“为向台湾省警务处申请先生入境”；史语所收到夏鼐寄去的照片后，4月25日，曾电台湾省警务处：“本所现调研究员夏鼐来台工作，敬乞惠发入境证。”21夏鼐最终选择留下，他在5月3日的日记中写道：“昨日接到台湾方面来信，今日赴王则诚君处，转达傅先生邀请赴台之意，时局如此，谁还再走死路？”22
1949年9月3日，夏鼐接受浙大聘书，秋季即开始在浙大开设人类学与考古学的课。20世纪50年代初，郭宝钧在新中国的科学院考古所的学习会上谈到当时的情况，“作铭（夏鼐）给我说，我们不要走，我们还有前途，我们留下还有许多事情要做。”1950年，夏鼐出任中国科学院考古所副所长。而傅斯年、李济及史语所的大多数人则渡海去了台湾。
政权易迭，破旧立新。在大陆的考古学家开始铲除李济、董作宾等人的影响。史语所安阳发掘的成绩，是国人的骄傲。范文澜在1942年主编的《中国通史简编》“商代的生产工具”一节中说：“商代生产工具，已经不是石头工具而是金属工具。殷墟发掘专家李济说：‘大多数石器都非平常用的东西，有的是一种艺术的创造，有的是一种宗教的寄托，这些东西，在周朝多用玉琢，如璧琮一类的礼器，在殷墟所见仍为石制。’又殷墟发现许多铜器，有矢镞，有钩，有矛，有刀与削，有斧与锛，有觚，有爵，有各种铜范。李济在论殷墟五种铜器说：‘殷墟铜器，以矢镞为最多，金属原料，只有到了最便宜时，才能用作箭镞，实际上在青铜时代用作箭镞的仍是骨与燧石，这就是说用铜的时代，并不一定用铜作矢镞。”到1949年9月重新修订出版的《中国通史简编》，在叙述商代历史和殷墟发掘的葬坑与出土器物时，只剩一句话，“解放前也有人做过一些发掘”。到“文革”后期再版的《中国通史简编》只有“地下发掘证明”六个字。一夕之间，鲁迅博物馆取下正在展出的一张李济、鲁迅、杨杏佛1933年的合影照，裁去李济，重新挂出时变成了两人照。重新编辑出版的《郭沫若全集》，删去了1946年郭沫若到南京参加旧政协筹备会回来写的《南京印象》中的一节。郭氏写到，李济接待他时穿着一件已经褪色的破旧汗衫，使他非常感动，“不知怎的，我就好像遇见了亲人一样。我接触了我们中国的光荣一面”。20世纪50年代初，郭沫若写了一篇名为《蜥蜴的残梦》的文章，对李济、董作宾等人所作的“旧中国考古发掘”进行了猛烈的攻击，认为他们“或兢兢于古器物尺度轻重的校量，或则根据后来的历法推谱的‘殷谱’，真可以说是捧着金碗讨饭了”。
夏鼐主持的中科院考古研究所，在否定过去所受的教育，否定过去考古发掘的实绩，彻底与去台的师友一刀两断的同时，仍在“汉承秦制”。如李济1929年主持考古组工作之始，就与同人约定：一切出土物归公，私人绝不收藏古物；50年代初，新成立黄河考古队时，队长夏鼐也对队员作出不收藏古董的规定。再如，李济推翻了把古器物学局限在三代有文字的范围内的观点，突破了王国维考古研究只有带款式的完整器物才有价值的看法，提出：一切的原始材料，只要能体现人类的活动，哪怕是残陶碎骨，只要是有计划的科学方式采集得来的，都能显现其学术价值；夏鼐也在各种考古训练会上强调：衡量考古的成绩，主要不是看发掘出什么东西，而是要看用什么方法发掘出这些东西；不要有“挖宝思想”，居住址出土的遗物多是破碎的陶片，但其研究价值却往往胜过有珍贵随葬品的墓葬……
然而，顺应时代，自觉改造，毕竟是那一代知识分子的唯一选择。从出版的《夏鼐日记》中，能看到他后来改写《日记》的心路历程，及他当时的处境。如他在1947年7月24日评价尹达《中国原始社会》时，原文为：“以刘君攻考古学，故对于考古学上之材料，认识较真切，对于龙山文化尤多新材料，以马列主义为□□（此处原文为方框“□”），故有时不免陷入幼稚……”后改为：“以马列主义为主导思想，故有时颇多新见解……”23这一改，政治对学术的影响就是全然相反的意义。1950年年初，在批判胡适的资产阶级思想的运动中，考古所主办的《考古通讯》上发表了青年考古学者刘启益的一篇文章《清除考古学研究中的资产阶级思想》。作者写道：
