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他们召回了苏联最高苏维埃中的立陶宛籍人民代表，并宣布建立自己的军队。立陶宛共产党发生了分裂，大部分归顺到独立力量一边，小部分转入地下。戈尔巴乔夫对此没有做出任何决定，他不知道该如何维护苏联的宪法和维护统一。“戈尔巴乔夫的犹豫不决，促使立陶宛、拉脱维亚、爱沙尼亚三国领袖越走越远”。[89]4月末立陶宛方面表示要与中央对话，“立陶宛不反对将独立宣言解释为一个视共和国地位为‘革新后苏联的参与成员’的文件。这一方案的具体实现应当与联盟商定，分阶段进行。这是寻求实际解决问题的基础”。[90]在立陶宛代表团与中央代表团的谈判中，双方的立场都很强硬。
在立陶宛独立的同时，爱沙尼亚最高苏维埃也于1990年3月30日通过向独立过渡的决定，5月8日改国名为爱沙尼亚。拉脱维亚最高苏维埃也于1990年5月4日通过独立宣言，宣布改国名为拉脱维亚共和国，恢复1922年共和国宪法。尽管戈尔巴乔夫一再宣布他们的独立是非法的，但无法阻止他们走上独立之路。波罗的海三国的独立效应在苏联起了示范性作用。
1990年10月4日，立陶宛通过《叛国法》，规定立陶宛共和国公民如果主动参加“其他国家”或者“外国组织”，旨在破坏立陶宛主权的活动，将被剥夺自由15年，或被判死刑并没收个人财产。1990年11月20日立陶宛议会通过了组建国土保卫局的决议，实际上承担国防部的职责，开始组建军队。由于商品极度短缺，立陶宛政府被迫于1991年1月6日傍晚大幅度调整商品价格，第二天街头出现了抗议活动，一些大企业宣布罢工。1月8日，维尔纽斯市街头被不满的群众挤满，形成了以“统一运动”、拥护苏共的立陶宛共产党人和工会为一方，以拥护分离的“萨尤季斯”、“立陶宛自由联盟”为另一方的对抗。为了平息事态，议会通过了撤销政府调整价格的决议，普伦斯克涅—布拉藻斯卡斯政府辞职。
对于波罗的海三国不断发展的独立倾向，从1990年底开始，戈尔巴乔夫也曾倾向于用强力手段解决。1991年1月10日，戈尔巴乔夫向立陶宛最高苏维埃发出最后通牒，要求在立陶宛恢复苏联宪法的效力，立陶宛没有答复。立陶宛内部要求立陶宛留在苏联的人们积极行动起来，成立了救国委员会。国防部长亚佐夫、国家安全委员会主席克留奇科夫、内务部长普戈认为局势可能失控，“萨尤季斯”与救国委员会可能发生冲突，要求实行总统治理。1991年1月11日立陶宛“民族自救委员会”成立，他们向常驻立陶宛的维尔纽斯卫戍区和波罗的海军区求援。军队于1月12日控制了维尔纽斯电视台，当夜，坦克开进了维尔纽斯，13日凌晨1时30分，坦克包围了立陶宛电视台大楼，克格勃特种部队强行占领了这座大楼，有14名立陶宛人和1名特种兵战士死亡；军队在进攻议会大楼时，遭到群众阻挡而停了下来。立陶宛最高苏维埃主席兰茨贝基斯号召市民抵抗，保卫立陶宛共和国，苏联其他共和国也声援，国际社会反响强烈，美国、欧洲许多国家，日本等都发表声明，指责苏联在立陶宛用兵。在内外压力下，维尔纽斯卫戍区部队撤回了兵营。这次事件挽救了正在丧失威信的兰茨贝基斯等民族分离势力，转移了人们对他们提价政策的不满，损害了苏联的形象，给国际社会造成了民主受到暴力镇压的印象，立陶宛共产党以及一切被公众认为同这次事件有关联的力量实际上被消灭了。
叶利钦等民主反对派借立陶宛事件对戈尔巴乔夫等人进行了强大的政治攻势，叶利钦飞到了爱沙尼亚，与波罗的海三国的最高苏维埃主席一起商讨对策，表示相互支持，并呼吁联合国秘书长召集紧急会议。1月20日“民主俄罗斯”运动在莫斯科组织20多万人参加的游行，声援立陶宛，要求苏联总统、国防部长辞职，要求俄罗斯有自己的总统和军队。
