引发公众讨论的再寻常不过的惯例，但却引爆了一系列矛盾，并最终导致了欧洲基督教会不可弥合的分裂。这一事件通常被认为是宗教改革的开端。
马丁·路德1483年出生于埃斯列本（Eisleben）。他的父亲是一名经济较为宽裕的矿工，爷爷是农民。父亲望子成龙，希望马丁·路德成为一名律师。但当1505年的一天，马丁·路德侥幸避开雷击之后，他就发誓要成为一名修道士。随后，在修道院的生活和学术生涯中（他后来成为维滕贝格大学神学教授），马丁·路德在精神和学术上都对《圣经》产生了极大兴趣，并对当时主流的一些观念产生了强烈的不满。马丁·路德的神学观和早期基督教的神学家奥古斯丁的虔诚观念很相像，他们都受到了圣保罗的影响。虽然马丁·路德相信上帝是全能的，而人类是无能的，这一点和人文主义相背离，但早期的路德教派也从人文主义中汲取了养分，并对经院哲学（scholasticism）、高位神职者的家长式作风（prelatical paternalism），以及被称为现代灵修运动（devotio moderna）和现代之路（via moderna）的信仰体系表示不满。很明显，马丁·路德是在与他所处的那个时代的主流宗教思想交锋。于是，在不断的精神折磨和思想碰撞之后，马丁·路德形成了自己独特的思想体系，并热情地向他人传播。他的观点起初并不是以分裂教会为目的，而是为了净化教会，让后者不再滥用权力。
而促使马丁·路德发表《九十五条论纲》的滥用权力事件是贩卖赎罪券（indulgences）。教会宣称，善行可以赎罪，这些善行包括向教会捐赠财物。教会甚至告诉民众，它能够替已经过世的亲人求情，使他们免受生前罪行的惩罚。购买赎罪券，就能够为自己或他人减轻罪责。原本的惯例是这样的：马丁·路德所在地区的选帝侯，即萨克森的“智者”腓特烈，在维滕贝格造出了许多耶稣的遗物，据说包括摇篮、襁褓布料的碎片、大希律王屠杀的婴儿尸体等。维滕贝格因此成为一个重要的教徒朝圣地，而罗马则专卖用于朝圣的赎罪券。1517年，赎罪券的售卖尤其骇人听闻。主教的代理人特次勒（Tetzel），同时也是富格尔家族放款事务的会计，负责售卖赎罪券以筹集款项。其收入的一半上缴罗马教廷（德国内部因此产生不满），剩下的一半则交付富格尔家族，用以支付勃兰登堡选帝侯阿尔伯特所欠的款项。阿尔伯特当时想获得第三个主教教职（即美茵茨大主教，拥有一张选票），但这在教规中是明令禁止的，因此，他就贿赂了教皇。而马丁·路德的反对不仅仅是因为穷人被剥削的缘由是如此不正当，更是因为他认为赎罪券本身的神学基础是错误的：上帝不可能以这种方式被收买。马丁·路德认为（由他的“高塔经验”得出的观点），只需要信仰就可以赎罪。在他的《九十五条论纲》中，他给出了一个精彩的论点，并用修辞和反语的手法来加以论证。这篇文章一开始是用拉丁文写的，后来迅速被译成了其他语言并广泛传播。
在短短的几周内，《九十五条论纲》就被大量印制并传出了维滕贝格，传播至纽伦堡、莱比锡、巴塞尔，很快就传遍了欧洲。教皇下令让马丁·路德去罗马，但腓特烈选帝侯却在德国境内给马丁·路德安排了听证会。在与奥格斯堡的红衣主教卡耶坦（Cardinal Cajetan）以及莱比锡的埃克（Eck）争论之后，发现矛盾不可弥合。1520年，马丁·路德写了三篇著名的文章：《致德意志基督教贵族的公开书》、《教会被掳于巴比伦》及《论基督徒的自由》。于是，教皇发出了《主兴起》教谕，欲开除马丁·路德的教籍。马丁·路德将这份教谕烧毁。1521年，教皇发出了破门律，强制马丁·路德的驱逐令生效。同年举行的帝国议会将德意志各领地的诸侯召集到沃尔姆斯，与新选出的皇帝查理五世进行协商。作为其中的一个议程，马丁·路德也被召到帝国议会为自己辩解。在痛苦的自我质疑之后，马丁·路德决定坚持自己的观点，并毫无悔改之意。在他回家的路上，腓特烈选帝侯将其绑架并把他带到瓦尔特堡，以保证他的安全。在这里，马丁·路德度过了高产的一年，他写了许多赞美诗（例如，《上帝是我的坚固保障》。如果你到瓦尔特堡游览，就能欣赏到所谓的“坚固保障”）。路德还将《圣经·新约》翻译成了德语。翻译《圣经·新约》的重要性是难以言喻的。马丁·路德认为，《圣经·新约》的德语译文应当是“家里的母亲们、胡同里的孩子们、市集上的贩夫走卒们”使用的语言。而同时马丁·路德的译文对德语的统一和规范作出了巨大的贡献，由此，新高地德语开始凌驾于不同的方言之上。当然，对马丁·路德来说，语言本身并不重要，最重要的是用德意志人民能够听懂的语言，将上帝的话传达给他们。
