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经三次易手。它的特殊价值与财富，源自它在马匹贸易中发挥的作用。果阿从霍尔木兹、波斯和阿拉伯半岛进口马匹，而对两国的边境战争来说，马是不可或缺的。不过在热带气候中，马很容易死亡，而且不能成功地繁育，所以需要不断补充新的马。果阿还有其他的优势。它拥有一座绝佳的深水港，不受季风的影响。该地区的土地特别肥沃，城市所在的岛屿，即提瓦迪岛或果阿岛，能够允许所有商品顺利进出，并在海关高效地收取关税。作为一个岛屿，它也意味着可以进行有效的防御。
狄摩吉有紧迫的理由去催促葡萄牙人在这个时间进攻果阿。马拉巴尔海岸的各城市都有穆斯林居民，但统治者是印度教徒。而在果阿，目前大多数居民是印度教徒，而统治者是穆斯林，非常不得人心。印度教徒被迫缴纳苛捐杂税。一群鲁姆战士的存在更加剧了当地的骚动，这些人是从第乌战役逃出的残兵败将，在这里鱼肉百姓。对阿尔布开克来说特别重要的是，这些鲁姆人有复仇的计划。他们在模仿葡萄牙人的设计，建造了不少克拉克帆船，可能还得到了欧洲叛徒的帮助。他们也请求马穆鲁克苏丹送来更多的援助。事实上，果阿正在成为穆斯林反攻法兰克人的基地。
狄摩吉强调，此时是进攻的最佳时机。比贾布尔的苏丹刚刚驾崩，他那年轻的儿子阿迪尔沙阿[4]远离城市，正在镇压叛乱。果阿岛上的守军不多。另外，比贾布尔因为几乎常年与毗奢耶那伽罗交战而受到牵制。城内会有人支持葡萄牙的接管，狄摩吉可以亲自去安排此事。他对果阿城、它的地形地貌与进入道路了如指掌。他与当地印度教徒群体的领袖有亲戚关系，这些领袖也会欢迎葡萄牙人将他们从穆斯林手中解放。海盗的具体动机可能很难揣测，但他已经证明自己是葡萄牙人的忠诚盟友，他的间谍网络显然很广。阿尔布开克倾向于相信他。果阿也符合他自己那建立一个印度帝国的蓝图。只有占据了土地，才能让葡萄牙的印度事业稳固无虞。果阿的战略位置非常有利于控制香料贸易，而垄断了马匹贸易之后也能让葡萄牙人干预南印度错综复杂的军事与政治博弈。果阿很容易防守，而且葡萄牙人与印度教徒也没有宗教争端。
攻占果阿就像狄摩吉说的那样轻松，不过要守住它就困难得多了。这位印度海盗集合了他自己的两千人马，帮助葡萄牙人的行动。2月15日或16日，阿尔布开克派遣侦察船进入曼杜比河的河口去测深。水深足够，他那最大型的克拉克帆船也可以行驶。他们准备从海陆两路发动钳形攻势。狄摩吉的人占领并拆毁了陆地一侧的一处炮兵阵地。阿尔布开克的外甥攻击了河口岛上的另一座炮台。在短暂而激烈的战斗之后，防御土崩瓦解，当地指挥官撤入城内。与此同时，狄摩吉已经渗透进城。城内出来两名代表，与葡萄牙人相见，提出要和平地投降。阿尔布开克向民众发布宣告，对居住于此的穆斯林和印度教徒都施行全面的宗教宽容，并减税。他唯一的条件是必须将鲁姆人和阿迪尔沙阿的雇佣兵驱逐出去。这些人乱哄哄地逃离了城市。
3月1日，总督举行了隆重的典礼，大张旗鼓地正式占领果阿。新训练的士兵集合在码头上，长枪的枪尖闪闪发光。阿尔布开克身穿精美铠甲，踏上陆地，受到八名果阿显赫公民的屈膝迎接。他们向他献上了城门钥匙。他骑着一匹配有镶银马鞍的骏马入城，两侧群众大声呼喊，专业的乐队演奏鼓点和笛子，一名修士高举镶嵌着宝石的十字架，基督骑士团的旗帜（白底红十字）宣示了基督的得胜。
从阿尔布开克涉足果阿岛开始，他就将其视为葡萄牙的永久产业。他的一举一动也都是遵循这个精神的。他以严格的纪律约束部下，不准掳掠，不准向人民施加暴力、抢劫或强奸，因为这些人民如今是曼努埃尔一世的子民。在随后的岁月里，面对超乎寻常的挫折和激烈的批评，总督将一如既往地、顽强地坚持这种立场。
他们仔细探查了全城。王宫中拥有大广场、香气扑鼻的花园和精美的木制亭台楼阁，像卡利卡特王宫一样辉煌。他们在御厩发现了一百五十匹阿拉伯骏马和一百头大象。狄摩吉的报告，即鲁姆人在果阿备战，也被证明是正确的。船坞内有大型克拉克帆船正在建造，兵工厂里也堆满了军用物资——大炮、火药和剑，还有用于制造大型航海远征所需一切装备的锻炉与器械。总督命令将未完工的船完成，以充实他自己的舰队。
