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无法抵御彪悍的山民，后面的弩手和火枪手们见状也纷纷丢下武器，转身逃走。查理也只得在护卫的保护下，被败兵裹挟着离开了战场。一共20门火炮都成为了瑞士人的战利品。幸运的是，由于缺乏骑兵，瑞士人无法做追击，绝大部分勃艮第士兵都生还了。
此战后，大胆查理重新调准了自己的军队，并做出了两个调整：一是采用了新的炮架，使得大炮可以很快升降，将太重无法使用新炮架的火炮剔除出己方队伍；二是从自己的盟友爱德华四世那里招募了2000名长弓手，他们比勃艮第军中常见的弩手有更快的射速，准备用来对付瑞士的密集队形。显然大胆查理注意到了瑞士军队中并不是所有的士兵都有盔甲保护的。充沛的财源让勃艮第公爵很快就恢复了元气，在当年的5月，查理率领一支包括5000名骑兵、4000名弓箭手、1.2万名步兵、20门大炮的军队进攻伯尔尼，他发誓要将每一个抓到的瑞士人都杀掉，直到将这个野蛮残忍的民族从地平线上抹掉。
查理的进军速度很快，6月11日，勃艮第军队包围了伯尔尼以北的重镇穆尔滕，由于新的炮架无法承担太重的火炮，勃艮第军的炮兵无力摧毁穆尔滕的城墙，只得采用包围的办法。这使得瑞士人得到了援军——洛林公爵的援兵，其中包括1800名重骑兵，这成为了场战斗胜负的关键，6月19日，一共2.6万名的援兵抵达穆尔滕。
查理预见到了援兵的到来，他占据了非常有利的阵地。穆尔滕堡垒西面近邻穆尔滕湖；北面是一片森林；东北有一座小山；东面是一片灌木林，再往外就是农田；东南面是一座有着稀疏森林的小山；南面是一块平地。一条连接弗兰斯孔泰与伯尔尼的道路从南面的平地穿过穆尔滕城，再转向东面穿过树林延伸出去。考虑到在上次战役中瑞士人表现出的强悍的冲击力，查理并没有将炮兵与弓箭手阵地布置在平地上，而是决定将自己的火炮与弓箭手布置在高处，以发挥自己的火力优势。他从近邻穆尔滕湖的北面那片森林开始挖设壕沟，延伸到东北的小山在灌木林转向南方到达东南方的小山。查理把意大利弩弓手部署在东北面的小山上，自己则和野战炮与长弓手都坐镇东南方的小山，而步兵则布置在两座小山间灌木丛。这样一来阵地的正面受到壕沟的保护，容易被攻击的北侧是难以通行的森林，那条具有重要意义的道路也在火力的控制之下，两座小山的火力可以相互掩护，形成致命的夹射。
但是大胆查理还是犯了两个错误：首先他没有弄清楚瑞士人已经与洛林公爵会师，不但占据兵力优势而且还有1800名重骑兵，将兵力分散在两个山头等于放大了其兵力的不足。其次大胆查理低估了瑞士步兵穿越障碍地形的能力，他以为北面的森林对于大军来说是不可通过的，未加提防，结果这个导致了整个战役的失败。
作为本土作战的瑞士人，他们得到了详尽的情报，决定歼灭勃艮第军队。6月21日夜里，大雨。瑞士人连夜行动，分路前进，伯尔尼与施维茨军团5000人攻击东北面的小山，牵制山头的弓箭手；卢塞恩、巴塞尔等4个军团共7000人攻击灌木丛；主力苏黎士等军团1.2万人与洛林公爵的骑兵越过森林迂回至东南方向的小山，攻击大胆查理的主力并切断敌人逃回的路线。
由于大雨的原因，大胆查理的前哨部队都撤回营房躲雨了，因此直到次日凌晨才发现了瑞士人的动向。幸运的是大雨此时停了，勃艮第军炮火与箭矢齐发，瑞士军顿时死伤惨重，光是伯尔尼军团一下子就死伤500人。但瑞士人继续前进，此时太阳出来了，东北面山头的弓弩手正好面朝太阳，在强烈的阳光下睁不开眼睛，火力顿时大减，施维茨军团乘机发起猛攻，排成密集队形的瑞士士兵放平长矛，在阳光的照射下犹如钢铁的森林。东北面小山的勃艮第军队与意大利雇佣兵队形大乱，查理见状只得派出骑兵去支援。当战事进行到中午时，迂回的瑞士军队主力赶到，瑞士人没有依照惯例用散兵发起试探性进攻，而是直接用长矛步兵发起冲锋，面对瑞士步兵的长矛，山头下勃艮第步兵一触即溃，而此时大胆查理已经没有预备队了。此时勃艮第全线崩溃，被驱赶到穆尔滕湖边，城内的守军也开城出击，接着瑞士军队右转，打击到了还在抵抗的勃艮第的左翼。当天日落时，战场上躺着1.2万具勃艮第军队的尸体，瑞士人没有留一个俘虏，以回报大胆查理的残酷宣言。经此一战，大胆查理元气大伤，他不得不招募雇佣兵来弥补损失，而中了狡猾的路易十一的圈套。第二年他在与瑞士与洛林的联军交战中，因雇佣兵临阵倒戈导致战败，本人也命陨于战场，勃艮第公国也被法国与奥地利瓜分。
