法机关，内部纷争不断，根本无法行使行政权力，导致社会全面失控和混乱。戈尔巴乔夫欲通过改革改变党的形象，也没有取得多少成效，沉重的历史包袱使苏共成了被攻击的对象。
在80年代中期，苏共有党员约1920万，可以分成四部分。一是人数最多的普通党员，约1870万；二是各级党的领导机关成员——从区委委员到共和国中央委员会的委员，约43.9万；三是各级领导机关的第一书记及机关干部，共8.6万；四是苏共中央委员与候补委员（党的二十七大后为477人），苏共中央政治局委员与候补委员（32人），党中央机关干部（到1990年1月1日为1363人），总共1812人。构成总数97.4%的普通党员在确定党的方针中不起任何作用，他们的任务就是无条件地执行中央的指示；占总数2.3%的各级党委会成员（从区委委员到中央委员），权力只在自己的主管地区，在中央决策的范围内实际上也无权。从30年代初开始，斯大林把党的常设机关与代表大会、代表会议和中央全会的关系倒置，这些名义上的最高权力机关只起开会举手的作用。党内实际掌权的是政治局和书记处成员（30～32人）及中央组织部和办公厅的领导（15～20人），垄断了党内一切大权，他们只占党员总数的0.3%左右。[76]这种权利失衡的现象导致了苏共领袖专权，广大党员没有自主性、主动性和自律精神，他们认为党的政策和决议与自己无关，只是驯服地执行上面的指示与命令。戈尔巴乔夫的改革应该改变这种情况，恢复党的生机与活力。
但是，戈尔巴乔夫并没有从体制机制上改革党，他只是一味地变动干部，从1985年3月戈尔巴乔夫就任总书记到1986年3