阿尔布开克开始热情洋溢地建设葡萄牙的果阿。这是葡萄牙在亚洲获得的第一处领土。为宣示它的永久性，两周内他就命令建造一家铸币厂，“以铸造新货币，在国王陛下的新国度为他效劳”。[5]此事体现出了他对当地局势的敏感。城市的显贵人物很快就来找他，谈及果阿没有自己的货币，而货币是重振贸易的必备条件。新的主要货币是克鲁扎多或曼努埃尔，这是一种闪闪发光的金币，一面的图案是十字架，另一面是浑天仪，即葡萄牙国王的象征。金币重量为4.56克，遵照果阿的标准，比葡萄牙的类似金币重一点。为宣布新货币的发行，它们被装在银盆里在大街小巷展示，鼓乐喧天，笛声悠扬，小丑、舞者和传令官陪同，用葡萄牙语和当地语言宣布：“这是我主国王陛下的新货币，他命令在果阿及其领地流通此种货币。”[6]
阿尔布开克对新货币的细节极其关注，这体现了他性格的复杂性：他是一位务实而思维灵活的行政管理者，对当地条件高度敏感，能够在新的框架内思考新的解决方案；但同时他也盲目自信，自负到了令人难以忍受的程度，因此造成了许多问题。辅币的正面有字母A，“以显示铸币的人”，[7]这很有争议。就是这种傲慢的举动，让他的政敌有了嚼舌根的材料，并为在葡萄牙的谣言火上浇油，称总督要把果阿变成自己的私家采邑。
殖民地管理工作的最初阶段肯定是摸着石头过河，不可能不犯错误。起初狄摩吉被任命为收税的长官，这注定要招致两个居民群体的不满，于是不得不更改他的职权范围。另外，尽管阿尔布开克承诺宗教宽容，他对“萨蒂”，即寡妇殉夫自焚的习俗感到憎恶，明令禁止。他的基督教使命感及其执拗的性格也使得他草草下令处死了一些引发骚乱的人。
在这期间，来了两名使者，一名来自沙阿伊斯玛仪一世[8]，即波斯的什叶派统治者，另一名来自阿尔布开克的老对手，霍尔木兹的瓦加·阿塔。他们都是来找阿迪尔沙阿，求他帮忙对付葡萄牙人的。他们发现阿迪尔沙阿已经没了踪影，而阿尔布开克盘踞在果阿，于是大感困惑。但阿尔布开克看出与伊斯玛仪一世合作是一个战略机遇，因为后者是逊尼派马穆鲁克王朝的死敌。他提议与伊斯玛仪一世联合行动。葡萄牙人将从地中海和红海攻击马穆鲁克王朝，沙阿则从东方发动进攻。“如果上帝应允，这项盟约能够缔结，你就能够以全部力量攻打开罗和苏丹的土地，而我主国王陛下可以进军耶路撒冷，从另一侧征服整个国家。”[9]这就是实现曼努埃尔一世梦想的机会。阿尔布开克派了一位使者去见沙阿，送去了这个建议，还给霍尔木兹的傀儡国王送去了一封好言安抚的书信，建议双方都既往不咎。被选为使者的倒霉蛋鲁伊·戈梅斯未能抵达波斯，而是在霍尔木兹被瓦加·阿塔毒死了。
总督在果阿的行动表现出极大的紧迫性。他深知这座城市的防御不足，而且年轻的阿迪尔沙阿迟早会卷土重来，索要他那宝贵的贸易港口。因为缺少石灰，没有办法制作砂浆，所以修理城防工事的工程受到很大困扰。他们不得不用石块和泥浆来重建城墙。他知道时间紧迫，于是派遣许多组劳工不分昼夜地轮流加紧施工，巩固防御，以应对可能的进攻。总督日夜都在工地上督促。他决心不惜一切代价守住果阿。但到4月时，葡萄牙人的情绪开始焦躁不安。很多葡萄牙贵族并不赞同总督的设想。雨季快到了，远方传来消息，阿迪尔沙阿正在组建一支强大的军队。由于阿尔布开克的严刑峻法，葡萄牙人与当地居民的关系有些恶化，他的一些船长开始私下里渴望返回科钦。如果不能尽快离开，就会被瓢泼大雨困住，不得不等待一个漫长的季节，甚至可能遭到围攻。很显然，敌人最喜欢的策略就是等待暴雨和糟糕的海况将葡萄牙人孤立，使其无法得到外界援助。阿尔布开克毫不动摇：果阿属于并将永远属于葡萄牙。
