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机的轰炸下，北大文研所很快结束了这段在城里的日子，迁到史语所所在的龙泉镇龙头村外宝台山响应寺。傅斯年既是史语所所长，又兼北大文研所所长，有时两头受累顾此失彼。他在1940年8月14日给胡适的信中诉：“北大文科研究所去年恢复，向中英庚款会捐了点小款，除教授兼导师外，请了向觉明（向达）作专任导师，邓广铭作助教，考了十个学生，皆极用功，有绝佳者，以学生论，前无如此之盛。汤公（汤用彤）公道尽职，指导有方；莘田（罗常培）大卖气力，知无不为，皆极可佩。此外如毅生（郑天挺）、公超（叶公超）、膺中（罗庸）皆热心，只有从吾（姚从吾）胡闹。此人近办青年团，自以为得意。其人外似忠厚，实多忌猜，绝不肯请胜己之教员，寅恪断为‘愚而诈’，盖知人之言也……我自求代理此事，一年中为此进城不少，又由史语所借出一大批书，弄得史语所中颇有怨言：真不值得。”5对此，傅斯年也有顾虑，几次想推掉北大文研所的事。因昆明再遭轰炸，史语所拟迁四川南溪县李庄。他也就想借坡下驴。9月7日郑天挺致信傅斯年：“此外尚有一事，即北大研究所所址，非随史语所不可，此事已数向兄言之，而兄皆似不甚以为然。但细思之，北大无一本书，联大无一本书，若与史语所分离，其结果必养成一般浅陋的学者。千百年后探究学术史者，若发现此辈浅陋学者，盖我曹之高徒，而此浅陋学风为北大所韧始，岂不大糟！”6文科研究生治学主要靠图书资料。而战时中国唯有史语所拥有最完善的图书。
卢沟桥战事一开，北大仓皇南迁，图书资料全都陷在沦陷区，南开的校园整个被日军夷为平地，清华的图书只抢运出一部分，后在重庆又遭轰炸。1937年11月，北大、清华、南开三校在长沙办临时大学开学，中外文图书仅有六千册。1938年年初到昆明，西南联大的中外文图书总数也只有四万八千册。傅斯年未雨绸缪，战事未爆发前，史语所就将珍贵的中西文图书杂志昼夜挑选，装为六十箱运赴南昌。至8月间，所有图书完全装妥为321箱，分三批运至长沙。1937年年底，存藏南昌和运至长沙的220箱精品书转运重庆，后又转昆明。“历代亡国，无足轻重，惟南宋之亡，则衣冠文物，亦与之俱亡矣。”（王船山语）在傅斯年看来，抢救图书文物不仅是做学问的需要，也是一次保存历史文化的“衣冠南渡”。郑天挺是比傅斯年低一届的北大国学门研究生，他知道傅斯年的性格，劝解不如激将。再说，他也不会无视那些嗷嗷待哺的雏鹰。
20世纪40年代龙泉镇的响应寺。
于是，史语所迁川，因导师归属不同，刚恢复一年的北大文研所分置昆明和四川两地。首届研究生阴法鲁、王明、汪籛与阎文儒留在昆明，马学良、周法高、刘念和、逯钦立、任继愈、杨志玖等随同史语所前往四川；第二届招收二十名研究生刚发录取通知，魏明经、李埏、程溯洛、王永兴、王玉哲、王达津、殷焕先、董庶、高华年等前往昆明求学，李孝定、王叔岷、王利器、胡庆钧诸生则直接到李庄板栗坳完成学业。
那时陆上交通困难，主要借助河道舟楫之利。李庄，是长江上游重要的水路驿站，上叙府（今宜宾市）下南溪县两地皆二十五公里。李庄也是“湖广填四川”的重要集散地。傅斯年曾感叹：“益惊其一邑中人文之盛，诗人辈出，后先相踵。”1940年年底，小小的李庄镇，除了勉强塞进先期到达的同济大学、中博院和中国营造学社等单位，中研院社会所和史语所都只能安置在乡下。史语所选在距离李庄镇七八里地的板栗坳。当地还有几位老人至今记得，栗峰书院的一户农舍门前曾挂过“北大文科研究所办事处”的牌子。那是一块柏木牌匾，字是毛笔书写的甲骨文，出自董作宾之手。何兹全曾详述史语所的分布情况：
