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便得了暴疾，晚上无法入睡，痛苦了一个多月，终于死去。时人相信因果报应，认为这是范广、杨俊向张軏索命所致。
还有一些大臣也因为明英宗复位而遭殃，比如土木堡之变后在大殿上率先殴打王振党羽锦衣卫指挥马顺的王竑。王竑此时已经是左副都御史，先是被降为浙江参政，后又削官为民，送江夏管制。这一方面是一朝天子一朝臣的老理，另一方面，也侧面表达了明英宗依旧不忘王振的复杂心理[4]。
何文渊，由进士擢湖广道监察御史，历任刑部右侍郎、吏部左侍郎、吏部尚书等职。明英宗朱祁镇复位后，何文渊因为当年赞成景帝改立太子，还说了“父有天下传于子”的话，知道朱祁镇一定不会放过自己，惧而自杀。
而那位第一次被派去瓦剌迎接明英宗朱祁镇的李实，因为当年在漠北当面斥责朱祁镇用人不当、导致土木堡之败，明英宗复辟后，以李实所著《北使录》多虚诞将其从理院事除名。天顺七年（1463年）九月，李实因微过被逮捕入狱，后经人营救，被释放为民。
不过，明英宗并不忌讳谈及那场导致自己人生命运改变的土木堡之变。他重新当上皇帝后，还下诏土木堡内修建显忠祠，以祭祀、褒扬土木堡之变中牺牲的将士。相较于明景帝登基后的冷酷、一心只顾固位，明英宗更显出几分人情味来。
残酷的战役，精巧的权术，最终都化作了黄土。只有肃穆的土木堡显忠祠巍然屹立，提醒着后世人们，这里曾发生过不平凡的战事。
清算由外到内，终于到了明英宗朱祁镇仇恨的根源上——那就是他的亲弟弟朱祁钰。
这其中还有个笑话，夺门之变后，明英宗朱祁镇复位心切，正月十七立即宣布复位，但是他却忘记了要先废除弟弟明景帝的皇位，于是，大明朝就同时出现了两个皇帝。朱祁镇后来才意识到这一点，只好二月份才下旨废除朱祁钰帝位，重新封回为郕王，还居西内。同时，以孙太后的名义，贬郕王生母皇太后吴氏复为宣庙贤妃，废后汪氏复为郕王妃，削孝肃皇后杭氏谥号，改朱祁钰子朱见济谥号怀献太子为怀献世子。
朱祁钰不久即在冷宫中死去，死因可疑。朝野风传是英宗派宦官蒋安用布帛勒死了朱祁钰，朝中大臣亦坚信这种说法，只是碍于明英宗的面子，不好明说，只记载郕王是“薨”[5]。
朱祁钰即位后，花费巨大财力，事先为自己在昌平皇家陵园修建了陵墓。明英宗朱祁镇恼恨弟弟，命人毁其生前所建寿陵，只以亲王礼葬于京西金山，不仅有贬谪之意，更有折辱的成分[6]。
即便如此，明英宗还觉得积恨难平，在复辟诏书中严厉指斥亲弟弟朱祁钰道：“岂期监国之人，遽攘当宁之位。”不久，又假借皇太后制谕，宣布朱祁钰的罪状：贪天位，用邪谋，废黜皇储，私立己子，变乱彝典，纵肆淫酗，不孝、不弟、不仁、不义，秽德彰闻，等等。
可以说，朱祁镇借孙太后的名义，将被幽禁在南宫八年的愤懑和私恨完全发泄了出来。他还觉得不够解气，给朱祁钰赐谥号为“戾”，称“郕戾王”，意思是朱祁钰终生为恶，死不悔改。后世史家对此评论道：“视天位也过于重，而视天亲也过于轻。”
