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到了授权去调动实施它们的技术办法。1941年1月，海德里希开始了与陆军总司令商谈在即将到来的对俄战争中党卫队特别行动队作用的问题，他清楚地表明这些部队的作用从它在波兰的作为中将得到极大的扩展。海德里希也在制定一个短期的、从西方重新安置更多犹太人到东方的计划，尤其是在马达加斯加计划被放弃之后。
1941年1月30日，希特勒公开重复了两年前至今他对犹太人的威胁，并预言即将到来的年月将证明他想要他所说的东西。几天后，希特勒对一些军队的高官们说，他的目标是清除整个轴心国权力控制区域犹太人的影响。根据格哈德·?恩格尔少校的解释，希特勒似乎已经广泛地思考了犹太人问题如何可能一劳永逸地解决。最初，他说他只想把犹太人赶出德国。但是现在清楚地是：他也必须把他们赶出整个轴心国统治的区域。尽管战争正在加快对犹太人问题的解决，但是它也产生了新的问题。一个类似马达加斯加的计划依然在他的心头，但是他也“以一个不同的方式考虑许多十分不利的事情”。这些不利的事情是些什么并不难以想象。到希特勒这些思考形成的时候，用毒气杀戮精神病人已经进行了一年有余。希姆莱和涉及毒气杀戮的各种技术专家已经进行了几次讨论，探讨在集中营处置犯人的可行性，采用的方法在安乐死计划中正被证明是非常成功的。大规模毒气杀戮流水线方法的构想，明确地萌芽于希姆莱和希特勒的脑海里。尽管希特勒在说他正在考虑不同的、无情的关于计划处置犹太人的事情时可能流露出真相，但是非常可能的是，用毒气杀戮他们是他考虑的无情的事情之一。毕竟毒气对他来说并非不同寻常。在第一次世界大战结束的时候，他遭到了毒气的攻击；正如我们所见，他所体验的心理创伤引发了一些从没有离开过他的启发。有关下毒的议题一直充盈在他过度兴奋的修辞中，并且一成不变地包括犹太人，犹太人代表着所有毒药中最致命的。因此，当涉及犹太人问题最终解决方案的时候，“你只有以毒攻毒”；你必须毒死给德国下毒的人。在《我的奋斗》中，希特勒写道：“假如人民中的这些希伯来腐败者被毒气攻击”，许多德国人的生命就应该在第一次世界大战中得到挽救。
在入侵俄国之前的三个月，希特勒和他的计划者全神贯注于三个主要计划：进攻苏联的军事准备，管理被占领土的民政机构的组建，训练特别行动队消灭苏联土地上的政治和种族的敌人。3月初，武装部队最高统帅部作战局局长阿尔弗雷德·?约德尔向相关的军事机构发布了总体的指导方针，他在其中说明了希特勒告诉他的有关苏联领土军事管理的事宜。军队被期望保证被占领土的安全，但是也得到命令向希姆莱提供支持。希姆莱被希特勒委以“特殊的任务”，在被占领土进行政治管理。希姆莱被授权封锁这些地区，肃清所有对立面。在这样做的同时，他被赋予了全权行事，不受“政府或者纳粹党最高人物”的干预。3月30日，希特勒对武装部队的高级指挥官演讲，他简要地向他们提及了即将与苏联发生的冲突。非常有趣的是，几天前在南斯拉夫爆发了一场危机，它将在未来的两个月转移德国的军事资源到巴尔干半岛，但是希特勒执着于俄国，他似乎没有对巴尔干半岛迫在眉睫的战役有过多的考虑。
希特勒心里想的事情就是苏联军事和政治的毁灭，正如他告诉将军们的，这将在总体上需要最为残酷的措施来对付布尔什维克的政治委员和共产主义的领导层。正如我们所见，他向将军们显示的指导方针后来变为臭名昭著的政治委员令，他赋予军队指挥官权力，围捕和杀害被俘获的苏联政治委员，或者把他们转交给党卫队保安处接受“特别待遇”，这是拷打和消灭的委婉语。这些命令得到清晰地计划，使军队陷入了即将来临的对俄国人和犹太人的残暴行为之中。希特勒担心的是，将军们在执行其残酷的命令时可能会产生道德的顾虑。他的担心证明是杞人忧天，因为德国最高统帅部在共产主义的威胁，以及布尔什维克主义和犹太人联合这两个问题上，基本上和元首的看法是一致的。
