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坚和镇戍各占领地区，又有探马赤。随着征服范围的扩大，各被占领地区的男丁也成为国家武装力量的来源，故有汉军、新附军（由南宋降军改编的军队）等名目。
按兵种分则有骑兵、步兵、水军、炮手军等类。
元朝的军事防卫可分为两大系统：保卫皇帝和京畿的宿卫系统和镇守全国各地的镇戍系统。
早期，大汗的宿卫由怯薛负责。世祖时，建立侍卫亲军，而怯薛之制不废。中统元年，“谕诸路管军万户，有旧从万户三哥（指史天泽）西征军人，悉遣至京师（开平）充防城军”和“征诸道兵六千五百赴京师宿卫”之事，可能是忽必烈创建侍卫军之始。二年（1261），任董文炳为侍卫亲军都指挥使；三年（1262），命董文炳共领武卫军事。至元元年（1264），武卫军正式改为侍卫亲军，八年，亲军扩充为左、右、中三卫。到至元末，忽必烈共设置过侍卫亲军三十余卫。侍卫亲军设都指挥使，品秩与万户相当（正三品）。侍卫亲军由蒙古、汉军和新附军组成，迁入内地的色目人，如康里、阿速、钦察等后来也有被编入侍卫亲军者。
蒙古、探马赤军的防卫重点，主要是腹里地区，南至河南淮北，北至辽东以及西北、四川等地。淮河以南的广大地区，主要由汉军和新附军镇戍。
此外，忽必烈即位后，与西北诸王的军事对抗日益激烈，南方各族人民的反抗斗争也此起彼伏，为控扼边徼禁喉之地，常遣皇子镇守边境。如北平王那木罕镇守阿力麻里、和林，宁远王阔阔出镇守漠北，安西王忙哥剌镇守京兆和察罕脑儿，西平王奥鲁赤镇守吐藩，云南王忽哥赤镇守云南等。
诸王、公主和功臣在汉地的分地，是封建制早期的领主制，建立在封建地主制经济和中央集权的郡县制地区的分封制不能不受环境的影响而有所变通。耶律楚材在太宗朝提出的五户丝制的实质就是由地方政权机构州县行使治理权，而由国家将封地内的部分税收颁赐给领主。太宗朝由于种种干扰未能认真贯彻执行，至世祖定制后，封地分别被纳入州县，原则上由地方政权机构管理，领主得自选任达鲁花赤监临。诸王则可由皇帝批准置王府，王傅由朝廷指派漠北诸王封地则由诸王自治，而统以岭北行省。
注释①《元文类》卷四○《经世大典序录·官制》。
②《中国大百科全书·中国历史·元史》，中国大百科全书出版社，1985年。
③陈邦瞻《元史纪事本末》。中华书局，1979年版。
④《元史·木华黎附霸突鲁传》。
⑤《陵川集》。
⑥《元史·许衡传》。
⑦《元史·世祖纪》。
⑧参见《元史·世祖纪二》。
⑨⑩《元史·百官二》。
《元朝史》。
许有壬《圭塘小稿》卷八《河南省左右赞治堂记》。
《元史·百官七》。
胡祗《紫山集》卷二二《军政》。
《永乐大典》卷二六八《宪台通纪·照刷枢密院文件》。
叶子奇《草木子》卷四下。
《元史·世祖纪一》。李璮之乱李璮小字松寿，是金末红袄军首领李全和杨妙真之子（一说为其养子）。金末红袄军领袖杨安儿、刘二祖和郝定等先后牺牲，余部由杨安儿之妹（一说为其女）杨妙真统领。另一红袄军首领李全与妙真结为夫妇，队伍逐渐恢复壮大。成吉思汗十三年（宋宁宗嘉定十一年，金宣宗兴定二年，1218），李全降宋，驻军楚州，受宋封为东京路总管。成吉思汗二十一年（宋理宗宝庆二年，金哀宗正大三年，1226）北上，攻占并进驻益都。李全在益都被蒙古军围困一年，兵败后投降，被任为山东淮南楚州行省，他在蒙宋间朝秦暮楚，降蒙以换取立足之地，依宋以取得粮饷资助。“得专制山东，而岁献金帛”，“外恭顺于宋以就钱粮，往往贸货输大元”①。同时借蒙古军声威南下攻宋，扩展自己的势力。太宗二年（宋理宗绍定三年，1230）占领楚州，南攻泰州，突袭扬州，不下。次年在围攻扬州时被宋军袭杀，杨妙真北归，余众降金。
