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故意纵其逃脱，随后率亲兵卫队追击，将程学启捉回，委以重任。程学启对陈玉成的知遇之恩，感激不尽，从此死心塌地，成了太平军中出名的悍将。
此后湘军崛起，为孤立南京，曾国藩决意拿下太平军占据的安庆。安庆城的守将是爵号为受天福的叶芸来，其人身材短小，精明过人。一边力战攻城的曾老九曾国荃，一边向南京求救。南京知道安庆之重要，多次发兵来救，甚至连洪秀全的族弟、被封为干王的洪仁玕，也曾统兵来救，但都被湘军击退，隔绝在安庆城外。只有正在淮上募兵的程学启，他募得精卒五百人，率师杀入安庆城，协同叶芸来守护安庆。
这时的程学启，因为能征善战，累功已被太平军封为弼天豫。叶芸来知道程学启是难得的名将，安庆一城，尽系于程学启一身，为了笼络程学启，叶芸来将自己的妻妹嫁给了程学启。
叶芸来的丈人高崇善，家里有三个女儿，皆有倾国倾城之貌，长女嫁给了叶芸来，二女儿嫁给了程学启。只有三女儿闲在家中，到后来，这个三女儿也嫁给了程学启。
三女儿也嫁给了程学启，就表明二女儿出事了。细究起来，生生害死二女儿的，是桐城老儒生孙云锦。由于程学启协助叶芸来守卫安庆，虽然曾国荃想尽了办法，也无法攻破此城，无奈之下，就琢磨其他办法。
于是曾国荃找来了桐城老儒生孙云锦，询问有没有办法让程学启主动投降。孙云锦献计说，程学启幼年丧母，是养母把他抚养大的。此人事母甚孝，要想让程学启投降，非得从他养母身上下手不可。
于是曾国荃将程学启的养母捉来，威胁说：都怪你，怪你这个老太太，你看你养了这么个祸害，给我们添了多少麻烦？实话告诉你，如果程学启不投降的话，老子就杀了你亲生的儿子。你是想要自己的亲生儿子，还是要养子？你自己掂量着办吧！
可怜的老太太吓坏了，就化装成乞讨的老太婆，潜入程学启的大营，哭求程学启投降。不承想，那叶芸来知道安庆城之安危尽系于程学启，始终派人盯着他。发现这边有情况，就立即派了壮士八人，拿着令箭，招程学启进城。程学启大惊，知道一旦进城，必然会被叶芸来杀掉。索性招来以桐城人丁汝昌为首的八十二名手下，就用这支令箭骗开营门，向安庆北门外三里处的曾国藩五弟曾国葆大营狂奔。安庆守军随即派人追杀。
这个曾老五曾国葆，就是给大哥曾国藩介绍肥妹的那一个。程学启逃到他的营前，却无门而入，后面追兵越来越近，情急之下，程学启大喊：我是程学启，是来投降的。追兵就在身后，所以不能放下兵器。如果你信我，就让我进去；如果你们不相信我，就干脆开炮打死我好了，也免得让我死于贼手。
当时曾国葆正在洗脚，听到喊声，光着脚板就跑出来，急忙命人开营门，让程学启进来。后面的追兵无功而退。而程学启，从此就被迫改变了政治阵营。他逃入曾国葆大营的准确时间，是在咸丰十一年（1861年）二月十九日夜间。
程学启降是降了，但他降得非常艰难痛苦，并非自动自发，自主自愿。所以，曾老九曾国荃根本就不信任他。
曾老九做事一向狠辣。当时他围安庆城，挖了两条壕沟，将安庆城团团圈起来，里边的壕沟用来困死城内守军，外边的壕沟用来阻击太平军的援兵。曾老九的大营，就在两条壕沟之间。程学启投降之后，他命令程学启驻营于里边那条壕沟之内，充当抵御城内太平军的先锋。同时，湘军大营的火炮，全都对准了程学启部，稍有异动，就先把程学启炸个稀烂。他还担心这些防护措施不够，每天只发给程学启部一日的水米，让程学启困窘不堪。
沦落到这个地步，程学启尴尬不已，天天晚上蹲在营帐痛哭，好多次想拔刀自杀，都被亲兵统领丁汝昌把刀抢了过去。
为了表白诚意，程学启再三请战，终于打动了曾老九。不想这时候曾国藩和胡林翼这两个圣人双双来信，叮嘱曾老九绝对不要轻信程学启。而且，湘军营中诸将几乎都吃过程学启的亏，被程学启打得没个人样，此时想杀程学启报仇，就力劝曾老九冲程学启开炮，闲着也是闲着，先打死他再说。
