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陪侍老太太避难同行，遂托专人护送老太太至安徽歙县暂住。南京沦陷后，才辗转由陆路逃至汉口，历时廿余日，备极劳累，沿途辛苦，老太太每谈及，必感谢护送人之殷勤劳苦。斯时老太太年已七十以上，虽长途劳累，终能平安健康地住在了长沙。傅先生每言老母逃难之事心实不安，说幸能平安至后方，否则将何以对祖先。4
撤到长沙，史语所寄驻在城东的圣经学校和韭菜园子。1937年11月24日，日机首次轰炸长沙，凄凉的废墟和燃烧的烟火，又在催促流浪者继续逃离。此时，长沙临时大学迁往昆明，后改名“国立西南联合大学”。史语所、中博院与中国营造学社也随之同迁。
1937年12月，傅斯年率史语所历史组岑仲勉、全汉升、劳榦、王崇武等在长沙圣经学校。
1938年春，迁到昆明的史语所，分住城里拓东路和靛花巷两处。傅斯年致函代理所务的李济：“同仁几全到昆明，大可安定矣。在云南总是‘羁旅之人’，理当‘入门而閟禁’。同仁迁移安适，至慰。弟意在昆明可作长久想。所址租地以全租为宜，临大（联大）如建筑，似可入一股……”5秋天，傅斯年携妻子来到昆明，与史语所历史组主任陈寅恪同住靛花巷宿舍。傅家住一楼，陈家住三楼。他们既是留学欧美的同窗，又是姻亲（俞大綵是陈寅恪的表妹）。为躲避敌机轰炸，人们在楼下空地挖有防空洞。每次警报一鸣，众人争先恐后往楼下跑，傅斯年却拖着肥胖之躯往楼上冲。他担心陈寅恪视力微弱，行动不便，每次总是把陈寅恪搀扶下来，送进防空洞。陈寅恪曾苦中寻乐地撰写过一副对联：“见机而为；入土为安。”
1938年9月28日，昆明再遭轰炸，死伤无数。城里的文教单位又开始迁往郊外。史语所搬迁龙泉镇，中研院社会所和北平研究院历史所迁到落索坡，中博院设竹园村，中国营造学社迁麦地村……人们渴望片刻安宁，开始了安居工程。傅斯年在棕皮营村长赵崇义的西院租了块种竹笋的地，盖了五间房。落成后，一家三口喜迁新居。1939年1月20日，傅斯年为爱子仁轨画了一张旅程图，他要年仅四岁的儿子记住逃难的经历。他在图上题记，“小宝的一个生日，是在牯岭外公外婆家过的。爸爸在南京看空袭。生下三年，走了一万多里路了！”那时的傅斯年，也许幻想这个家庭不会再分离。回忆那段日子，俞大綵也溢满温馨：
我们初到昆明时，友人送给仁轨一只很漂亮的大黑狗。一日孟真午睡方酣，那只狗走近床边，用舌轻舐他的手，他被惊醒，便伸手猛打，没有打中，他怒气冲天地拾起拖鞋再打，狗已远去，他却把自己的眼镜从几上打落到地上，镜片碎了。在他盛怒之下，我只得戏言，虐待动物是一罪，要遭监禁的，不料他竟“恼羞成怒”，整整三日，不与我交一言。这场冷战，延续了三天之后，第四日清晨，他起床，长揖到地，面有愧色地笑向我说：“我无条件地投降了，做了三天哑巴，闷煞我也。”……我很欣赏他不时流露出天真的稚气。6
1938年10月，史语所同人在昆明龙头村，左二为傅斯年，右四为俞大綵。
1940年10月13日，日机轰炸西南联大，文化巷住宅被毁，有师生被炸死。同济大学打算迁往四川。傅斯年再度兼任中研院总干事，开始作搬迁的准备。年底，中研院史语所、社会所，中博院和中国营造学社开始迁往四川南溪县李庄。每个参与搬迁押运的职员，都有不同的遇险经历，傅斯年则要应对突发其来的所有难题。如潘悫汇报：“军事委员会运输统制局（泸州）蓝田坝检查哨屡次无理取闹，故意为难。”傅斯年即致函川滇公路管理处：“请电令川滇公路所属沿路关卡，对于本所迁川租用之卡车家车一体放行，勿予稽留”……