李全死后，其子李璮袭为益都行省，仍专制山东。他完全继承乃父故技，假名攻宋，取得蒙古的粮饷和官爵，却坐镇山东，发展个人势力，“尽专兵民之权”②。1258年宪宗南征，向他征兵。他却以“益都南北要冲，兵不可撤”为由③，拒不出兵，同时攻取宋海州（今江苏连云港市东南）、涟水（今属江苏）。“大张克捷之功”④，以攫取军赏，借以巩固自己的地位。中统元年，忽必烈即位，李璮果然加封江淮大都督。忽必烈与阿里不哥的战争，给他带来了扩张实力的机会，他谎报军情，张大宋军之势以相要挟，乘机骗取粮饷，修缮城堑，自请“节制诸道所集兵马，且请给兵器”，扩大军权。“盖璃专制山东三十余年，其前后所奏凡数十事，皆恫疑虚喝，挟敌国以要朝廷，而自为完缮益兵计，其谋亦深矣”⑤。
中统二年（1261），忽必烈与阿里不哥的战事进入紧张阶段，大兵集中在北征前线，内地兵力空虚，李璮加紧锣密鼓策划叛乱。忽必烈对李璮的阴谋虽有所觉察，因与阿里不哥的战争胜负未分，北方形势严峻，对他也只好暂时容忍，寄希望于叛乱能延缓发生。
梅花图李璋岳父王文统为忽必烈平章政事，能随时了解朝廷动向；一妻为东道宗王塔察儿之妹，与蒙古贵族联系交往亦深。惟一子彦简，为质子住京师质子营，使其不能不有所顾忌。自京师至益都有李璮所置私驿，中统三年（1262）正月，彦简乘私驿逃归，李璮更无后顾之忧。
二月，璮献涟、海等三城于宋，乘蒙古军无备，起兵叛元，尽杀蒙古戍军，攻占益都，发府库犒军，并迅速占领济南。此时，北方战事转而对忽必烈有利，阿里不哥与察合台汗阿鲁忽发生矛盾，并亲率大军前往讨伐阿鲁忽，正当南军准备追袭阿里不哥时，李璮叛乱的消息传至，忽必烈不得不急撤追袭阿里不哥之兵，发蒙古、汉军，部署平叛。
忽必烈请姚枢分析形势，枢称“使追乘吾北征之衅，留后兵寡，濒海捣燕，闭关居庸，惶骇人心，为上策；与宋连和，负固持久，令数扰边，使吾疲于奔救，为中策；如出兵济南，待山东诸侯应援，此成擒耳”⑥，并断定李璮将出下策。忽必烈在布署平叛时，重点也是防止李璮兵出山东至河北、燕地，阻止其采用上策。他命水军万户解成（解诚）、张荣实、大名万户王文干及万户严忠范会东平，济南万户张宏、归德万户邸浃、武卫军炮手元帅薛军胜等会滨棣。诏济南路军民万户张宏、滨棣路安抚使韩世安，各修城堑，尽发管内民为兵以备。召张柔及其子弘范率兵二千诣京师。阻止叛军自鲁西和海上进军河北。令诸王合必赤总督诸军，以不只爱不干及赵璧行中书省事于山东，宋子贞参议行中书省事。令真定、顺天、河间、平滦、大名、沼州、河南诸路兵皆会济南。待李璮出下策进入济南时，消灭叛军；以中书左丞阔阔、尚书怯烈门、宣抚游显行宣慰司于大名，统领沼、磁、怀孟、彰德、卫辉及河南东西两路军，阻止叛军势穷向河南逃窜，与宋连和。敕元帅阿海分兵戍平滦、海口及东京、广宁、懿州，备御任平州总管的李璮之子，阻止父子连兵或取海路逃入辽东，将他的势力围困在山东二地。同时，放弃息州（今河南息县），迁其民至蔡州，令戍守息州的蒙古将领拔都抹台率戍兵趋济南，加强平叛兵力。令东平万户严忠范留少量兵力戍守宿州（今安徽宿州市）、蕲县，以余兵自随加强东平防卫。及至得王文统参与策划叛乱的实证后，诛王文统及其子荛，以赵壁为平章政事。
不出姚枢所料，李璮果出下策。二月二十七日，李璮抵济南，初获小胜，后为阿术所统蒙古军和史枢所统汉军击败，被歼四千人，遂退保济南。蒙古军离城三十里开河筑城，凡三河三城，以十七路兵马将济南团团围定。自此，李璮军与外界联系断绝，叛军不得出，犹日夜拒守。李璮“取城中子女赏军士，以悦其心；且分军就食民家，发其盖藏以继，不足，则家赋之盐，令以人为食”⑦。六月，城中食尽，甚至截屋檐草拌盐饲马，即而屋檐草亦尽，将至人自相食。李璮情绪沮丧，终日昏昏沉沉，“军伍不备，将士作乱，以至绝粮，俱不能晓”⑧。七月十三日组织突围，军士已无力战斗，复被蒙古军杀人。于是，“人情溃散，……各什佰相结，缒城以出。”二十日，吩咐众人各自为计寻求生路，自乘小舟入大明湖投水，水浅不死，为官军所获，被丞相史天泽杀死。
