穆斯林的痴心妄想、平定了印度，我会非常高兴。”[18]也的确需要阿尔布开克这样一个具有战略天赋和极度自信的人，才能清楚地看到果阿的价值。

事实上，在阿尔布开克写这封信的时候，果阿又一次遭到围攻。他在马六甲期间对果阿的安全心急火燎，果然是有道理的。他之前关于维护果阿岛防御的指令遭到忽视。阿迪尔沙阿派遣了一支强大的军队，卷土重来，要夺回原属于他的领土。他的军队强行通过了渡口，并在岛上具有战略价值的贝纳斯塔里姆渡口建造了自己的一座相当强大的要塞。随后他们以这座要塞为基地，攻打果阿城，将其围得水泄不通。所以，阿尔布开克必须再次推迟去往红海的远征，先保障果阿的安全。

这一次，阿尔布开克没有匆忙行事。雨季将会严重阻碍援救果阿的行动。从马六甲战役返回的幸存者精疲力竭。战争、死亡大大削减了他的兵力，而且他还不得不留下一支相当大的部队和不少船只驻守马六甲，所以他手头的力量不足以有效地驰援果阿。他需要等待本年度的香料舰队从里斯本赶来。在此期间，阿尔布开克寄希望于果阿要塞能够坚守住。“上帝佑护，”他在给国王的信中写道，“只要不发生内部叛乱，就不必害怕攻打您的要塞的穆斯林。”[19]

在初期的绝望之后，果阿的葡萄牙守军的斗志在1512年夏季有所改善。阿迪尔沙阿的叛教者译员若昂·马沙多渴望恢复自己出生时的信仰，倒戈到葡萄牙人那边，令葡萄牙人士气大涨。马沙多的变节非常悲惨。他有一个穆斯林妻子和两个孩子，他秘密地让他们接受洗礼，成为基督徒。从穆斯林阵营溜走的时候，由于某种原因，他只能带走自己的妻子。为了不让孩子在穆斯林手中当异教徒，他把孩子溺死，好让他们直接升天堂。马沙多只带来了不多的人手，但他知晓沙阿的将领们的秘密计划，非常熟悉他们的战术，并且也知道他们的资源情况和要塞的弱点。消息传到果阿的葡萄牙要塞，说总督还活着，这进一步鼓舞了大家的士气。由清真寺改建的教堂响彻钟声，守军写信给总督，宣称他们能够守住，但他需要率领强大的兵力前来援救。

8月中旬，从里斯本来的舰队抵达科钦。它没有像阿尔布开克的政敌期望的那样送来新任总督，而是给阿尔布开克提供了他急需的大量援兵和装备：十二艘船和一千五百名装备精良的士兵。他欣喜若狂：“似乎陛下现在要给予印度应有的重视了。”[20]令他尤其高兴的是，曼努埃尔一世答复了他要求派遣训练有素的军官的请示。曼努埃尔一世送来了两名军官、意大利战争中瑞士战术的老兵、连队士官、三百支长矛、五十支弩弓和一批火枪。在这些军官的指导下，葡萄牙人组建了一支八百人的部队，分成三十二个排。一丝不苟的操练开始了。士兵们定期举行射击训练，射术最好的人能得到赏金。他们还接受队伍的机动训练，以便能够作为一个有效的单位进行协调熟练的动作，而不是乱哄哄地各自为战。最妙的是，这些士兵如今接受阿尔布开克的直接指挥。

雨季结束了，总督做好了出征的准备。他坚信自己能够驱逐穆斯林军队，尽管敌我双方的兵力依旧悬殊。红海在召唤他。他打算尽快夺回果阿，然后运用这支强大的新军队，在两个雨季之间至少封锁住红海的咽喉。

1512年10月底，阿尔布开克抵达果阿。11月底，战役就结束了。他大胆地猛冲猛打，首先摧毁河里的防御木栅，将贝纳斯塔里姆与大陆分隔。然后他从那里进入果阿城，攻击沙阿的军队。在一场短暂而激烈的野战和攻城战（葡萄牙人在城外炮击城墙）之后，沙阿的将军升起了白旗。

葡萄牙军官们像以往一样，打得十分蛮勇莽撞。河上的战斗尤其激烈。贝纳斯塔里姆要塞守军从城墙上用精准的炮火扫荡河面，轰击葡萄牙船只（有用椰子纤维制作的软垫提供防护）。雷鸣般的炮声让人短暂失聪。就连阿尔布开克也不得不斥责一些船长毫无必要的冒险。“我常批评他们过于鲁莽地亲身涉险，拿自己的身体和性命冒险……他们会走到船楼上，站在最危险的地方……有时我看到他们对安全防范置若罔闻，非常痛心。”[21]但他自己也总是身先士卒，从不躲避战斗的危险。穆斯林要塞射出的一枚炮弹命中了他的小船，打死了两名桨手。敌人以为阿尔布开克也死了，于是欢呼胜利。这时阿尔布开克站了起来，向敌人要塞展示自己，证明他们的错误。他奇迹般的生还令他的敌人和朋友都相信，他一定是刀枪不入。在最后炮击贝纳斯塔里姆时，他又一次亲临最前线，审视部队的部署。敌军炮手发现了他，瞄准他射击。与他不和的葡萄牙贵族迪奥戈·门德斯·德·瓦斯康塞洛斯建议他掩蔽。这一次阿尔布开克听取了别人的建议，躲到一块岩石背后。随后一枚炮弹击中了他旁边的一个人，鲜血溅了他一身。