事实上，到4月时，阿迪尔沙阿就成功镇压了他国内的叛乱。阿尔布开克不知道的是，阿迪尔沙阿还和敌国毗奢耶那伽罗达成了停战协定。他已经准备好利用雨季困住葡萄牙人了。这个月，他派遣将领帕卢德汗率领一支大军（据说有四万人，言过其实了），而且是来自伊朗和中亚的训练有素的武士，去驱逐入侵者。这支军队抵达曼杜比河沿岸时，迅速击溃了狄摩吉匆匆拼凑的部队。隔着狭窄的溪流和充斥鳄鱼的大河，果阿岛上的守军已经看得到一支大军的帐篷和旌旗了。很显然，果阿岛的整个周长约18英里，将会把阿尔布开克的兵力分散得很稀薄，他们不得不守卫所有的沼泽渡口，因为在退潮时那些地方可以供敌军通行。帕卢德汗越过潟湖发动了一系列佯攻和试探性攻击，让葡萄牙指挥官们大为警觉、神经紧绷。他还给果阿城内的穆斯林偷偷送信。城里的人于是开始逃跑，并加入伊斯兰军队。帕卢德汗在等待天气进一步恶化。
一天，守军在紧张不安地凝视着分隔两军的狭窄小溪对面时，看到一个人走到水边，挥舞白旗。他用葡萄牙语喊道：“葡萄牙的大人们，请派人来与我谈话，传达我给总督送来的消息。”[10]一艘小艇被派出。此人自称是葡萄牙人，名叫若昂·马沙多，请求安全护送他去见阿尔布开克。
马沙多是十年前被留在斯瓦希里海岸的一名犯人，此时为阿迪尔沙阿效力，但他似乎对自己的同胞还有一些好感。他带来了有价值的建议。他传达的消息很简单。帕卢德汗的军队很快会得到阿迪尔沙阿本人的增援。雨季即将到来。葡萄牙人应当在一切都变得不可收拾之前离开岛屿；还要把沙阿的驻军逃跑时被留下的女眷和孩子归还苏丹。沙阿希望与总督保持友好关系。作为回报，他将给总督提供另一个滨海的地点，以建造一座要塞。
这包含威胁、利诱和劝说对方理智行事的言辞。阿尔布开克对其不予理睬，他不愿意和对方谈条件。他骄傲地回答道：“葡萄牙人咬住的，永远不会松口。”[11]他也不会归还“任何儿童或妇女，他要把这些妇女留下当作葡萄牙人的新娘，并希望她们成为基督徒”。[12]阿尔布开克固执己见的谈判风格让大家很是震惊，但这已经不是第一次了。他的答复被送到帕卢德汗耳边时，这位将军“瞠目结舌，因为他知道总督手下的人极少”。[13]他回到自己的营帐，命令建造大型木筏，即将许多独木舟捆缚连接而成的平台，以运送军队过河。
阿尔布开克执拗地固守自己的帝国霸业愿景，不肯听别人的意见。他相信自己能坚守熬过雨季，一直到8月从里斯本来的下一支舰队抵达。他还不知道，阿迪尔沙阿与毗奢耶那伽罗的停战意味着阿迪尔沙阿后院安全无虞，可以放开手对付葡萄牙人。阿尔布开克还对自己部下越来越严重的不满情绪充耳不闻。敌人不断越过小溪发动袭击，令葡萄牙人神经紧绷，没有作战的时候还要被阿尔布开克督促加快修建城墙。越过水道，他们可以看到敌军是多么雄壮。酷热消耗了人的体力，粮食配给越来越少，许多葡萄牙贵族和士兵越来越闷闷不乐，越来越不理解阿尔布开克。就连狄摩吉也和丝毫不肯让步的阿尔布开克争吵起来。大雨开始倾盆而下，海上开始波涛汹涌，葡萄牙人感到自己落入了陷阱。总督越来越孤立，就像在霍尔木兹的时候一样。他依赖于一小群对他本人忠心耿耿的贵族，其中最突出的是他的外甥，年轻的安东尼奥·德·诺罗尼亚，他雄心勃勃且英勇无畏。然而，果阿的居民，不管是印度教徒还是穆斯林，都在盘算自己的机遇，觉得或许投靠城外的军队会比较好。
帕卢德汗得知葡萄牙指挥官之间的分歧越来越厉害，于是选择了一个非常好的时机来发动总攻。5月10日或11日夜，大雨瓢泼，劲风抽打着棕榈树，当时正是退潮时间，渡口很容易通行，成群的木筏被推过河流的浅水。在夜间的混战中，葡萄牙人和当地马拉巴尔人的混合部队被打了个措手不及。两支队伍之间缺乏凝聚力。他们迅速溃败，张皇失措地逃窜，竟然丢弃了大炮。很快，葡萄牙人被打退进城。一些土著部队叛变。城里的穆斯林揭竿而起，反对他们的新主人。阿尔布开克拼命想控制局面，城内爆发了激烈巷战。
没过多久，葡萄牙人被围困在城堡内。一连二十天，总督敦促部下顽强抵抗，持续不断地巡视各个指挥部，一边骑行一边吃饭，但用泥浆黏合、匆匆建起的城墙不可避免地坍塌了。市民的反叛在蔓延。很显然，他没有足够多的兵力无限期地防守下去。阿迪尔沙阿也驾临前线。从城墙上，葡萄牙人能看得见海洋一般的帐篷和蓝红两色的旗帜，“他们的所有帐篷之上都飘扬着旗帜，他们恐怖的呼喊打碎了我们士兵的斗志”。[14]越来越多的指挥官请求趁着还有机会赶紧撤退，但活着逃出果阿港、回到安全的科钦的希望一天天渺茫。总督在其亲信支持下，