所公私物件。剩余出版品颇多，中西文日报合订本、日文书籍等亦数千册。所中墙壁已多剥落，照相房为两所借用，后面库房改为工场，从前堆置陶片箱之席棚，现仅剩陶片两大堆，皆安阳出土物也。余私人所存之物，仅剩书箱及网篮，另有二皮箱（一系零星杂物如台灯等，一系十余年来所保存了私人信札及留欧所购明信片等）已经遗失，其中一箱为十余年来友人来信，失之殊为可惜。20
夏鼐领命考古所副所长时，梁思永表示：“所中一切事情都由我与郑先生管好了，我只希望你带一班小伙计们在外面多跑跑。”21履职仅一周，夏鼐就率队前往河南辉县。那次考古发掘，首次在安阳以外发现了早于殷墟的商代遗迹。次年春，他又风尘仆仆前往河南中、西部地区进行调查发掘，证实了渑池县仰韶村遗址不仅有仰韶文化遗存，而且有龙山文化遗存，确认郑州二里冈是一处早于安阳殷墟的重要商代遗址。1951年10月，夏鼐马不停蹄，又赶到长沙。正当他俯下身子，潜心田野工作之时，又接到所里催促他返京的电文。
1951年10月，毛泽东在全国政协一届三次会议上提出，首先要在知识分子中间进行思想改造。1951年11月30日，中共中央发出《关于在学校中进行思想改造和组织清理工作的指示》，开始了第一场暴风骤雨。原中研院的旧人首当其冲，尤其是人文与社会科学的研究者。
陶孟和被中央人民政府任命为中科院副院长。建院之初，根据分工，副院长陶孟和分管社会、历史、考古和语言四个研究所，兼任联络局局长。在他的建议下，他长期主持的原中研院社会所于1952年由南京迁北京。但不久社会学即被视为伪科学遭到批判，该学科后被取缔。后来，院领导调整分工，陶孟和分管编辑出版及图书馆工作。他在院长郭沫若的领导下，未必心情舒畅。时在中科院工作的赵俪生在《篱槿堂自叙》中写道：
我是院长、副院长学习小组组长，曾亲眼看见他（郭沫若）拍着桌子训斥吴有训和陶孟和。吴有火性，不服，跳起脚来同他吵；陶则安安稳稳地承受这种凌辱，其状甚惨。于立群当时并不是科学院人员，但也搬了一把椅子坐在郭老背后帮腔，说三道四……22
原中科院党组书记张稼夫回忆：“在科学院工作时期，我们相处得十分融洽，科学院的重大事项，郭老（郭沫若）、李老（李四光）、竺老（竺可桢）、范老（范文澜）和我都事先交换意见，统一思想，然后再交院务会议通过。”按说陶孟和也是副院长，却不在“事先交换意见”之列。
史语所留下来的有语言学家丁声树、马学良、周祖谟，考古学家梁思永、夏鼐、郭宝钧、胡厚宣，历史学家杨志玖、逯钦立等。
针对“旧中国的考古发掘”，郭沫若写了一篇名为《蜥蜴的残梦》的批判文章。赵俪生在《篱槿堂自叙》中写道：
另一场冲突是为了我请他写的一篇文章，题目是《蜥蜴的残梦》，文中不点名的骂了董作宾和郭宝钧，说这样的人只好到台湾去“殉葬”。这一下，我们犯难了，董是去了台湾，骂他“殉葬”关系不大，可郭还在考古所任研究员，这样骂合适吗？我就问能否改一下？郭沫若很不客气的说，“你们嫌不好，给我拿回来，别的报刊会要的！”没有别的办法，“原样照登”就是了。23
考古所副所长夏鼐在1952年8月2日的日记中，记下思想改造运动中群众对他提的意见：
（1）政治思想不够明确，在本所内缺乏思想领导、政治领导，也缺乏主人态度，工作被动，与世无争，只做事务性工作；（2）本所在午门展览，夏所长直接领导布置，费了几万斤小米，但为什么要展览，为谁展览，都不够明确，能不能达到为人民服务的目的，应该详细检讨，从这上面即可以看到政治水平及服务的方向；（3）技术观点很重，对考古学的人没有团结，对后进的人也不重视培植训练（最近的考古训练班，听说夏所长又要请假回家）；（4）做着所长，常觉得自己是研究员兼所长，无论在院领导的面前，郑、梁二所长的面前，以及群众面前，都是束手束脚，不知思想有什么顾虑，应该好好检讨。24