朱祁钰死后，为了彻底除掉后患，明英宗朱祁镇下令景帝所有嫔妃殉葬，这其中就包括废后汪氏。沂王朱见深已经重新被立为太子，他年纪虽小，却不能忘记汪氏因为反对改立太子而被景帝废去皇后位的情形，特意出面为汪氏求情。
吏部侍郎李贤也道：“汪妃已遭幽废，所生两女，并皆幼小，情尤可悯，请陛下收回成命。”
英宗皇后钱氏也大说汪氏的好话，连英宗母亲孙太后也出面干预。朱祁镇拉不下面子，这才命汪氏出宫，还居住在原来郕王旧邸。
但事情并没有结束。不久后，朱祁镇突然想起来他小时候佩戴过的一件玉玲珑，在皇宫中四处都没有找到，于是问宫中宦官。宦官说曾经见过朱祁钰拿过，想是由汪氏收着。朱祁镇立即派人向汪氏索要，汪氏推说不知道。朱祁镇再三派人去要，汪氏不胜其烦，愤愤道：“我的丈夫虽然被废，但也做了七年的天子，难道这区区的玉件，也不配消受吗？我已经将玉玲珑投入井中了。”
朱祁镇因此怀恨在心，后来不断派锦衣卫往取汪氏带出皇宫之物，由此竟然得银二十万两。
可怜汪氏被锦衣卫弄得刮垢磨光，一度连生活都很困难。还幸亏太子朱见深念着旧情，时常去照顾。太子朱见深生母周贵妃与汪氏素来投契，也经常邀请她入宫，按家人叙礼，汪氏才算得幸保住了余生。汪氏一直活到武宗正德元年，寿终旧邸。汪妃下葬时用妃礼，祭用后礼，与景帝合葬在西山，后追谥为景皇后。
郕王朱祁钰死了，自然不会再有一次复辟了。但在明英宗朱祁镇看来，他的皇位还有潜在的威胁，并没有彻底安稳，这威胁就是襄王朱瞻墡。
实际上，在景泰年间，已经发生过一起藩王谋反的事件。朱元璋第十八子朱楩被封为岷庄王，开始封国在岷州，后来改为云南。朱楩最早立长子朱徽煠为世子，但却更喜欢次子朱徽煣。朱徽煠生怕被弟弟夺了自己的世子之位，竟然与宦官勾结起来，向朝廷上书，说弟弟朱徽煣肆意诽谤朝廷。当时还是明宣宗在位，明宣宗精明，认为其中有诈，一查果然是诬陷。朱徽煠弄巧成拙，反而因此丢了世子的位子。
景泰元年（1450年），岷庄王朱楩逝世，次子朱徽煣嗣位。朱徽煠自负有勇力，才能远在弟弟之上，更加愤愤不平。当时朱徽煠的手下有个叫段友洪的，“以善奇技得宠”。还有个于利宾，善于看相，说朱徽煣有异相，当为天下之主。于是，朱徽煠图谋作乱，伪造了敕文，分别派亲信段友洪、蒙能等前往云南苗族地区，用银印、金币诱惑诸苗，想让他们发兵攻武冈。苗族首领杨文伯当时颇为迟疑。
事情被新一任的镇南王朱徽煣知道后，立即大义灭亲，逮捕了段友洪，并上报朝廷。明景帝派驸马都尉焦敬、中官李琮征召朱徽煠入京师。当时湖广总督王来、总兵官梁珤又上告阳宗王朱徽焟也意图谋反，朱徽焟也被一同召入京师。之后，朱徽煠和朱徽焟都被废为庶人，幽禁在高墙之中。
当时，朱徽煠手下蒙能已经成功说服苗族部落，率领苗兵到达武冈。听到事败的消息后，蒙能遂举义旗，入广西领导苗民起义。当时义军势盛时达到三万余人，并攻取龙里、新化、铜鼓诸城，蒙能自称“蒙王”。明廷屡次派军镇压，均不奏效。景泰六年（1455年）十一月，景帝命南和伯方瑛为平蛮将军，充总兵官前往镇压。景泰七年（1456）十二月，蒙能率众攻平溪卫，明军都指挥郑泰等竭力抵抗。蒙能中火枪死。方瑛遂进兵沅州，连破鬼板等一百一十余寨，苗民起义遂告失败。