那么马丁·路德的神学思想主要是什么呢？首先，“因信称义”是最基本的。赎罪不是通过善行达成的，而是上帝授予的，获得救赎的人们体验到了一种“新生”的感觉。这导致了一些后期的路德派抱有情感主义（emotionalism），向内观照自己的精神状态。其次，马丁·路德认为基督教的权威不是教皇，也不是大公会议，而是《圣经》，而教徒对《圣经》可以有自己的理解。这就改变了神职人员的角色：他们不再作为信徒和上帝之间的中介，主持自动显灵的仪式和圣餐；而是传道者，向那些不识字的人传播福音。马丁·路德强调个人的救赎体验和对《圣经》的解读，因此可以说“每个人都是修道者”，“每个信徒都是祭司”。另外，中世纪天主教认为，神圣的生活就是成为一名神职人员，而路德派认为，每日所行之事也是在行使上帝的旨意。这也意味着神职人员不用再禁欲了，马丁·路德自己幸福地开始了婚姻生活。马丁·路德的神学思想看起来像是在推动个人主义和信徒之间的精神平等（而非世俗平等），然而他的观点并不是很严谨，这就引发了对其观点的不同解释，其他人也开始阐释上帝在《圣经》中所说的话。
马丁·路德思想的传播受到了各种各样因素的影响。一方面，查理五世虽然知道帝国内存在宗教分歧，但这只是帝国诸多问题的之一。除却西班牙和意大利的事务，查理五世还对土耳其人的入侵威胁非常恼火。作为欧洲广阔地域的统治者，查理五世在德国事务上所花的时间并不多，因此，这些争端因没有受到帝王决定性的干涉，而最终慢慢发展起来。马丁·路德思想的传播还有其他原因，其中印刷术的应用发挥了重要的作用。1518年，德国只出版了150本书，然而到1524年就达到了将近1000本。马丁·路德善言词、热心传教，几乎每天都能诞生一部作品。这些作品不仅仅是手册，还有漫画和说明性的大幅告示。他的作品展示了支持基督者和反基督者的区别，并将教皇归类为后者。同时，在那个大多数人不识字的时代，口耳相传和当众传道是非常重要的。大量流动商贩和手工艺人将消息和意见在城市间传播。另外，那个时期，随着人口的增长，资源的压力增大；骑士、诸侯、城市和皇帝之间的摩擦不断；反神职人员和反教皇思想盛行，这些都促进了马丁·路德思想的传播。虽然很少有人真正明白马丁·路德思想在神学上的重要性，但马丁·路德引发的宗教动乱仍然导致了遍及德国的改革运动，人们要求聆听新教的布道，改革神职人员，并广泛改善宗教和社会生活。这些运动在1521—1524年此起彼伏，差点酿成社会甚至政治大动乱。甚至在“新教教义”（Postestantism）这个概念产生之前，许多更为世俗的问题就已经卷入了改革的动乱之中，并影响了人们的想法和行动。
德国农民战争
1524—1526年，德国西南到东北部到处都有农民和城市大众的起义。这个大众起义被称作“农民战争”或“人民宗教改革”，它一直是历史学家感兴趣的话题。马克思主义历史学家们继承了弗里德里希·恩格斯的观点，认为这是早期的“资产阶级革命”（虽然没有一个成熟的资产阶级领导它走向成功）。而非马克思主义的历史学家则从起因和进程方面分析和讨论这场运动中经济、政治和意识形态等各因素的重要性。