田边上斜对面是傅斯年先生住的桂花院。田边上是图书馆，也有几间研究室。进大门往右手转，三间厢房还住了两家青年研究员，我和胡庆钧各占一头。图书馆面对大门。后面还有院子，单身职工都住在这里。山东省图书馆馆长王献唐也住在这里。柴门口是眷属宿舍，长方形四合院，主房五大间，各有隔扇隔开。中间一间空着，左手间劳榦家住，右手间潘悫家住。左手头上还有一间，逯钦立家住，向跨院开门。右手头上一间，是管财务的萧家住，向院中开门。岑仲勉先生家、黄彰健家、何兹全家、董同龢家、李连春家住对面。芮逸夫家住左手边偏房，劳榦的父亲住在对面。柴门口去牌坊头过道处有个跨房，王叔岷家住。牌坊头是主院，史语所占用前厅，后院厅房和配房仍由主人家住。前厅中间大厅是史语所子弟小学的课堂。左手边是小卖部，卖些油盐酱醋日用品；右手是职工食堂，没有家属的人都在这里吃饭。小卖部的后面有个小跨院，住着董彦堂先生一家。戏楼院，真有个戏楼，可见四川地方乡绅的气派。考古组住在这里。戏楼院外顺小路再往前走，还有一个茶花院。院子不大，院中有两棵茶花，枝叶茂盛，可遮盖大半个院子。傅乐焕、陈槃庵，住在这院子里。7
20世纪40年代李庄镇的长江码头。
板栗坳的绿树丛中，掩隐着一座战时中国最好的文科图书馆，一大批学人如蝶恋花、蜂采蜜，含英咀华，日复一日。邓广铭写道：“我跟傅先生去，除了想求得他指导外，还有一个原因，那就是北大、南开、武汉大学南迁，都没有带图书资料去；后方南迁的，只有史语所带了个图书馆，大家都要利用它的图书资料。有了这个便利条件，我就在那里完成了一系列关于宋史的论文、著作。”8
王利器四川大学中文系毕业，恰逢首届全国大学生会考，他的毕业论文《风俗通义校注》得了满分。其时，北大文研所在重庆招生，王利器接到考试通知时已误了考期。他奔赴重庆找到傅斯年。傅先生对他单独考试。当时敌机来袭，王利器第一场英语考试还没完，就躲避轰炸七次。中午，傅斯年招待王利器吃饭时告诉他：“你明天回江津去，敌机滥炸很危险，不要考了。你早就取了，还准备给你中英庚款奖学金。你去昆明，还是去李庄？随你选择。昆明有教师；李庄中央研究院历史语言研究所在那里，有书。”9
王利器到了李庄，成了傅斯年亲自指导的研究生。回忆那段岁月，王利器写道：“李庄，古六同地也。历史语言研究所在离李庄十来里地的板栗坳，北京大学文科研究所在那里设有办事处，由邓广铭先生负责。其时，文科研究所的同学王明、任继愈、马学良、刘念和、逯钦立、胡庆钧、王叔岷、李孝定诸人已在那里。……我和任继愈、马学良、李孝定同住一屋，是书斋和寝室合为一体的，傅先生时常下来检查我们的工作，逐事加以具体指导。”他很感激傅先生的教诲：“我选定《吕氏春秋》为研究题目，采用注疏体来写论文，并取高诱序意，定名为《吕氏春秋比义》。我拿半天来写论文，半天来读书，主要是读我尚未读过的书。史语所藏书丰富，因得纵观群碧楼藏书，并通读了《大藏》和《道藏》。所里定期举行学术报告会，傅先生指定我作一次报告。我遵命作了《“家”、“人”对文》的报告，颇获得傅先生和其他先生的赞许。”10
李庄栗峰山庄田边上的史语所图书馆。
1941年6月，西南联大常委会主席梅贻琦、北大文研所副所长郑天挺和教授罗常培从昆明来到板栗坳，参加研究生的论文答辩。罗常培写道：