纳粹对东部领土民政管理的计划证明是无计划和不现实的。亚历山大·?达林在他的经典著作《德国在俄国的统治：1941—1945》当中对这些准备工作作了精彩的分析。达林正确地指出：德国的政策既不是一致的，也没有有效地得到协调，因为它体现了一场持续的拔河战，它发生在长期不和的集团和纳粹权力群体当中各种人物的联盟之间。这里至少有八个主要的权力焦点：希特勒、马丁·?鲍曼、纳粹党的机构、阿尔弗雷德·?罗森贝格和东部被占领土部、约瑟夫·?戈培尔和宣传部、约阿希姆·?里宾特洛甫和外交部、赫尔曼·?戈林和四年计划、海德里希·?希姆莱和党卫队，还有武装部队。这些权力集团影响最弱的是阿尔弗雷德·?罗森贝格，他是纳粹的种族教授，希特勒基本上把他当作尘封已久的东西拿出来用用，因为他对苏联具有所谓的专门知识。1941年4月20日，罗森贝格被委任为东部被占领土行政长官，但他很快就证明自己不具备任何领导能力，不能与鲍曼、戈林、戈培尔或者希姆莱这样的人抗衡。在其被委任之前，当希姆莱在一个私人的会议上告诉他在俄国摆在眼前的事情，以及他希望罗森贝格做哪些事情的时候，这位糊里糊涂的哲学家吓坏了，他在其日记里坦言：“今天我没有写下的东西，我将永远不会忘记。”尽管奥斯兰总督辖区（波罗的海诸国和白俄罗斯）和乌克兰表面上属于他的管辖权内，但是帝国的行政长官对他的命令置若罔闻，拒绝他与各种种族集团，尤其是与乌克兰人共同工作的实用主义办法。他们喜欢，并且希姆莱也坚持主张压迫和灭绝。罗森贝格没有政治斗争的才能，从来没有进入希特勒的内部圈子。像希姆莱一样，他是一个种族乌托邦分子，但是不像希姆莱，他相信消灭是适得其反的。在即将到来的权力斗争中，就是希姆莱拥有了最强的持久权力，以及因此形成的对灭绝进程最大的影响力。
克里斯托弗·?布朗宁正确地指出：假如一个人想要知道希特勒正在想些什么的话，他必须审视希姆莱正在做些什么；并且帝国元首和他的参谋部为了准备入侵俄国，在三个月里正在做的最重要的事情是组建党卫队杀戮小队，与武装部队达成一致，以便他们可以自由地行动而不受干预。谈判间歇性地进行着，因为海德里希错误地选择了盖世太保首领海因里希·?穆勒代表党卫队一方参加讨论。穆勒是一个生硬的巴伐利亚人，完全缺乏外交的沉着，直到更加文雅的党卫队国外情报处处长瓦尔特·?舍伦贝格接管了谈判，党卫队和国防军之间才达成令人满意的一致意见。
同时，海德里希加紧组建特别行动队的任务，这支部队伴随着德国军队进入俄国，在作战部队的后面执行“安全举措”。这支杀戮者部队的主要人员于1941年5月在位于莱比锡东北部的普雷奇边防警察学校组建起来。四支主要的特别行动队被建立起来，它们由在全德国招募的大约3000人组成。对应计划侵入俄国的四支集团部队，这些特别行动队被标以A、B、C、D。A特别行动队由党卫队旅队长瓦尔特·?施塔勒克领导，它跟随着北方集团军穿过波罗的海诸国抵达列宁格勒；B特别行动队由刑事警察处处长阿图尔·?奈比领导，附属在中央集团军在波罗的海和乌克兰之间行动；C特别行动队由党卫队旅队长奥托·?拉施领导，在西部地区（利沃夫、罗夫诺、日托米尔、基辅、库尔斯克、波尔塔瓦、哈尔科夫）行动；D特别行动队由保安和国内情报处处长奥托·?奥伦多夫领导，它跟随着比萨拉比亚和克里米亚地区（尼古拉耶夫、敖德萨、塔甘罗格、罗斯托夫、克拉斯诺达尔）的第11军。这些部队的领导人，以及它们所分出的特别小组和独立分遣队的指挥官，都是由受过良好教育的人所组成，他们在专业上和意识形态上都服从残忍的任务。特别行动队的四个领导人中的三个（施塔勒克、拉施、奥伦多夫）都拥有博士学位。帝国中央保安总局刑事警察处处长奈比直到知道这一刺激性的任务实际上意味着杀戮男人、女人、孩子之前，一直是一个充满热情的志愿者。后来奈比提出调职，走向了对立面，在战争快要结束之前被判处死刑。