在目前批判我国考古学研究领域中的资产阶级思想，是很必要的……如果我们把解放后中国科学院考古研究所出版的三本考古学报和前中央研究院史语所出版的几本考古报告加以比较，就会觉得它们的内容并没有多少本质上的不同。这正说明了我国考古工作者在研究方法上还缺乏应有的变化，还被资产阶级思想占据着一定的地位……我国的考古学界过去和现在都局限在枝枝节节的琐碎研究的圈子里，缺乏根据马克思列宁主义所判明了的原则研究整个社会生活。这种不正确的研究方法显然是受了资产阶级思想的影响。因此，我认为结合目前对古典文学领域中资产阶级思想的批判，对考古学研究领域中的资产阶级思想也应加以批判。我们必须把资产阶级思想完全清除出考古阵地，让无产阶级思想彻底占领阵地。24
这篇文章有明确的针对性。当时考古研究所所长郑振铎主要在文化部文物事业管理局任局长，副所长梁思永经常卧病在床，夏鼐是考古所实际负责人，兼任《考古通讯》主编。在自己主编的刊物上发表针对自己的文章，显然不会是夏鼐本人的授意。
紧接着一期的《考古通讯》上，夏鼐发表了《批判考古学中的胡适派资产阶级思想》的长文，从搜集材料、整理材料、提出结论等方面对“前历史语言研究所所发表的考古论文和报告”作了全面的否定。文中写道：
关于中国文化起源的问题，帝国主义侵略分子提倡中国文化西来说，为“种族优劣说”找根据，帝国主义于是便有理由可以侵略所谓“劣等民族”。胡适也看不起祖国的古代文化，这是买办阶级崇外心理的表现……当年主持安阳殷墟发掘的人曾说：“殷墟文化是多元的……出土品确可指为原始于东方的为骨卜、龟卜、蚕桑业……确与中亚及西亚有关者为青铜业、矛、空头锛等。显然与东亚有关者为肩斧、锡、稻、象、水牛等。”（安阳发掘报告，四册，576页）我们并不否认有借用，但不能将内因和外因割裂开来，更不能将外因看成比内因更重要。25
圈内人都知道，李济就是文中被点的“当年主持安阳殷墟发掘的人”。文中批评的是李济撰写的《殷墟铜器五种及其相关问题》等篇文章的观点。事实上李济出语谨慎，他提出殷墟铜器形制来源较复杂，部分铜器与西伯利亚，尤其是叶尼塞河中上游，甚至远至欧洲的锋刃器有相近之处，空头斧与矛大约全为西方式；但句兵却为中国产，大部分礼器为中国发明。因此“说这种青铜器完全是欧洲，或西伯利亚传到中国的，都说不通。要说这种文化竟是中国自己演化出来的，我们又没有一点可靠的证据”。这本是学术问题，完全不必与“帝国主义侵略分子提倡中国文化西来说”的理论联系在一起。
1959年庐山会议后，开始“反右倾”，大陆考古学界开展了对李济的彻底清算。《考古》杂志上一篇题为《批判李济的反动学术思想》的文章，一开始就写到，“李济是美帝国主义一手扶持起来的所谓‘考古学家’，过去在中国考古界长期篡窃着领导地位……”文章认为李济的历史观是“腐朽的资产阶级唯心史观，否认人类社会历史发展的客观规律性”，他这样的资产阶级考古学家“只能以搜集和整理材料的工作代替历史学和考古学”，他的“学术思想是彻头彻尾的唯心主义和庸俗进化论观点”，“研究方法是最粗俗的繁琐主义和形式主义”。文章结尾指出：“这些资产阶级考古学的毒素，严重地侵袭了马克思主义考古学的阵地和阻碍了它的飞跃发展。为了奠定共产主义考古事业的基础，我们坚决按照《红旗》发刊词的指示：‘必须充分地、全面地、深入地展开思想战线的斗争……，粉碎资产阶级的伪科学’，粉碎李济之流的资产阶级的考古学！”26