陶孟和在中科院大会上发言。
这些意见，应该说是“温水洗澡”。但他最大的烦恼是无休无止的政治运动，使其难以返回田野进行考古发掘。他在1952年12月31日的“总结”中说，本年“我只写了四篇小文章”。25他没想到的，这只是一个信号……
相对夏鼐，早已弃中研院史语所而投奔齐鲁大学，最后落籍复旦大学的胡厚宣，处境却更为艰难。该校历史系教授谭其骧在日记中记载：
1952年1月26日，复旦大学“精简节约及思想改造学习委员会”（简称“学委会”）成立，历史系小组由主任周予同教授任组长，胡厚宣教授任副组长。3月6日，胡厚宣交代：
我在北大、前中央研究院历史语言研究所共六年。解放前买卖甲骨。史语所的甲骨只对外国人及官僚开放，而对国内学者则实行封闭，对所内人员也限制运用。我们在所内受压迫剥削，被当作工具，有时写文章只能用其他人的名字发表，我离开后傅斯年还骂我。中间我病了一年，因而发愤自己找材料。……
群众意见：
对名利批判不够。买卖甲骨获利不小，买时150万法币，按官价折合一千美元，卖给郭若愚是二两黄金，你自己还说“现在价更高”，这反映你的思想。二千片甲骨赚了多少钱？买卖甲骨的账没有算清，买卖时有没有赚钱的动机？还说：“要是在中央研究院得意，如今就到台湾去了。”对中央研究院只惋惜自己出不了头，没有深刻批判它的反动作风。你与胡适、傅斯年的关系怎样？……
1939年，胡厚宣一家在昆明。
4月7日，胡厚宣的“学委会历史系小组副组长”的职务被免除。4月26日，他作第二次检查：
一、出身经历：破落的地主阶级；中研院史语所七年，史语所在北大各开二小时课，目的在物色人才，因此毕业后被邀进院。因好出头，所以离院，应顾颉刚之邀就任齐鲁大学国学研究所。二、思想发展：想出头的名利思想，纯学术的专家思想，受北大、胡适、傅斯年的影响。入北大时读历史系，逐渐摸着学问道路，走上古代史的道路。北大同时开古代史者有六七人，走上了研究道路。离开研究院后，拼命出书，搜集材料，成都、平、津、沪。……史语所完全是学院式，在南京看不起中大、金大，讲史料分工，精专而狭，形式主义，纯学术，专家思想。学术无纯，事实上为反动帮闲，放弃斗争……后虽与傅斯年决裂，但做学问路子不变。胡适宣扬美帝的实践主义，专讲史学即史料学，法国资产阶级思想，属于反动性，学术中找名利，纯学术的名利思想。三、政治认识：严重模糊。读死书，连小说都不看，丝毫不问政治，认为学术有出路，政治无出路，……对翦伯赞、侯外庐、吴泽看不起，认为他们史料全错。四、学术观点：为学术而学术，超政治，重材料，无思想，无理论，“汉学家好名”，搞甲骨支离破碎。好名好利，得伪教育部二等奖八千元（头等奖为冯友兰《新理学》），鼓励名利，燕京哈佛学社、齐鲁特加表扬，加薪。北平图书馆代表美国图书馆买我书，每种十五部。美、法学者常来找我。有出洋梦，曾申请去加拿大，想做国际学者。买卖甲骨本来很普通，并非为做生意，是资产阶级行为，奸商行为。……
6月11日，胡厚宣再次检查，仍未过关。6月14日、16日两次会议，群众提他的意见：