坐镇重庆，遥控指挥的傅斯年如同在下多副盲棋：一年前，西南联大恢复北京大学文科研究所，自兼所长，除了授课，还指导研究生；他往返昆明重庆两地，处理中研院院务；史语所初到李庄，诸如打通关节，租赁房屋，筹措钱粮，稳定人心等，事事操心。
转眼就是1941年的春瘟时节。3月，傅斯年被送进重庆歌乐山下的中央医院。这次生病，是几年来心力交瘁以致积劳成疾。傅斯年在给胡适的信上谈道：“去年初冬，敝所奉命自昆明迁川南，其时甚为忙碌，又以兼任敝院总干事长之故，更感生活之不安定。今年在二三月中，五十天内，一连开会五次，长者如参政会之十日，短者不过一日，但属于敝院者，须弟事先准备，又以有各种不如意事，时有暴怒。”7住院四个月后，傅斯年回到歌乐山上的家里养病。他在致胡适的信中诉：“出中央医院时，血压是低了。以后高高下下几个月，我在歌乐山养病，以离中央医院近也。出院时为7月7日，直到9月中，才可以说能走点路。一夏大轰炸，只是听着他在头上过，任之而已。”8那是一段穷愁的日子，俞大綵写道：
孟真重病在身，幼儿食不果腹。晴时，天空常有成群的敌机，投下无数的炸弹；廊外偶而细雨纷霏，又怕看远树含烟，愁云惨淡，我不敢独自凭栏。记得有一次，三五好友，不顾路途遥远，上山探疾，孟真嘱我留客便餐，但厨房中除存半缸米外，只有一把空心菜。我急忙下楼，向水利会韩先生借到一百元，沽肴待客（我与韩君，素不相识，只知他曾在北京大学与孟真同学，但不熟）。那是我生平唯一的一次向人借钱。事隔一月，我已还清债务，漫不经心地将此事当笑话说与孟真听。不料他长叹一声，苦笑着说：“这真所谓贫贱夫妻百事哀了。等我病愈，要拼命写文章，多赚些稿费，决不让你再腼颜向人借钱了。我好惭愧。”我很后悔失言，不料一句戏言，竟引起他的感慨万千，因为他常为国家多难而担忧，但他于个人生活事，从不措意！9
福不双降、祸不单行。这年10月，傅斯年的母亲不幸去世。母亲逃难重庆，他无暇顾及，只好安排弟弟傅斯岩照顾母亲的生活，自己负担费用。朱仲辉写道：
傅先生母丧后，悲恸之情自不待言，但以国难当头，丧事一切从简，不发讣告，不开吊，寿衣老太太早已自做好，仅购置优质棺木，并请俞大维派人料理安葬事宜，墓地经选在歌乐山附近，地名已记不清楚。仅记得是在当时水利部后山，大概是中研院数学研究所办公处旁一小山顶上。下葬时在岩石中钻一洞穴，用吊车将棺木放入，再用水泥制成约七八寸厚之水泥板三块，用吊车吊起盖上，极为坚固，是日参加葬礼者除傅先生兄弟二人外，仅有我与中研究院高先生及数学所部分人员，另有工程人员不过十数人而已，人虽不多，但极隆重。10
办完母亲的丧事，傅斯年身心两伤，高血压再度复发。
傅斯年的母亲何老夫人。
1941年年底，大病初愈的傅斯年将妇携雏，来到雾霾弥漫的李庄板栗坳。四川的坳，就是山间的小盆地。栗峰山的张家大院隔着几块水田有个独立的小院，叫桂花院，是给傅斯年租赁的。山居生活有种种不便，却有一种“复得返自然”的静谧。董作宾写下傅斯年此刻的行状：
第一组主任，现在是傅孟真先生兼任的，他名为回所来养病，实际上他一会儿也闲不住。他忙着督促指导各部分的研究工作；他忙着审核论文，编印集刊，他已编成了集刊五大册六十万字的论文；他忙着和同事们讨论每个人跟他自己要研究的问题；他忙着替朋友和同事们买药，请大夫，治病；他忙着和朋友们“摆龙门阵”，讨论天下国家大事，或者写信给朋友吵嘴；他忙着到大厨房去拍苍蝇，或者叫人锄路旁的野草，把毛厕里多撒石灰；他忙着为同事买米，买布，买肥皂等等；他忙着一切的一切。有时似乎是清闲了，他又忙着找密斯特王（指版本目录学家、山东省图书馆馆长王献堂）下两盘象棋。11