二十八日下午四点，方桂领我们到田边上参观西文书库，第二组办公室和北京大学文科研究所办事处。北京大学文科研究所的学生留在李庄的有任继愈、马学良、刘念和、李孝定四个人。马刘两君受李方桂、丁梧梓两先生指导，李君受董彦堂先生指导，李董丁三位先生对他们都很恳切热心。据马君告诉我说，李先生常常因为和他讨论撒尼语里面的问题竟致忘记了吃饭，这真当得起“诲人不倦”四个字。任君研究的题目是“理学探源”，他在这里虽然没有指定的导师，可是治学风气的熏陶，参考图书的方便，都使他受了很大的益处。这一天听说有空袭警报，但是史语所同人仍然照常工作没受影响，专从这一点来说，就比住在都市里强得多。天还是照样闷热，汗不断地在淌， 中午太阳晒在背上好像火烤一样。11
1941年秋，四川大学中文系毕业的王叔岷得到北大文研所的录取，背一包书、抱一张古琴，兴冲冲赴李庄报到。沿途所见，异常兴奋，抵李庄栗峰，欣然作五古抒怀：
李庄栗峰山庄祠堂。1941年3月31日，徐旭生来此讲学后与史语所同人合影。
宿读李庄书，今向李庄行。行行八百里，山水路纵横。秋色澹无际，秋兴转凄清。适然居得所，山坳屋数楹。奇书十万卷，随我啖其精。素琴常在壁，信手陶吾情。庭前多好鸟，时时弄巧声。户外多修竹，翠色拂新晴。人生适志耳，即此寄浮生。12
“李庄”，暗寓李耳与庄周，仿佛冥冥中有个约定。王叔岷回忆第一次见到傅斯年的情景：
我将写的诗文呈上，向他请教，他说说笑笑，学识之渊博，言谈之风趣，气度之高昂，我震惊而敬慕；我又奇怪，傅先生并不老，怎么头发都花白了！（那时傅先生才四十六岁。）既而傅先生问我：“你将研究何书？”答云：“《庄子》。”傅先生笑笑，就背诵《齐物论》最后“昔者庄周梦为蝴蝶”章，一副怡然自得的样子。傅先生忽又严肃地说：“研究《庄子》当从校勘训话入手，才切实。”怎么研究空灵超脱的《庄子》，要从校勘训话入手？我怀疑有这个必要吗？傅先生继续翻翻我写的诗，又说：“要把才子气洗干净，三年之内不许发表文章。”我当时很不自在，又无可奈何，既然来到研究所，只得决心下苦工，从基础功夫研究《庄子》。13
王叔岷吟诗弹琴，恃才傲物。傅斯年背后夸他“有才性”。“才性”典出《世说新语》，指有史才、史识，悟性好。其实那正好是傅斯年本人，讲到《左传》他背一段《左传》，讲到《国语》背一段《国语》。王叔岷回忆：
随后傅先生赠我《四部丛刊》影印明世德堂本《南华真经》一部五册，卷末附有孙毓修《庄子札记》即校勘记一卷。傅先生虽叫我洗净才子气，却又赠我《四部备要》本王士祯《古诗选》一部六册，及姚鼐《今体诗钞》一部两册。傅先生函请在昆明北大教书的汤用形（字锡予）先生挂名为我的导师，我写信去请教，言及研究《庄子·齐物论》，参考章太炎先生《齐物论释》。《齐物论释》贯通道、释，学术界莫不称道。不料汤先生回信说：“参考章先生《齐物论释》要小心，他在乱扯。”真使我惊心动魄！汤先生信中又谈到研究学问，只有痛下功夫。14
王叔岷的论文选题为“庄子研究”。庄子既是哲学家，也是文学家。在史语所缜密学风影响下，王叔岷逐渐深入史料考据，他以校勘训话为基础，博览群书，广辑资料，于1943年秋完成了有关《庄子》考校及思想论文十余篇，集成《读庄论丛》，毕业论文评审通过，再由汤用彤、罗庸两先生自昆明寄题笔试，成绩优异，获准毕业。他在史语所任助理研究员，继续校释《庄子》，于1944年8月20日完成《庄子校释》专书及附录共六册，二十余万字。任继愈回忆：“王叔