葡萄牙贵族希望遵照自己的荣誉法则不顾一切地奋勇拼杀，但阿尔布开克对兵力有着自己的战略部署。这两方面在战术上的分歧不断造成麻烦。贵族们渴望挥舞巨大的双手重剑，进行英雄的单挑对决，赢得战利品、扬名立威，而总督要的是将组织有序的部队运用于连贯协调的战术。他那些训练有素的部队发挥了极大杀伤力。由长枪兵、弓箭手和火枪手组成的密集队伍以良好秩序在战场上运动，在正面对垒中将队形松散的穆斯林散兵逼退到城墙下。葡萄牙人组成了“秩序井然的方阵……队形紧密，长枪黑压压地伸出，举着八面团旗，战鼓齐鸣、吹奏笛子”。他们以密集队形缓缓前进，“用许多火枪不断射击，枪是这一年从葡萄牙运来的”。[22]阿尔布开克预见到了未来的战争形式，但它不受贵族们的欢迎。由炮火而不是攀爬城墙来决定战局，严重地违反了中世纪军事文化的精神。很多葡萄牙人希望猛冲进城、大肆洗劫，而不顾这种战术可能造成的无谓伤亡。阿尔布开克抵制住了这些人的坚决反对，与敌人进行投降谈判。根据协定，所有穆斯林及其家眷均可安全撤离。其他的一切——火炮、马匹、武器，必须留下。穆斯林将被安全地送过河，但只能带走他们身上穿的衣服。只有一个问题：沙阿的军队里有一些葡萄牙和其他基督教国家的叛教者，这些人必须被交出来。穆斯林将军非常不愿意交出这些人，因为他们已经皈依了伊斯兰教。最后，双方达成了协议。阿尔布开克同意饶恕这些叛教者。

穆斯林安全撤离了，没有受到伤害。阿尔布开克信守了关于叛教者的诺言：他饶了他们的性命。但仅此而已。这些俘虏被关在囚笼里一连三天。大家讥笑他们，向他们扔泥土，拔掉他们的胡须，以示羞辱。第二天，叛教者的鼻子和耳朵被割掉；第三天，他们的右手以及左手拇指被砍断。然后，他们的伤口被包扎起来。很多人死了，幸存者则“非常耐心地忍辱负重”，说“他们的严重罪孽理应受到更严酷的惩罚”。[23]阿尔布开克不断演化的战术如同外科手术，节约人力和时间，但受到了很多人的憎恶。他的敌人散播谣言，称他接受了敌人的一大笔贿赂，因此纵虎归山，让敌人逃走，将来还能再战。事实上，阿尔布开克相信自己无须杀掉所有敌人。他认识到，贝纳斯塔里姆是整个果阿岛的关键所在。他重建了贝纳斯塔里姆的要塞，重组了其他所有渡口的防御，将岛屿严密地封锁起来。葡萄牙部队继续操练。他知道，果阿已经永久性地成为葡萄牙王室的财产了。现在，只有科钦和坎纳诺尔的那些反对他的派系才能够危害果阿。

第二次击败阿迪尔沙阿之后，葡萄牙在亚洲成为一支强大的力量。在1510年葡萄牙人第一次占领果阿的时候，一位科钦商人就宣称：“总督转动了钥匙，把印度进献给他的国王。”[24]他说的“印度”指的是东印度的沿海贸易。葡萄牙人的微弱力量当然不足以直接威胁印度次大陆的主要强国比贾布尔和毗奢耶那伽罗，但葡萄牙人如今成了印度政治的一个参与者。阿尔布开克天才地认识到了果阿的战略意义，它是两个互相争斗的强国之间的裂纹线，是比卡利卡特或科钦优越得多的商业枢纽。最关键的是，他如今控制了波斯的马匹贸易。从霍尔木兹运来马匹的船只被他的战船引导到果阿，商人及其珍贵的货物都得到了极好的待遇。每年有一千匹马通过果阿岛；葡萄牙王室从中获取了巨额利润，约为300%至500%。

阿尔布开克是自亚历山大大帝以来第一个在亚洲建立帝国霸业的欧洲人。他那雪白的长须和令人生畏的严峻面容，使得印度洋各地的人对他产生了一种迷信的敬畏。在马拉巴尔海岸，他们把当地的一种鱼命名为“阿方索·德·阿尔布开克”，并将其用于魔法咒语。他的孟加拉敌人诅咒他是“印度巨犬”。他运用自己的聪明才智，去理解印度洋错综复杂的商业和帝国竞争——印度教徒与穆斯林、什叶派与逊尼派、马穆鲁克王朝和波斯人、毗奢耶那伽罗和比贾布尔、霍尔木兹和坎贝、卡利卡特和科钦之间的争斗，以及第乌的马利克·阿亚兹狡黠的生存策略。阿尔布开克带着精明敏锐投入了这场政治游戏，分而治之，利用其中一派去对付另外一派，同时保持冷静，不抱幻想。他不信任协定和友谊的保证，因此在给曼努埃尔一世的信中清楚地介绍了印度洋外交的现实：