而城中的太平军守将叶芸来，也玩了一招狠辣的。他把程学启的妻子——也就是叶芸来自己的小姨子——拖到城头上，当场宰杀。同时杀掉的还有程学启的孩子，然后将头颅悬挂在城头上，让程学启看着痛苦。
事情弄到这个地步，最早献计摆平程学启的桐城老儒生孙云锦，心里受不了了，情愿以全家老小性命为担保，保程学启不反。而程学启也断了骨肉之情，立誓灭贼报国，想出来一招北门穴地攻城之计，并亲自带着丁汝昌等步卒，攻陷安庆北门，断了太平军的粮道，此后又是他第一个杀入安庆城中。
战事结束后，舒城的高崇善找来了，说：贤婿啊，我有三个女儿，二女儿是你妻子，让大女婿叶芸来杀了，现在你又把你连襟叶芸来给杀了，你看这事闹的……要不然这样吧，我再把小女儿嫁给你，干脆我们一家全死在你手里算了，你看好不好？
于是程学启又娶了小姨子，此后他必须要吸取教训，不能连累这个小姨子兼妻子再被人杀掉了。不然的话，他程学启的人生，未免太失败了。
安庆之战，程学启总算是赢得了曾国藩的认可。但是，由于双方最初的龃龉，关系始终处理得不好，程学启时不时和曾家人闹点儿矛盾。总之是曾家人看到他程学启就不舒服，他程学启待在湘军里，也是如坐针毡。可天下之大，又实在没他落脚的地方，也只能硬着头皮撑着。
李鸿章却是观察双方好久了，趁此淮军成立之际，他向曾国藩提出，让程学启转隶淮军。曾国藩想了想，知道程学启留在自己这边也是双方都不舒服，就答应了下来。
李鸿章大喜，立即派人去通知程学启。
却不想，程学启一口回绝了李鸿章。
官场上的两种类型
程学启拒绝归附李鸿章，让李鸿章始料未及，为之错愕。但他终究是个聪明人，略一想就明白了。
恐怕程学启的心里，做梦都想跳槽到淮军这边来。他本是淮上人氏，待在湘军那里，又处处不如意。李鸿章这边却全都是淮上子弟，是程学启最渴望的地方。但问题是，曾氏兄弟本来就疑忌他程学启，如果这时候他急切要走，恐怕激怒曾氏兄弟，偏偏不放他走，谅他程学启也无计可施。
所以，程学启不想转隶淮军是假的，真实的目的，是希望李鸿章替他把事办利落了。
想明白了这一切之后，李鸿章又苦思冥想，给曾国荃写了封信，尽量淡化程学启转隶的意义与价值，并再次表态，自己永远是曾老九的先锋官。
曾老九见信，被李鸿章的文笔打动，遂答应放程学启走。程学启欢天喜地，拉着队伍来到安庆，从此投奔了李鸿章。
1862年3月4日，曾国藩在李鸿章陪同之下，检阅了淮军。这一天，标志着淮军正式成立。
检阅过后，曾夫子发布了一道诡异的命令：命李鸿章所部淮军，开赴镇江，与冯子材会合。
为什么要开赴镇江呢？
摆到桌面上的理由，是从安庆到上海，距离遥远，而且中间还隔着太平军控制的大片区域，所以淮军只能绕路而行。另外，太平军为了解南京之围，一边攻打上海，一边不时敲打守在镇江的冯子材。小老弟冯子材一夜数惊，招架不住，频频向安庆求救。所以曾国藩考虑：要不上海再说吧，还是先援救镇江吧。
介于摆到桌面上与没摆到桌面上之间的理由，是往援镇江比往援上海更有利于整体战局，可以锁死南京城的外围，更易于攻下南京城。毕竟，只要攻下南京城，太平军失其首脑，基本上来说就没咒念了。
没有摆到桌面上的理由，是为了等曾国荃醒过神来，放弃屯兵南京城下的短视做法，赶紧回来接收这支强大的武装力量。在曾国藩的心中，排第一位的永远是他亲爱的弟弟，李鸿章排得也不靠后，但肯定是排在曾国荃的后面。所以曾国藩心目中淮军的建制，是以曾国荃为帅，以李鸿章为副手。
曾老师的命令，李鸿章能够拒绝吗？
他能。
这时候的李鸿章才把一个石破天惊的消息告诉曾国藩：上海那边，急切等待着淮军的到达，为此，沪上乡绅父老准备凑足十八万两银子的巨款，雇用火轮船来接淮军，穿越由太平军控制的长江水域，将淮军运往上海。
直到李鸿章说出这件事，曾国藩才知道，他心爱的弟子都瞒着他干了些什么！
李鸿章有可能是已经收服了上海来使钱鼎铭，也可能没有。但无论有没有，钱鼎铭都在做着一件有利于李鸿章的事情。唯恐这支刚刚建立起来的军队不能如愿抵达上海，钱鼎铭不知何时已经悄然溜回了上海，开始谋划这件事。