李璮之乱的发生有其深刻的政治原因和社会原因。在蒙金战争中，河北、河东的地主武装分成保金和投蒙两大部分。降蒙的武装地主在灭金战争中为蒙古统治者立下了不小的功勋，蒙古贵族一度依靠他们维持了在中原与金朝的相持局面，并取得了对金战争的优势。为了利用他们对抗金朝，蒙古贵族不惜以高官爵位笼络他们。凡对降蒙的金朝将领和地主武装，蒙古统治者一律“因其日而令官”⑨，授与行省、领省、大元帅等职位，允许他们世袭领有本势力范围内的军民之权，从而形成了专制一方的强大割剧势力。这些乘乱而起的地方割据势力并无明确的政治目标、政治理想和政治抱负。在社会动荡时期，他们以武装力量为支柱，不论是对金、对宋还是对蒙古的态度，都取决于是否有利于发展个人势力。他们投靠蒙古贵族，也正是基于后者的军事力量较强，能在必要的时候给他们以军事上的支持援助；并且能给他们更多的自主机会。他们同蒙古统治者间只存在互相利用的关系，他们的联合是建立在各自利益基础之上的，因此他们对蒙古统治者的离心倾向是十分明显的；而在对金、宋的战争中，他们又各自发展了自己的实力，这就为他们拥兵自重甚至发动武装叛乱提供了可能。同时，他们同蒙古贵族间也存在着争夺土地、人口的利害冲突，因此一旦有机可乘，他们就背叛，李璮不过是他们中的典型和代表。这一点从事件的处理上也得到了反映。
祝允明所记李璮赴水未死为人救出被俘后，与严忠范和史天泽的一番对话即反映了当时一些汉人世侯的态度和动向。忠范首先向李璮发问说：“此是何等做作？”李璮答称：“你每（们）与我相约，却又不来。”严就在李璮肋下刺了一刀。史天泽问：“何不投降？”李璮竟不予理睬。又问：“忽必烈有甚亏你处？”李璮却说：“你有文书约俺起兵，何故背盟？”于是史天泽命人砍去李璮两臂、两足，挖其心而后斩首。史天泽不待奏报而急不可待的杀死李璮，其冠冕堂皇的理由是“宜即诛之，以安人心”⑩，其真实目的极有可能是杀人灭口。这就说明当时一些汉人武装地主对蒙古国的统治存在着不同程度的离心倾向，只是在行动上有的谨慎、有的急切而已。
正是由于汉人世侯的这种态度和动向，才使李璮敢于贸然举兵叛乱。他错误地认为只要山东兵起，各路汉人世侯都会群起效法，大事可成而自己因首为天下倡而功必在诸侯上。但是，他没有估计到忽必烈与阿里不哥的争战会在短期内发生有利于南军的转折，他更没有估计到汉人世侯中响应者寥寥无几。
由于阿鲁忽扣留了阿里不哥使者征调的军需，导致阿里不哥的西征，忽必烈来自北方的军事威胁顿时减轻，他可以调动大量兵力全力平叛，李璮受到了强大的军事压力；汉人地主武装只有太原总管李毅奴哥、达鲁花赤戴曲薛等响应，势孤力单，也被一举消灭。而史天泽、严忠范等则被派出讨叛，他们为了各自的利益，当然不会做叛军的应援。李璮所统军队虽然也有一定的战斗力，但人数有限，且脱离人民，内部也存在矛盾，无法与忽必烈的蒙汉联军对抗。叛乱仅维持了五个月就被平定了。
李璮的叛乱虽然时间不长，但给忽必烈带来了极大的震动，对蒙古国和元朝统治的影响是巨大的。
首先，叛乱的筹划者之一王文统，充任中书平章的要职，深得忽必烈的信任，“总内外百司之政”，“委以更张庶务”，当忽必烈亲征阿里不哥时，“凡民间差发、宣苛盐铁等事，一委文统裁处”，是掌握中央行政大权的实权人物。地方武装地主则多与李璮有交往，被李璮列为叛乱的联合力量，形势确实十分严峻。忽必烈在依靠汉人治理汉地的方针中最担心的一点——大权旁落的危险确实存在。这就不能不引起他的高度警惕。以往汉人儒士们在向忽必烈讲授儒家治国思想时，曾力诋回回商人横征暴敛、贪赃枉法之非，回回商人的势力受到了排斥。而今，李璮的叛乱给了他们一次东山再起的机会，于是他们纷纷伏阙上言：回回虽时盗国钱物，未若秀才敢为反逆。这一切，都使忽必烈对汉臣、汉将的态度发生了变化，虽然他没有改变以汉法治理汉地的基本方针，但在用人行政上，对汉官的信任却有了更多的保留，在不得不利用汉官为其办理具体事务时，却在每一机关都分派一名蒙古正员监临，并配置一名权位相同的古代风景画鉴赏回回官员为同知进行防范和牵制。正是在这种思想指导下，至元二年，忽必烈正式颁布了“以蒙古人充各路达鲁花赤，汉人充总管，回回人充同知，永为定制”的决定。并在至元五年，果断地罢去了诸路女真、契丹、汉人为达鲁花赤者。而回回、畏兀、乃蛮、唐兀人仍旧。从此