脱离帝国完全的独立法国附庸
摧毁了大胆查理的野心，瑞士人在整个欧洲赢到了勇猛善战的美名，但从某种意义上讲，瑞士人也摧毁了自己进一步扩张的可能。虽然在战场上摧毁勃艮第军队和杀死大胆查理本人的是瑞士人的长矛与战戟，但从大胆查理的死中获得最大好处的却是法王路易十一与瑞士人的死敌——哈布施堡家族的马克西米利安一世，未来的神圣罗马帝国皇帝。旁观已久的路易十一在大胆查理死后迅速出兵，占领了勃艮第公国的部分领地；而查理剩余的大部分领地则被大胆查理的女儿以提前嫁给哈布施堡家族的马克西米利安一世的办法保存了下来。
其实跟“大胆查理”一样，路易十一那个“万能蜘蛛”的绰号也恰如其分。路易十一并不是一个典型的中世纪欧洲国王，在他的一生中，几乎从未作为一个战士出现过。正如他的绰号一样，路易十一是一个阴谋家，他总是耐心地待在自己精心编织的阴谋网络的中央，等待着机会的来临。一旦敌人落入陷阱，他就会敏捷地扑上去，将猎物吸食得一干二净。在他登上王位时，接手的是一个四分五裂的王国，而当他离开人世，留给儿子查理八世的，是一个大体上统一的法国。
就这样，瓦卢瓦家族与哈布施堡家族在“大胆查理的尸体”上吃得满脑肥肠，奠定了未来近三百年欧洲大陆争霸的主旋律。不管瑞士人多么英勇善战，想要打破这个政治格局已经不可能了。
大胆查理和勃艮第公国的灭亡并不是纷争的结束。恰恰相反，随着法国的瓦卢瓦家族逐渐完成了对法国内部封建割据势力的整合，开始将目光转向外部，寻找扩张夺取霸权的机会，而意大利就成为了一个很好的目标。
在中世纪的欧洲，最富裕的地方有两个：一个是意大利，尤其是意大利北部；另一个是低地国家。尤其是前者，在西班牙与葡萄牙发现绕过好望角通往印度的新航路之前，那里是通往东方贸易的起点，由拜占庭通往黑海沿岸，乃至通往中亚草原、俄罗斯等遥远地域的古老贸易路线也经由此地，要想从埃及北非获得棉花、黄金，以及撒哈拉以南非洲的各种特产，都需要经过这里。更不要说意大利北部的波河平原是当时欧洲技术最先进、物产最发达的区域了。但与其丰饶的财富成为鲜明对比的是，意大利在政治上却一直处于四分五裂的状态，经济上的富饶与政治军事上的羸弱形成了鲜明的对比，也无怪乎法王查理八世在登基后就准备入侵意大利来宣示自己的霸权了。
瑞士人在这场大戏中一开始是作为法王的雇佣军上场的。显然，路易十一时代双方联合反对勃艮第公爵大胆查理时结下的旧谊发挥了作用。法军中的步兵几乎都是由瑞士雇佣兵组成得，显示了极强的战斗力。但由于法军树敌过多，更重要的是西班牙介入其中，最后法军只得暂时退出意大利。
1499年，瑞士人又与他们的老对头哈布施堡家族进行了最后一场战争——士瓦本战争。这场战争的起端是瑞士东北图尔高地区与相邻的德国城市为了争夺两个山隘的控制权发生了小规模冲突，这种冲突在当地很常见，但斗争的规模和强度却发展得很快，深究其背后的原因，就颇为深远了。
在前文中曾经提到，瑞士人最早起兵反抗哈布施堡家族的理由就是他们只是效忠于神圣罗马帝国皇帝，而非哈布施堡家族。这是当时欧洲城市、村社乃至弱小民族反抗贵族暴政的一个常见理由，因为远在天边的皇帝根本没有人力也没有资源来统治，托庇于皇帝麾下便能避开近在眼前的贵族。帝国皇帝也很高兴支持瑞士人反抗哈布施堡家族的战争，至少在道义上愿意给予支持，因为作为帝国皇帝肯定不喜欢一个像哈布施堡家族这样强大而又桀骜不驯的诸侯。但有一把达摩克利斯之剑始终悬在瑞士人的头顶上——假如有一天哈布施堡家族重新当选帝国皇帝，那该怎么办呢？要知道以哈布施堡家族的强大封地和实力，这几乎可以说是迟早的事情。