大嗓门直肠子的“傅大炮”，也有心细如发的时候。任继愈讲述：
傅斯年在李庄的时候遇到向达的儿子和李方桂的儿子打架，一个五岁，一个八岁。五岁的打不过八岁的，李方桂的夫人就来找向达的夫人，两位夫人争得不可开交。这时候傅斯年经过看到了，对双方赔礼道歉，连说：“你们两个消消气，都不要吵了，都怨我。”边说还边作揖。傅斯年处理这事看似“低三下四”，但他是为了尊重李方桂、向达两位专家，让他们安心研究，不为家庭琐事分心。12
弟子们见了所长，却似老鼠见了猫。马学良写道：“当时我们小辈，晚饭后在田边散步，远远看到傅先生迎面走来，都转身急急奔逃，如果逃脱不了，就会被抓去下棋。其实傅先生心不在棋，意在思考某一学术问题，或天下兴亡大事，不过借棋定神，心有别属。因而常常高举棋子而迟迟不落，令知者感怀，不知者诧异。也有传说他是借机测试，以便了解你的智能和学术造诣。”13
六十多年后，我到李庄寻访前贤旧迹。找到李庄镇永胜村八十八岁的四婆婆邓素华，她家所住的桂花院当时就转佃给傅斯年家。她领着我去看那个小院。那是川南普通的农舍，前面一块水田，中间一块晒坝，房子围成一个三合院。她告诉我：“傅斯年家三块人（人称块，川南土语），傅太太个头不高，瘦精精的，话不好懂。有个儿子，牌坊头的李先生有个女儿。傅太太大门不出二门不迈，就在屋头教两个细娃读书。”14后来，史语所的子弟多了，自己办了子弟小学。傅斯年兼首任校长，延聘当地名媛罗筱蕖、张素萱为专任教师，兼课的是所里的研究人员，如丁声树教国文，劳榦教历史，石璋如教地理。眷属作兼任教师，如董作宾夫人熊海平、董同龢夫人王守京、何兹全夫人郭良玉以及俞大綵等。罗筱蕖告诉我：
傅斯年叫我当教务长，管杂务，从教务到工友的事都做。我爱唱爱跳的，性格活泼，孩子们都喜欢我。我还记得傅斯年的孩子叫傅仁轨，董作宾的孩子董敏、董兴，劳榦的孩子劳延瑄、劳延全，向达的孩子向宇生、向燕生，梁思永的女儿梁柏有等。因由孩子的关系，也熟悉了那些太太。她们天天接送孩子。俞大綵在家里请我吃过一顿饭。用当地新出的麦粉做了一个蛋糕，两三个菜，龙嫂做的。15
在俞大綵晚年的记忆中，四年的李庄岁月竟如仙境般迷离：
那是一个水秀山明，风景宜人的世外桃源，我们结庐山半，俯瞰长江，过了一段悠闲的日子……在那段难得的清闲的日子里，（他）不是给儿子讲几段《三国》《水浒》，便是看书写作；有时背着双手，环绕室中，摇头晃脑，不断地用满口山东腔调，哼唱诗词，怡然自得。年幼好奇的儿子只在一旁瞠目相视。16
傅斯年一家住过的板栗坳桂花院。
春秋两季，傅斯年要离开李庄，乘船去重庆公干。他下榻的上清寺聚兴村22号，是中研院总部宿舍。费正清描绘这里，“高级知识分子生活在落难状态中，被褥、锅盆瓢勺、孩子、燏子和谈话喧闹声乱成一团。这是一个贫民窟，但又住满了受过高等教育的专家，真是一个悲喜剧的好题材。”17傅斯年在这里忙公务，也舍生忘死地参政议政。程沧波写道：“有一次在参政会开会之前，我好几次到聚兴村他的房内，看他拿着一个小箱子，藏在枕头底下，寸步不离。我问他里面是什么宝贝？他很紧张地说，这是他预备检举某大员的证件。”18那位大员即国府财政部长兼行政院长，蒋介石的连襟孔祥熙。傅斯年自1938年3月开始上书蒋介石，认为孔祥熙担任行政院长“作来一切若不相似”。此后数年多次致函蒋，揭发孔祥熙的贪