在这一背景下，戈尔巴乔夫开始逃避责任，他声称自己对使用军队一无所知，国防部长亚佐夫、国家安全委员会主席克留奇科夫、内务部长普戈也声称没有下令动用军队。雷日科夫认为，没有戈尔巴乔夫的同意，军队不可能参与。[91]“为了控制当地局势，苏联国防部副部长瓦连尼科夫被紧急派往维尔纽斯。瓦连尼科夫将军和驻地军官进行交流之后，马上建议在立陶宛实施苏联总统直接管制，但戈尔巴乔夫否定了他的建议”。[92]戈尔巴乔夫在1月22日的讲话中说：“发生在维尔纽斯和里加的事绝对不是总统的路线，正是为了实现这一路线才实行总统制。因此，我坚决驳斥围绕这一问题的所有投机、所有怀疑和诽谤。”他要求政治组织通过法律的途径获取政权，不要使用武力。[93]
关于立陶宛事件，经过多年的调查，立陶宛法庭于1999年8月宣布对立陶宛共产党6个前共产党人士进行长期监禁，其中包括立陶宛共产党中央第一书记布罗季亚维丘斯和中央部长叶尔莫拉维丘斯，其罪名是参与“民族自救委员会”和领导苏联特种部队。但圣彼得堡出版的《记者调查》证实，是“萨尤季斯”的战斗队员制造了1月12日晚的流血事件，他们是从电视塔附近建筑物的顶部向人群开枪的。[94]立陶宛事件，为民族主义分子制造了反对联盟的口实。
法律手段不起作用，军事手段行不通。维尔纽斯事件的后果是严重和长远的，这一事件被叶利钦充分利用，“正是维尔纽斯事件促使叶利钦及其控制的最高苏维埃发表同时应当指出的是，维尔纽斯事件还产生了另一种结果：它促使叶利钦及其他共和国的领导人签订共和国间的双边协定——顾及每个伙伴的利益、以每个共和国在其境内最大限度主权完整为前提的协定”。[95]1991年2月9日，立陶宛举行全民公决，90%的公民投票支持国家独立。此后，波罗的海三国脱离苏联已成定局。
如果仅仅是波罗的海三国脱离苏联本不会对整个联盟造成什么伤害，它们三国人口只占苏联总人口的2.8%，也不拥有重要资源。然而，波罗的海三国的独立进程起了示范性作用，大大鼓舞了其他共和国民族主义的发展，1989年9月乌克兰“鲁赫”成立，摩尔多瓦、亚美尼亚、塔吉克、吉尔吉斯等都出现了民族冲突。1990年以后苏联经济状况恶化，苏共和联盟中央机关的瘫痪，助长了民族主义和分离主义，一些人开始认为，只要脱离苏联，人民就会过上好日子。民族主义逐渐演变成了分离主义，但这些民族分离主义并不能动摇苏联的根基，最后埋葬苏联的是俄罗斯的民族分离主义。
俄罗斯民族分离主义给联盟的最后一击
俄罗斯是苏联的支柱，苏联虽然是由15个加盟共和国组成的，但力量并不平衡。苏联的面积是2240.22万平方公里，俄罗斯的面积为1707.54万平方公里；1981年苏联的人口是2.666亿，俄罗斯的人口为1.39165亿。[96]在自然资源、经济实力等各方面，俄罗斯相对于其他共和国都占有绝对优势，苏联可以没有波罗的海三国，可以没有外高加索三国，但绝不能没有俄罗斯。
在苏联各地民族主义思潮奔涌、民族分离主义日益发展之时，作为苏联最大加盟共和国的俄罗斯并没有站在联盟一边，叶利钦为了与戈尔巴乔夫争权，对民族分离主义浪潮推波助澜，是波罗的海三国与联盟争权和独立运动的积极支持者，到1990年6月，俄罗斯这一全新因素加入了民族分离主义的大合唱，6月12日，在叶利钦等人的鼓动下，俄罗斯人民代表大会以压倒多数（903票赞成，13票反对和9票弃权）通过了《关于俄罗斯苏维埃社会主义共和国联邦国家主权的声明》，宣布俄罗斯联邦是一个主权国家，俄罗斯宪法和法律在俄罗斯全境内至高无上，俄罗斯联邦保留退出苏联的权利。这表明：“俄罗斯内部倾向获得主权的情绪开始迅速发展。这种情绪是渴望与努力在本国疆域内团结起来，永远摆脱这样的状况：在俄罗斯发号施令的同时，又在许多方面与苏联融为一体。在俄罗斯的许多地区——非黑土地带、外乌拉尔、远东走向经济上荒芜和衰退的同时，俄罗斯仍是输血者，这在很大程度上导致了不满。”[97]
