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国藩正可谓是咸鱼翻身，不仅扭转了颓势，而且一路急速向东推进。在曾国藩看来，如果照这个进度前进，用不了多久就可以打到南京城下。曾国藩当时颇为自信，他在给咸丰皇帝的奏报中写道：
“臣等一军，以肃清江面，直捣金陵为主。”
曾国藩俨然已经将攻取南京作为他的主要目标。但事实证明，他的自信显得有些过于轻率，因为此时真正的对手还没有正式出现在他面前，例如石达开和罗大纲。
武汉失守时，东王杨秀清命令翼王石达开和冬官正丞相率军增援。石达开深知与湘军交战，只能用计取胜而绝不能蛮干。当时为太平军制定的策略是：深挖沟，广修垒，坚壁清野以疲惫湘军，用争取主动的策略，重点消灭湘军的水师部队。为了尽可能地打击湘军水师，石达开让太平军每夜骚扰湘军水师，在岸上用火球、火箭抛掷敌船，并且在两岸设置千余人大声呼喊以虚张声势，致使湘军水师彻夜严防死守不敢怠慢，时间一长，湘军水师疲惫不堪。
石达开的侵扰水师策略，让曾国藩很是头疼。从地理位置来看，当时曾国藩已经远离了湖南老家，属于远征作战，因此曾国藩是耗不起的，于是他下令快速与太平军接战，尽快向南京进发。
对于曾国藩的意图，石达开很快便知晓了，但这位作战经验十分丰富的翼王，并没有立即选择与湘军交战，而是采取诱敌深入的策略，主动撤掉湖口的守军。他要利用曾国藩急于求战的心理，为其扎一个大口袋。
咸丰五年十二月十二日（1855年1月29日），曾国藩命令湘军水师营官萧捷三率领一百二十余艘轻便之船，从湖口深入鄱阳湖。石达开得到消息后，立即让罗大纲列阵将湖口堵塞，以断湘军的归路。深夜时分，罗大纲带领太平军火烧湘军战船，再加上岸边的士兵不断呼喊，虚张声势，造成了湘军水师极大的恐慌。太平军趁着湘军军心大乱，开始向其水师发起进攻，曾国藩在惊恐之下丢掉了自己的座船，最终败退九江。
曾国藩没有想到，这一战自己的水师居然被太平军打垮，仅剩下百余只战船，同时，九江江面上的湘军水师部队也被太平军肃清。石达开命令林启容坚守九江，然后自己带领主力部队乘胜西进，开始向湖北发动反攻。
应该说湖口之战让曾国藩重新恢复了理性，也让他认清自己打了几个胜仗，绝不意味着就可以轻易攻到南京，太平军当中还有石达开、罗大纲这样的强劲对手，更何况南京城里还有个统筹战略全局的杨秀清。因此，在水师部队损失殆尽的情况下，曾国藩决定在没有必胜的把握下不轻易与太平军接战。
曾国藩虽然有着自己的盘算，但形势并不能按照他的意志去转变。咸丰五年（1855）二月，东王杨秀清命令燕王秦日纲、“国宗”韦国俊、检点陈玉成再次进攻武昌。太平军攻势凌厉，驻守武昌的湖北巡抚陶恩培、知府多山等多名清朝大员阵亡。曾国藩看到太平军来势凶猛，稍作抵抗后便带领湘军退入南昌。咸丰皇帝闻听太平军第三次攻占武昌的消息后惊恐万分，立即以布政使胡林翼署湖北巡抚，道员李孟群署湖北按察使，并急令曾国藩立即进攻九江，以缓解武昌方面的压力。
曾国藩避战的算盘就此落空，先前他多次对咸丰皇帝的指令采取拖延之策，然而现在由于形势不同，他不能再以“水师被打残”为由而不执行皇帝陛下的命令，因为他知道由于太平军的肆虐，咸丰皇帝已经快要到了崩溃的边缘，如果自己再推拖不前，很可能会被皇帝陛下治罪。他只能牙掉了往肚子里咽，命令部将塔齐布率领陆军进攻九江，可是由于湘军仓促上阵，加上太平军守将林启容的固守，湘军在九江连吃了几个败仗，塔齐布因为久攻不下最终忧愤成疾而亡。