幸运的是，这个瑞士人的噩梦在长达一百多年的时间里始终没有出现，直到1440年哈布施堡家族的腓特烈三世登上了皇帝的宝座。瑞士人现在面临着这样一个窘境，他们与哈布施堡家族的战争变成了与帝国本身的战争。不过幸运的是，腓特烈三世有更麻烦的事情要处理，他的兄弟以及帝国内部的其他强大诸侯是更可怕的敌人，他没时间来给瑞士人找麻烦。
但是到了15世纪80年代，情况发生了变化。腓特烈三世创立了士瓦本联盟。虽然由于诸侯们的掣肘，皇帝本人对帝国的事务做不了什么，但对哈布施堡家族本身领地的整合却大有成效。加上其子马克西米利安在大胆查理的死中赢得的好处，当1493年腓特烈三世离开人世时，他不但让马克西米利安当选为神圣罗马帝国皇帝，而且还统治着所有哈布施堡家族的领地，几乎将整个瑞士邦联包围了起来：东边是蒂罗尔和福拉尔贝格，北边是前奥地利，西部是勃艮第伯国。
因此就不难理解这场战争爆发的原因了：好不容易打垮了新对头，却发现老对头不知不觉间爬到自己头上成为名义上的领主，还在地理上包围了自己，这叫瑞士人如何能接受？更糟糕的是，马克西米利安一世当上皇帝后，在帝国议会中通过决议要组建一支军队，每个帝国的辖区都必须派出一部分士兵来这支军队服役，还要缴纳人头税作为军费。无论是交钱给哈布施堡家族或者在其麾下当兵，都是瑞士人绝对不会接受的。作为报复，马克西米利安一世宣布对瑞士邦联实施帝国禁令。
战争是由一系列短促的战斗组成的，在绝大部分战斗中，瑞士人都赢得了胜利，这些经历了与勃艮第人战斗的老兵轻而易举地打败了士瓦本联盟的城市民兵，作为战争中必不可少的一部分，劫掠等其他暴行也不少。正在低地国家筹集军费和组织军队的马克西米利安一世不得不赶往士瓦本联盟协调联军，但是一个令人震惊的消息传来了，路易十二于1499年8月入侵意大利。皇帝只能尽快与瑞士人议和，否则皇帝陛下的盟友——意大利的米兰公爵卢多维科·斯福尔扎将不可能得到援兵，北意大利将会落入法国人手中。在瑞士的邦联议会上，法国人与米兰人的使节在进行着一场没有硝烟的战场，法国人希望皇帝与瑞士人达不成任何协定，而米兰人则相反。最终米兰人赢得了胜利。1499年9月22日，瑞士人与皇帝达成了和平协议。根据协议，帝国禁令被取消，马克西米利安一世放弃了一切关于瑞士联邦的权力，更重要的是，瑞士邦联的十个成员不再受“帝国法院”的管辖，这实际上标志着邦联已经脱离了神圣罗马帝国，成为了一个独立的政治实体。在接下来的时间里，瑞士人作为佣兵在受雇于欧洲各国，以他们的勇气和鲜血换取金钱。
作为一个新独立的政治实体，瑞士邦联保持着谨慎中立的政治态度，他们的士兵在战争双方的军队中都有出现。但通常来说，瑞士雇佣军保持着独立的指挥权，如果没有得到让他们满意的薪水，他们就会独自离开战场，丢下绝望的雇主。必要时他们也会独立行事，甚至甩开友军发起进攻。
1509年5月，法国在米兰附近的阿尼亚代洛一战中击败威尼斯军队，基本控制了意大利西北部之后，害怕法国变得过于强大的瑞士邦联倒向了罗马教皇、西班牙、英国组成的反法联盟，瑞士雇佣兵也离开了法国军队，成为了法军的敌人。1515年的马里尼亚诺战役中，法国的炮兵与骑兵的组合发挥了作用。在泥泞和水沟纵横的农田上，瑞士长矛兵又一次击败了德意志雇佣兵，但法国骑兵不断攻击瑞士步兵方阵的侧翼，迫使其停下脚步，法国的炮兵对静止的步兵方阵造成了巨大的杀伤，战斗陷入了胶着状态。一直持续到深夜，双方都在等待着援兵的到来。
次日清晨，战斗重启，虽然法国的骑兵已经从三面包围了瑞士人，但法国剩余的步兵已经不足以维持战线了。到了下午，法军右翼崩溃，胜利的天平已经倒向瑞士人，因为只要瑞士人从法军已经不存在的右翼迂回，法军中央阵线的全部炮兵就会落入瑞士步兵之手，失去了步兵和炮兵的支持，仅凭骑兵是不可能打败纪律森严的步兵方阵的。
但是这个时候，法国人期待已久的援兵——威尼斯从瑞士军队的背后出现了。这根最后的稻草压倒了骆驼，绝望的瑞士人一面派出一支小分队阻击威尼斯军队，同时派人与法国谈判。战斗的结果是瑞士人战死和被俘的人数超过了1.1万人，而法国人也损失了6000人。
事后法国与瑞士签订条约，瑞士军人只为法国