施塔勒克博士是符腾堡警察的主管，很快在党卫队保安处得到提拔，在维也纳、波希米亚—摩拉维亚、挪威，他得到了各种重要的职位，并且在柏林担任了部长秘书。奥托·?拉施博士拥有两个博士学位，是威登堡的前任市长，马丁·?路德在这座城市发动了新教改革。奥托·?奥伦多夫博士是一个经济学家和法律学者。他们三人都是真正的信仰者和疯狂的犹太恐惧症患者。其他的特别行动队的领导人也是如此，有来自学者、行政官员、律师的党卫队二级突击队大队长和一级突击队大队长，甚至他们当中还有歌剧演唱者瓦尔德马尔·?克林格霍费尔。对A特别行动队的分析显示它的领导层由动机高度明确的年轻人组成，他们当中的大多数都在四十岁以下，来自中产阶级的家庭，受过良好的教育，服务于自由军团或者各种各样的准军事集团，在1933年之前经历过一段时间的失业，通常都拒绝宗教信仰而支持纳粹意识形态。
大多数这些招募人员必须从第三帝国的治安警察、普通的地方警察中抽选。当党卫队保安警察部队、党卫队保安处、普通的治安警察部队可用的人力资源库在消灭数百万受害者上已经显示人力匮乏的时候，希姆莱就用后备的警察部队，以及立陶宛、爱沙尼亚、拉脱维亚、乌克兰的外国部队来扩充最初的人力资源库。这些杀戮者部队、官员和招募的人员是否代表着普通德国人很好的杂交样本，近些年就这一问题进行了大量的辩论，在下面的部分我还要进行讨论。还有一个问题也将如此讨论，那就是，为什么这些人如此服从和有效地进行杀戮。
关于给特别行动队的指挥官和他们手下的主要官员下达的指示依然存在着大量的争议。他们被告知在俄国做些什么呢？在什么地方他们得到了简要的命令？这些命令由谁下达的呢？留存下来的唯一书面文件是1941年7月2日海德里希发布的给四个特别行动队队长的指令，它清楚地说明了谁应该被处决，包括共产主义的政治委员、党的官员，“服务于党或者国家的犹太人”，以及其他极端主义分子。这个文件没有说到消灭所有的犹太人，只是提及“服务于党或者国家的犹太人”。但是，在入侵开始之前，可以得到的证据表明，特别行动队的领导人得到了几个口头命令，这些命令使他们十分清楚：所有在苏联的犹太人都应该被消灭。奥伦多夫在纽伦堡作证：在入侵前几天，帝国中央保安总局人事处处长布鲁诺·?施特雷肯巴赫通知特别行动队领导人，希姆莱和海德里希已经派他传达命令，所有在苏联的犹太人应该被消灭。在奥伦多夫作证的时候（1946年和1948年），施特雷肯巴赫据说已经死在俄国，但是后来在20世纪50年代中期出现了，并很快否认传达或发布这样一个命令。其他的犯罪者，包括瓦尔特·?布卢默博士和卡尔·?雅格坚持认为，他们听到海德里希准确无误地发布了残忍的命令。例如，6月17日，海德里希邀请特别行动队的领导人前往他在柏林的阿尔布雷希特王子大街的总部，他给他们下达了简短的命令：东欧的犹太人是布尔什维克主义的知识分子储备库，元首决定把它摧毁。
后来回忆起他们入侵前得到指示的犯罪者，都宣称他们收到了消灭俄国犹太人的简要命令。他们也记得海德里希要求他们向元首发誓，这使他们毫不怀疑他们将要做的一切事情都是完全服从元首的期望。迄今为止的研究表明，即使特别行动队的领导人没有得到专门的命令去射杀每一个犹太人——男人、女人或者孩子——他们也感到得到了如此广泛的授权，他们能够以他们喜欢的方式消灭犹太人，越是极端和不人道越好。
这确实是入侵俄国之前纳粹领导层共同的心态。在纳粹权力精英的所有层面上，杀戮的氛围已经成熟。元首在公开场合的声明中和政策会议上都定下了基调，它通过纳粹体系产生了连锁反应。在耶路撒冷，艾希曼提供了杀戮是如何发生的洞见：
只要希特勒一发表演讲——并且他一成不变地触及犹太人问题——所有的纳粹党或政府部门都会感到去做某件事情正在迫近它们。接着，希姆莱给安全警察和党卫队保安处的首领海德里希传达命令，海德里希把命令传达给穆勒，然后命令到了我这里。
艾希曼在这里所描述的是犹太人毁灭过程穿过纳粹命令链的笔直路线。它开始于希特勒，然后下达到希姆莱那里，然后下达到海德里希的帝国中央保安总局，然后下达了总局四处（盖世太保的穆勒那里），然后下达到四处B科（艾希曼和犹太事务科），最终下达到特别行动队和集中营的骷髅部队那里。从这一毁灭过程的中心——在那里作出了计划和决策——出发，与所有类别的机构联系很快就建立起来了。这些机构的专业特长对于大规模杀戮的实际运作是十分关键的。希姆莱和艾希曼两人都热切地在