1960年，李济偕夫人应哈佛大学之邀赴美访问，8月乘船取道檀香山、日本回台湾。得知这一信息，大陆有关方面即筹划了几种方案，动员考古界知名人士和李济的亲属参与，打算以“约请参观访问”的名义邀李济夫妇回大陆。李济拒绝了，理由是“回到内地不会有大的贡献，对国家民族文化反而不利；牵连台湾的人太多，必然令在台的亲友遭受大不幸；即便参访，回去也要冒极大风险……”几乎与此同时，夏鼐约见了李济的儿子李光谟，让他带一封信转交李济。据李光谟回忆：
李济主编的《中国考古报告集新编——古器物研究专刊》。
这封信是没封口而经过我手的。我看了信的内容，颇感“兹事体大”，就拿去找尹达过一下目。信的全文笔者已记不真切了，但其中引用的一段中国文学史上极其著名的文字不妨转录于下：……暮春三月，江南草长，杂花生树，群莺乱飞。见故国之旗鼓，感平生于畴日，抚弦登陴，岂不怆悢。所以廉公之思赵将，吴子之泣西河，人之情也；将军独无情哉！想早励良规，自求多福。……这是南朝梁武帝之弟萧宏的记室丘迟在《与陈伯之书》中的一段千余年来脍炙人口的名句。然而尽管文字清丽感人，毕竟这是一封劝降书。记得当时尹达读完这封劝降书沉默了好一阵，对我只说了一句话：“夏作铭好糊涂！”他把信留下了没让带走。27
扣下那封信的尹达，时任考古所所长，是中共老党员，早在1937年抗战爆发之时，就告别师友，奔赴延安，参加革命。他是李济的学生，夏鼐的师兄。1931年春，尹达（原名刘燿，字照林）以河南中州大学国文系学生的身份，参加李济主持下的殷墟发掘的实习，毕业后留在史语所作研究生，后升为助理员，先后参加了小屯、后冈、卫墓及大赉店等地的发掘。
当年，就在殷墟发掘的工地上，有一天深夜，李济忽然到标本室去查看某个刚出土的标本，正好刘燿就睡在标本室。李济一进来，刘赶忙把一本书藏在枕头底下。于是李就走过来问刘：“照林，你在看什么？”刘不好再隐瞒，就拿出这本小册子（是一本关于社会发展史的通俗读本）。李济翻看了一下，说了一句：“我们作科学考古的人，不要戴有色眼镜啊！”尹达回忆说：“我向李先生辩解了一下，大意是说我觉得扩大一些知识面有好处。李先生好像又重复了一下刚说的那句话，我也说了一些我的看法，李先生没再说什么，找到标本后他就出去了。”28尹达显然比夏鼐更清楚老师李济的政治态度。
1933年秋，刘燿与关百益、王老生、李济、张嘉谋、郭宝钧坐马车赴河南濬县辛村工地。
上世纪60年代初，在台湾的李济对记者李青来发表了一篇自传式的谈话，后由记者整理发表于《新时代》杂志创刊号，题为《我与中国考古工作》。文中谈到安阳考古发现鸟兽骨时提到有孔雀骨和犀牛骨；在李济写于50年代至70年代的许多论著中，都提到了这两类动物骨殖，例如写于1957年的《中国文明的开始》英文本和后来的中译本，1956年的《殷墟器物甲编：陶器（上辑）》，1969年的《安阳发掘与中国古史问题》，1977年的《安阳》（Anyang）等。当夏鼐读到此文时，他用铅笔在复印件上批注：“似未见孔雀和犀牛的骨头……”影响不胫而走。
1926年李济的山西西阴村考古发掘，一件最重要的出土物是被割裂过的“半个蚕茧”。20世纪六七十年代，夏鼐在他的几篇文章中都对那“半个蚕茧”持否定意见，其主要论点是：蚕茧在黄土层中保存几千年是不可能的；六千年前的生产技术太落后，养蚕织绸可能吗？石刀切割不可能切得如此平直等。按说这些问题他曾有足够的时间与李济当面切磋的，但他似乎从未发表过不同见解；当年他也应该是亲眼看到过那个蚕茧标本的，却偏要在文章中写成传闻：“从前有人说在山西夏县西阴村仰韶文化遗址中发现过‘