陛下的目标是控制他们的贸易，并摧毁麦加贸易，那么他们竭尽全力去阻止您，您还会感到震惊吗？……陛下觉得可以用好言相劝、和平提议和保护来留住他们……但唯一让他们尊重的，就是暴力。我率领一支舰队抵达的时候，他们第一件事情就是查清楚我有多少人、什么样的武器。如果他们判断无法战胜我们，就和和气气地接待我们，诚实守信地与我们做生意。如果他们觉得我们很弱，就拖延搪塞，准备做出我们无法预测的反应。若是没有军事支持，我们不能和任何国王或领主建立盟约。[25]

所有人都不得不应对新的现实：葡萄牙的势力将在亚洲长久存在。1512年年底，各国使臣蜂拥来到果阿，向葡萄牙人致敬邀宠。阿尔布开克渐渐认清了穆斯林在印度洋的广泛分布，并务实地认识到是不可能将其全部消灭的。为了消灭马穆鲁克王朝，他也开始巧妙地寻求与敌视马穆鲁克王朝的伊斯兰权贵合作。毗奢耶那伽罗和比贾布尔都非常需要马匹贸易，他就借此操纵它们。他与古吉拉特的穆斯林苏丹建立了关系，并派遣另一位使者，米格尔·费雷拉，去拜见波斯的沙阿伊斯玛仪一世；这位使者比他的前任幸运。扎莫林似乎终于接受了葡萄牙人将在印度长久盘踞的现实，送来了和平建议，并允许他们建造一座要塞。阿尔布开克接受了，但也在制订其他计划。他在第乌的老对手马利克·阿亚兹特别热切地希望知道他的意图。阿尔布开克请求阿亚兹的主公——坎贝苏丹，允许他在第乌建造一座要塞。阿亚兹热切地希望坎贝苏丹不会同意。

阿亚兹的使者遭到了一场教科书式的恫吓。重返基督教的前叛教者若昂·马沙多把这个倒霉的家伙带去参观了被葡萄牙炮火打得七零八落的贝纳斯塔里姆防御工事，带他去看马匹贸易那令人惊叹的马厩设施、军械库和仓房，以及那些造成巨大破坏的重型射石炮，还邀请他把自己戴头巾的脑袋伸进炮管，去亲身体验一下它们是多么庞大。最后，使者被穿上一件钢制胸甲，领到一面墙前，让一名士兵用火枪瞄准他的胸膛。一声枪响，使者觉得自己的末日到了。但子弹在胸甲上弹开，没有对他造成任何伤害。阿尔布开克向浑身战栗的使者解释称，葡萄牙的铠甲是防弹的，并请他把这件胸甲带回去给他的主公，作为证据。阿尔布开克的这一套动作，都是为了震慑对方。毫无疑问，假如马利克·阿亚兹亲自穿上胸甲做同样的实验（阿尔布开克可能想到了这一点），他肯定会被杀死，因为向使者射出的子弹是用蜡做的假货。

对于正在求和的扎莫林，阿尔布开克有更玩世不恭的解决方案。他向扎莫林的兄弟（比较亲葡萄牙）提议，或许一次简单的下毒就能澄清问题。扎莫林果然死了。他的继承者成了葡萄牙的傀儡。总督得以写信报告曼努埃尔一世，他终于“掐住了这头山羊的喉咙”。[26]卡利卡特的问题就这样几乎不流血地解决了。后来，这座城市变成了一个落后的穷乡僻壤，它原先欣欣向荣的贸易全都转移到了果阿。同样的命运也降临到曾积极支持葡萄牙人的两座港口头上，即坎纳诺尔和科钦。所以，从长远来看，支持搞垄断的帝国主义者是没有好下场的。

在此期间，一名埃塞俄比亚使者来到了果阿。这是一个形迹可疑的角色，名叫马太，是埃塞俄比亚太后艾莱妮派来的。他代表少年国王（也就是葡萄牙人寻觅了许久的祭司王约翰），送来了一封信和真十字架的一块碎片。这个事件让葡萄牙人欣喜若狂，但也有人怀疑马太是个骗子。埃塞俄比亚人提议与葡萄牙人结盟，以粉碎埃塞俄比亚以北的穆斯林势力；他们甚至提议了一个计划，将尼罗河（它浇灌着埃及肥沃的三角洲地带）上游改道。这个恢宏的计划对阿尔布开克很有吸引力，他相信马太真的是埃塞俄比亚使者，并让他随同香料舰队于这年冬季返回曼努埃尔一世那里。马太得到了葡萄牙国王的热情接待。阿尔布开克似乎万事如意，一切顺利。