对名利痛恨不够，学术政治联系不够。民族自卑感，不抵抗，投降主义。名利指导下学术思想容易靠近反动。新考据，中研院典型奴才体系，蒋介石反动政权文教方面点缀品。胡适“江湖”，以前人已有结论，引申补译作为大文，向帝国主义御用机关看齐，“九一八”时胡适云五十年后东北中国化。“汉学”皆有政治目的，有侵略性。向之看齐，为卖身投靠。考证考古主要为资本主义服务，在中国变为帝国主义服务，成为买办学。
6月20日，胡厚宣再次检查：
学术思想：中学封建教育，奴才买办的考古学和甲骨学，机动的浓厚名利，材料至上才能有发明，为名利而离开史语所。以上动机，本质上是反动的，买办的，近三五十年考古学为买办学。帝国主义分子在华考古目的在侵略，考古学受帝国主义指挥，殷墟发掘由中美庚款出钱，由中研院主办。……26
1954年1月15日，《人民日报》发表一篇题为《“学者”——政治阴谋家》的评论员文章，文章说：
胡适有了这样一个坚实的“后台”，和蒋梦麟、朱家骅、傅斯年等反动分子，结成了一个有势力的学阀集团，通过经济手段控制了中国的学术界。……胡适的学阀集团今天不存在了，但是曾经依靠过这个集团或者为这个集团服务过的人，今天也应该从思想上、政治上彻底清算这个集团的罪恶了。27
那些读到这篇文章的原中研院的孑遗们，恐怕无不心惊肉跳。郁积于心的话，终于等到了1957年。陶孟和在整风鸣放时，曾直言不讳地提意见：在社会主义社会里，人们相互间的关系和社会的进步，依靠的是友爱，而不是仇恨，知识分子应发挥他们的作用，而不应当受到敌视。他还有过知识分子在政治运动中遭受“浩劫”这类的言论。
很快，“反右斗争”形势急转直下。那些被报纸以欢迎的姿态发表过言论的人们，顷刻之间变成了“反党反社会主义的资产阶级右派分子”。7月22日，陶孟和开始在中科院的会上批判自己：“我在《大公报》（6月16日）上发表的谈话里，可以说全篇充满了不能容忍的错误……”陶孟和还检讨了6月8日在中科院党组召开的座谈会上说的“知识分子遭受了一次浩劫”，他说，用“浩劫”两字形容旧社会学家是十分荒谬的说法。28
陶孟和最终未被划为“右派分子”，仅为有极右思想的“内控”人员。1960年4月，他在抱病赴上海参加中科院第三次学部会议时，突发急性心肌梗死，于4月17日逝世，享年七十三岁。中科院副院长竺可桢在日记中痛惜老同事的骤然去世，笔锋一转又写道：“在反动政府之下则他也已寿终正寝，所以他活到七十三岁高龄仍是受党之赐。”
1951年，傅斯年的侄子傅乐焕以论文《捺钵与斡鲁朵》获得伦敦大学博士学位，很快就从英国直接回到红旗下的北京。他早已与伯父傅斯年断绝关系。笔者听傅斯年的高足何兹全介绍，1951年，他曾与傅乐焕一起到四川搞土改，何去了南充，傅去了宜宾。估计也去了李庄。但我揣摩傅乐焕的心情定不轻松。他应该目睹或听闻李庄的一系列变化，诸如1940年接纳中研院迁到李庄的国民党区党部书记罗南陔、区长张官周等已被镇压，而他的伯父傅斯年也因脑溢血在台湾猝死……
1952年傅乐焕调任中央民族学院历史系教授，兼中科院历史研究所研究员和学术委员。此间，他与史学大师陈垣的侄女结婚，后来有了三个女儿。在相对安静的生活中，傅乐焕埋头治史，先后参加并领导对满族、达斡尔族的民族识别工作和调查研究。1966年，“文革”风暴骤至。噤若寒蝉的傅乐焕，成了中央民院首批被揪出来的反动学术权威。他被打倒的一个重要的原因，是他与傅斯年的关系。他被诬为“国民党蒋介石的忠实走狗、傅斯年安插在大陆的特务”。在他的家乡聊城，受清朝皇帝敕封的傅家祖坟被炸药炸开，墓园毁损得面目全