当钱鼎铭回到沪上之时，苏松太道吴煦收到曾国藩的书信，信上称：若尊处能办火轮夹板等船前来迎接，则水路行走较速；若无船来接，则须由陆路穿过贼中，循和州、天（长）、六（合）而达于扬、镇。
要知道，此时淮军总计是六千五百人，以当时的航运能力，这么多人走水路，根本是不现实的。就算是能够找到数目足够的船只，也凑不足数目如此庞大的运费。所以曾国藩虽然要求对方最好能走水路，但实际上淮军最终的目的地，只能是扬州和镇江，终究是不会脱离他老人家的手掌心。
事实上，曾国藩所料丝毫也没错。苏松太道吴煦，最初是考虑雇用洋人的火轮船，将淮军接到上海。但是通商大臣薛焕否决了这个议案，理由是这个议案太花钱了，弄不来那么多钱，还是算了吧。
薛焕虽然是通商大臣，但此时新任巡抚未到，他仍然兼着江苏巡抚的职务。听了他的话，吴煦也动摇了。
这时候，却跳出个顾文彬。细说这个顾文彬，也不是横空跳出来的，最早把林则徐的弟子冯桂芬推出来策划乞兵的，就是这个顾文彬。此人是当时有名的诗人、画家，也曾在朝廷刑部任职。推究起来他是上海城中最有眼光的人，知道必须要快一点儿把淮军接过来。所以他再三游说吴煦，最终逼得吴煦不得不去找薛焕，当面摊牌。
薛焕道：已经说过不行，你怎么又提这事？
吴煦道：老薛啊，你就别固执了，就算你替我想想好了。你现在没有了守土的职责，当然是一身轻松。我老吴可惨了，倘若太平军攻入上海，第一个死的，可就是我啊。所以一定要快点儿把淮军接过来。
薛焕道：甭想了，不可能的事儿。
吴煦：必须这样做，不这样不行。
薛焕：我看过你们的预算，要把淮军接过来，要花十八万两银子。我来问你，哪去弄这么大的一笔钱？
吴煦：这事由顾文彬来解决。
薛焕：顾文彬？那个诗人？画家？六扇门的捕头？你不是开玩笑吧？
吴煦：生死攸关，谁敢在这时候开玩笑？
薛焕：顾文彬怎么会有这么多的钱？
吴煦：他也没钱，不过他去找洋人贷款。
薛焕听后，沉默良久，终于点头应允。
事情到了这一步，往后还有一个诡异的变局。在这里，我们看得清清楚楚，是苏松太道吴煦坚持快点儿把淮军接过来，而通商大臣薛焕反对。后来李鸿章到了上海，薛焕却和李鸿章处得极好，他家里有两个女儿，一口气全都嫁给了李鸿章大哥李瀚章的两个儿子。反倒是坚持迎请李鸿章的吴煦，成了李鸿章的敌人，惨遭李鸿章修理打击。
何以会有这种变局呢？
这是因为，薛焕与吴煦，两人在智商和情商上存在着一段无可弥补的差距。薛焕其人，智商高情商也高，起初不答应用洋火轮接淮军入沪，是因为他不想承担任何责任。只要需要他承担责任，就甭指望他能答应。除非不需要他承担责任，这种情况下他才肯做顺水人情。李鸿章入沪之后，薛焕立即发现，李鸿章各方面的才能都在他之上，早晚必然飞黄腾达，所以立即在第一时间冲过去，和李鸿章站在一起，并分享胜利果实。
薛焕是一个精明的官员，而吴煦却是最典型的笨官。这种官员，工作都是他来做，麻烦都是他来承担，最后还不讨上司欢心，惨遭修理。究其原因，是因为如吴煦这种人，缺乏对外部世界的观察能力，分不清孰高孰低。如吴煦，明明是他把李鸿章接过来的，却硬是看不出李鸿章的过人之处，反而在小事上给李鸿章添堵，结果惹火了李鸿章，遭到了李鸿章不客气的修理。
精明的薛焕与憨头憨脑的吴煦，是官场上最常见的两种类型。任何人只要稍微加以留心，保准会在你的周围，发现这两种人。
吴煦与李鸿章之间的纠斗，是以后的事情。眼前的事情是，曾夫子发现李鸿章为了逃脱他的手掌心，竟然以既成事实的方式强迫他就范，盛怒之下，曾国藩发火了，他回到屋子里，把门一关，不再搭理李鸿章。
李鸿章的后手
李鸿章居然敢算计自己的老师，是因为他早就有了后手。他清楚，曾国藩一旦知道上海那边的洋火轮已经准备就绪的时候，肯定会怒不可遏，不放淮军离开。所以等这事发生的时候，李鸿章的后手就立即施展了出来。
李鸿章的后手，共分两步。
第一步，是他跪到老师面前，