在农民战争之前已发生了一系列的起义：1476年“尼克劳森豪斯的风笛手”（Piper of Niklashausen）领导的起义（后来被维尔茨堡大主教镇压），1493年、1502年、1513年和1517年的“鞋会”（Bundschuh）运动，1514年的“穷康拉德”（Poor Conrad）起义，以及1513—1517年的一大波农民运动。1524年，在黑森林南部和博登湖 [1]附近发生了一些骚乱。1525年，这些骚乱扩大至上施瓦本地区的起义，并沿多瑙河、弗兰肯、图林根、萨克森蔓延，最远的是东普鲁士的起义。而东普鲁士附近并没有其他起义发生。至1525年4月末，农民武装扩大到了30万人。这个数字相当庞大，因为总人口只有1600万。农民军队（大约2000到15000人）组织得相当好，一些农民军队由贵族领导，比如哥茨·冯·贝利欣根（G?tz von Berlichingen）。他们起初在德国西南部屡获成功，部分原因是一些领主的反应过于激烈，害怕过度，所以马上就投降了；同时也是因为施瓦本附近诸侯的军队正好在意大利和查理五世一起对抗法国的弗朗索瓦一世。查理五世在这场毫不相干的冲突中获得了决定性的胜利之后，诸侯才回到施瓦本平息农民的叛乱。由于诸侯军队组织得更好，并能联合不同地区的军队，因此，它最终成功地镇压了农民起义。这次的农民运动中，总计有10万左右的农民在起义中阵亡，更多农民残疾和失明。
图6 《热情的基督徒与反基督教者》木刻画，老卢卡斯·克拉纳赫（Lukas Cranach）作品。这一系列作品作于宗教改革时期，将基督徒与反基督教者形成鲜明对比。而教皇尽管热衷于宗教仪式，却被归为反基督教者。翻印自：Weltgeschichte（Berlin: Ullstein, 1907—1909）。
事实上，农民运动的一些领导人并不是农民，而是神职人员；有些支持者也不是农民，而是工匠和平民，或者城市中较低的阶级。起义者并不是最受压迫和最贫穷的农民，而真正领导起义的则是那些更为富裕的农民。起义的原因有很多。由于土地和资源的压力越来越大，农民内部的分歧越来越多，领主收取的租金和进城费也越来越高，农民的自治社区（the Gemeinde）总是遭到政治的干涉，他们在经济上和政治上的不满越来越严重。同时，马丁·路德事件引发的宗教争端和对所有权威的挑战，都包含在“神法”（godly law）的口号中。1525年3月，在梅明根（Memmingen）农民集会通过的施瓦本地区《十二条款》中，就可以十分明显地看出宗教改革的影响。第一条要求社区应当有权力选出自己的牧师来传播福音，并取消什一税。后续的条款涉及了一些基本要求，包括劳役、租约、租金、资源的利用、罪责，等等。第十二条以“一切严格按照《圣经》安排”来结尾，所有要求均引用《圣经》作为支持。
不同地区的起义均有不同的计划和行动。施瓦本人相对温和。而在法兰克尼亚（Franconia），农民抨击贵族和神职人员获得的特权，进一步要求废除封建苛税，并与罗滕堡的市民结成了联盟，包围了维茨尔堡主教座堂的教士，最终还是诸侯解了围。1525年5月，托马斯·闵采尔（Thomas Müntzer）已经在图林根建立起了激进的平等主义神权制。不过，这个农民、市民和矿工的联盟最终还是被残暴地镇压了，闵采尔被处决。上莱茵地区的农民争取议和，却遭失败，最后被屠杀。德国南部的帝国直辖城市的市政府基本能够维持秩序，而北部的许多领地城市却难以控制大量爆发的城市动乱。在萨尔茨堡和哈布斯堡的领地中，最后一次大规模的动乱围攻由蒂罗尔的迈克尔·盖斯迈尔（Michael Gaismair）领导。1526年，盖斯迈尔为奉行基督教平等主义的共和政府草拟了《蒂罗尔宪法》（Tyrolean Constitution）。
参加运动的农民和普通市民一直在追求社会和经济的变革，他们的诉求基于《圣经》中的“神法”，即他们支持的是基于《圣经》并且能够实现的另一种世俗秩序。这种秩序不是中世纪的乌托邦，不是千禧年主义，也不是对现有体制的简单反抗，而是社会革命。农民战争的失败强化了封建领主的权力。很明显，虽然宗教改革在一定程度上激发了农民战争，但农民战争也改变了宗教改革的方向。路德起初在1525年4月发表的《和平训诫》（Admon