明英宗朱祁镇重新坐稳皇位后，权臣徐有贞和石亨进言说朱祁镇的叔叔襄王朱瞻墡有异图，理由有二：第一，当年明英宗第一次即位时，年纪还小，太皇太后张氏就有立二儿子襄王朱瞻墡的意思；第二，明英宗被瓦剌俘虏后，孙太后也曾经想迎立朱瞻墡，曾命人去取襄国金符。
襄王朱瞻墡在诸藩王中年龄最长，且有“贤明”的名声。而于谦被杀，罪名就是他与王文谋立襄王朱瞻墡长子为太子，此事传闻已久，朱祁镇心中也开始怀疑了。但事情却突然有了戏剧性的变化——
某日朱祁镇命人检查朱祁钰旧奏疏时，偶然翻出了襄王朱瞻墡的两封奏疏：一封是土木堡之变后襄王写给孙太后的，请立朱见深为太子，请郕王朱祁钰监国，并招募勇士，设法到大漠中营救英宗；另一封是襄王写给即位后的景帝朱祁钰的，襄王以叔叔的身份，劝景帝朱祁钰要对太上皇朱祁镇朝夕省问，经常率群臣朝谒，毋忘恭顺等。
两封都是向着明英宗说话。朱祁镇看到了这两封奏疏后，感动得涕泪交加，这才知道险些错怪叔叔，襄王不但没有窥测皇位的野心，而且还忠义过人。
为了表示歉疚，朱祁镇特意派恭顺侯吴瑾迎叔叔朱瞻墡入朝。天顺元年（1457年）四月二十一日，襄王朱瞻墡来朝。朱祁镇亲自到左顺门迎接，恩遇无比。又连下诏书，添加襄阳府护卫，让工部为襄王代营寿藏，还准许襄王每逢节日，可以带着子孙们出城打猎——
这是极度信任的表现。明太祖朱元璋在世时，就有规定，不许藩王私自见面，不许出城。后来明成祖朱棣即位后，防范更严，生怕藩王借游猎为名练兵起事，所以严禁藩王出城打猎。明英宗如此特许襄王，是表示对叔叔毫不猜疑，推心置腹。
有一日，叔侄在便殿欢宴，襄王朱瞻墡说他在路过汴梁时，当地父老拦路告道：“按察使王槩贤，以诬逮诏狱。”
因为襄王一句话，朱祁镇立即下旨释放了王槩，并任命王槩为大理卿。
朱瞻墡辞归时，朱祁镇亲自送到午门外，握手泣别。朱瞻墡逡巡再拜，伏地不起。
朱祁镇便问道：“叔父是不是还有话说？”朱瞻墡顿首答道：“天下人望天下大治如饥渴，愿陛下省刑狱，少赋税薄敛。”
朱祁镇闻之大为感动，拱手称谢道：“叔父良言，谨当受教。”叔侄二人这才依依惜别。
朱祁镇一直目送襄王出了端门，才转身回宫。可见在他内心深处，并非无情无义之人，甚至包括他对王振的念念不忘。因为徐有贞和石亨先前曾经在明英宗面前大力诽谤襄王朱瞻墡，自此以后，朱祁镇对徐有贞和石亨两人的话也不是完全相信了。
明英宗朱祁镇复位后，下诏大赦天下，改景泰八年为天顺元年，对拥立他的人大加论功行赏：曹吉祥被任命掌管司礼监，总督三大营，掌握了京城的军政大权；石亨进爵忠国公，石亨的侄子石彪为定远侯；张軏为太平侯；杨善封兴济伯；唯独徐有贞只升为兵部尚书，没有进爵。这些人一夜之间都成了朝廷中举足轻重的人物。