戈尔巴乔夫认为，“1990年6月12日俄罗斯最高苏维埃通过了俄罗斯苏维埃社会主义共和国主权宣言。紧随这一文件之后，其他共和国也相继通过类似宣言，不仅是加盟共和国，也还有自治共和国。开始‘主权国家大检阅’，结果，寻求与立陶宛调解之路告吹”。[98]长期在俄罗斯的意大利记者朱利叶托·基耶萨认为，1990年6月12日是苏联开始终结的准确日期，“1990年6月12日是一个转折的日期，它对后来许多事件有影响，它注定了濒死期及其速度、方式，并迅速地使挑选不同抉择的可能性丧失殆尽。正是在这一天，俄联邦最高苏维埃以绝大多数的选票赞同了其主席鲍里斯·叶利钦宣布俄罗斯为主权国家的提议。这就是所有接踵而至的分立主义倾向的起点和开端，这些分立主义分子先是断送了苏联，而后是俄罗斯”。[99]在俄罗斯的示范作用下，到1990年12月又有9个共和国：乌兹别克、摩尔多瓦、乌克兰、白俄罗斯、亚美尼亚、土库曼、塔吉克、哈萨克斯坦、吉尔吉斯发表了主权宣言。1990年10月24日，苏联最高苏维埃通过法令，重申联盟法律优先于共和国法律，但同一天俄罗斯联邦最高苏维埃通过决议，规定在俄罗斯境内共和国法律高于联盟法律。
在这种背景下，戈尔巴乔夫把改革联盟体制、建立新的主权共和国联盟提上了日程，1990年9月25日，成立了包括苏联总统、最高苏维埃主席、部长会议主席、民族院主席、各共和国负责人在内的筹备委员会，起草新联盟条约。1990年11月23日，新联盟条约草案公布，供全民讨论，波罗的海三国和格鲁吉亚明确表示不签署联盟条约，俄罗斯提出了许多保留条件，叶利钦更热衷于与其他共和国进行双边谈判和签订双边条约。
1990年12月24日，苏联第四次人代会通过了《关于新联盟条约的总概念及其签署程序》的决议，决定把现行联盟改组为“自愿平等的主权共和国联盟——民主的联邦制国家”。决定由专门的委员会负责条约的起草工作和决定签署的程序。为了取得民意的支持，苏联最高苏维埃于1991年1月16日通过决定，在3月17日就是否保存革新后的联邦举行全民公决。1991年初建立了起草新联盟条约草案的专家小组，领导人是苏联科学院副院长弗·尼·库德里亚夫采夫和总统的两个代表：列文科和沙赫纳扎罗夫，参加这一小组工作的有经济学家、法学家、政治学家，各加盟共和国的领导人和自治共和国的领导人参加讨论和做出决定。戈尔巴乔夫这一行动采取得过晚，这是在中央与各共和国关系紧张的情况下开始的。加盟共和国的对抗使中央名存实亡，为摆脱危机，戈尔巴乔夫不得不通过签署新联盟条约来寻求出路。
与此同时，俄罗斯与中央之间的矛盾加剧，在1991年初，莫斯科街头游行不断，矿工举行罢工，不断提出让苏联总统和内阁辞职，1991年2月19日叶利钦在苏联电视台发表讲话：“事情已经非常清楚，戈尔巴乔夫保留‘改革’这个词的同时，不愿意进行实质上的改革，他要保存现有体制，保存强硬的中央集权，不给予各加盟共和国特别是俄罗斯以独立自主。……我完全不同意总统的立场和政策，我要求他立即辞职。”[100]3月9日，《真理报》刊登了主权国家联盟条约的第一个方案，叶利钦改革已经进行了6年，人们让我们相信，我们正在破坏这个体制，我们事实上已经走上了民主的革新，原来这是一个谎言。”[101]叶利钦摆出了一副要与联盟中央对着干的架势。
叶利钦想阻挠和破坏全民公决，他认为：“全民公决的目的，其一是为了赋予全国范围内的紧急状态以合法性质，其二是为了取得同俄罗斯的独立进行斗争的‘合法权利’。”[102]1991年1月26～27日在哈尔科夫召开“主权共和国民主力量大会”，有来自11个加盟共和国的40多个政党和组织参加，俄罗斯联邦共产党、俄罗斯自由民主党、“民主俄罗斯运动”都参加了会议，会议号召对3月27日举行的是否保留联盟的全民公决说“不”。[103]2月7日，俄罗