之所以对徐有贞另眼相看，自然是不能忘记徐有贞曾有臭名昭著的南迁之议。此时的朱祁镇，已经不是八年前懵懂无知的天子，经历了长年累月的囚禁生活后，他开始明白许多前尘往事。他仍然是个念旧的有感情的人，虽然他不能忘记旧恩，但也不能轻易忘记旧恨。
关于论功行赏一事，还引出了其他事端。曹吉祥有一个亲戚叫董兴，当时是京营都督。董兴对那些因为夺门之变一夜暴发的人十分眼红，便想出了个冒功的主意。他跑去告诉曹吉祥，说朝野上下“浮议”纷纷，都认为夺门之变太过容易，那些受到重赏的人根本不值。紧接着，他给曹吉祥出了个主意，只要大封功臣，就可以显得夺门之变的胜利得来多么不易。曹吉祥觉得有理，与石亨商议后，两人列了长长一张冒功的名单，交给英宗，大谈当时局势的险恶，以及夺门的艰难。英宗一切照准。于是，跟夺门没有任何关系的董兴被封为海宁伯，跟石亨交好的孙镗[7]被封为怀宁伯，京营将士升官晋级的多达三千人，滥封官职的程度，甚至引起了整个朝廷的普遍不满。
曹吉祥和石亨这样一弄，另外两个真正有功的人就不乐意了。靖远伯王骥首先上书，要为儿子王祥求官，理由是：当夺门之变时，众人从震塌的南内宫墙一拥而入，王祥被挤下马来，摔得厉害。英宗朱祁镇向石亨求证后，便也给王祥授官。
而徐有贞也有意见，他虽然已经是兵部尚书，却没有爵位，很想尝尝滋味。但徐有贞毕竟还是个读书人，没有无耻到当面向明英宗邀功请赏的地步，于是，托请石亨去代为斡旋。石亨这一出马，竟然还成功了，徐有贞立即晋为武功伯，华盖殿大学士，掌文渊阁，成了风光显赫的阁臣宰相，势倾朝野。
当初石亨与曹吉祥、张軏策划复辟时，是许彬向石亨推荐了徐有贞。徐有贞为了报答许彬的推荐之恩，特意举荐许彬。英宗朱祁镇也还记得当年许彬在宣府代作的祭文极合心意，于是任许彬为礼部左侍郎，兼翰林院学士，也入直文渊阁。
然而，许彬却没有当阁臣的命。史书记载他“性坦率，好交游，不能择人，一时浮荡士多出其门”，就是说三教九流的朋友都有。其人入阁拜相后，时人讥笑他是“李邦彦第二”。李邦彦是宋朝徽宗时的宰相，没有什么真才实学，因应对便捷，善歌唱蹴鞠，自号“李浪子”，所以旁人都称呼他“浪子宰相”。李邦彦的名声实在太坏，许彬不愿意背上这样的恶名，于是闭门谢客，与旧日的那帮恶友断绝了来往。结果反而适得其反，那些人恶其态度，争相诽谤，说许彬小人得志，是势利眼。这话最后都传到明英宗朱祁镇的耳朵里，便将许彬出为南京礼部右侍郎，其实是个闲职，许彬的阁臣生涯没当几天就结束了。
此时，吏部侍郎李贤兼任翰林学士，入内阁参与机务，也是阁臣之一。许彬离开后，明英宗问询李贤阁臣人选，李贤推荐了薛瑄。薛瑄是大宦官王振老乡，为王振所提拔，却不耻于王振作为，因此被构陷下狱问斩。紧要关头时，因王振家老仆为薛瑄痛哭求情，王振决定放薛瑄一条生路，将其从法场救下，削职为民。景帝即位后，薛瑄被重新起用，为南京大理寺卿，因为刚直不阿，断狱公正，名气很大。因其人一直在陪都南京为官，未参与北京种种政治风波，甚是干净。英宗也很满意，于是拜