曾国藩不仅没能解皇帝陛下的燃眉之急，还在九江损失了一员心腹爱将，这让他备感郁闷。但是咸丰皇帝并不会理解曾国藩的苦衷，继续下令让他进攻崇阳，试图阻挡住太平军进入江西的步伐。可是由于曾国藩的消极，使得湘军在崇阳再次被太平军打败，而后一路进入江西势如破竹，攻占了八府五十余县。
气急之下的咸丰皇帝又让曾国藩协助湖北巡抚胡林翼进攻武昌。这一连串的反应和指挥，本身就是因为气急败坏而毫无章法，所以结果可想而知。咸丰六年（1856）三月，湘军将领罗泽南在武昌城下被太平军火炮击伤，不久后死去，曾国藩不得已退守南昌。他放眼四周援军无望，顿时心生哀叹：
道途久梗，呼救无从，中宵念此，魂梦屡惊。
曾国藩明白眼下由于太平军肆虐，自己的日子并不好过。事实上，远在北京城的咸丰皇帝日子同样不好过，因为当时遭遇惨败的不仅仅只有曾国藩的湘军，一直试图围攻太平天国都城天京的江南、江北大营也重蹈着曾国藩的覆辙，甚至遭遇了灭顶之灾。
5. 南北大营覆灭
当太平军在武汉决定前往南京，并一路向东推进的时候，清朝的钦差大臣向荣便一直率军紧随其后。咸丰三年（1853）二月，向荣率军进至孝陵卫，建立起了围攻天京的江南大营。
二月二十五日（4月3日），直隶总督陈金绶、内阁学士胜保带领四千清军赶赴浦口。两天后，钦差大臣琦善也带领两千清军赶到浦口。三月九日（4月16日），琦善领军在扬州城外的雷塘集扎营，陈金绶、胜保在扬州城外帽儿墩扎营，建起了与向荣对应的江北大营。
当时，咸丰皇帝得知太平天国定都南京后，对江南军事防务进行了重新部署，调福州将军怡良为两江总督，署四川总督慧成转赴徐州一带堵防，谕令内阁学士许乃钊、湖北按察使江忠源帮办向荣军务。最初在南京周围集结的清军共有四万人，后来又向江苏遣去的各省绿营及旗兵共计八万余人，围攻天京的清军部队总共达到十二万人。
由于那个时候太平天国北伐军已经到达北方，因此咸丰皇帝给清军的部署是：一方面要随时防御太平军北上；另一方面则是包围南京，伺机展开进攻。
事实上向荣虽然驻扎在孝陵卫，也挡住了太平军向东发展的道路，但他的江南大营并无夺取南京的实力。他向咸丰皇帝报告说，以他目前的兵力，阻挡太平军尚且有些把握，但是南京城实在太大，如果围攻，实力还达不到。向荣的建议是，想要拿下南京必须智取，只有实现里应外合，才有机会成功。
通过和太平军的不断交手，向荣深刻认识到，如果想攻占南京，必须首先肃清长江上的太平军。为此，他从湖南征调了十四只炮船，自己又制造了十四只，并且筹集浙江的舰艇、外国货轮四十余只，共计大小战船七十余只，算是组建起了一支水师部队。咸丰皇帝为了支持向荣的水上作战，命令两广总督叶名琛在广东招募商船北上，交付向荣使用，并让叶名琛尽可能地向外国人征用或租用火轮船，尽全力增强向荣水师的实力。可是即便这样，向荣的水师与太平军拥有九军以及万余艘战船的水师部队相比，依旧是小巫见大巫。
不过咸丰皇帝已经等不了那么长时间了，在叶名琛征调的火轮船刚刚到位后，他就急令向荣发动对南京的进攻。他在五月二十九日（7月5日）的谕令中有这样一段话：
……总之，若能迅克金陵，则汝功最大，前罪都无；若仍吃紧时巧为尝试，则汝之罪难宽，朕必杀汝。凛之！
从这段话我们可以看出，咸丰皇帝当时已经心理失衡到什么程度，一个即将要对敌方的都城发起进攻的将领，居然承受着来自本方皇帝陛下施加的生命威胁，可想而知，向荣当时的心理会是一种什么状态。
向荣已经没有其他道路可选，前方就算是万丈悬崖他也必须前行。因此他在六月二日（7月7日）接到咸丰皇帝的谕令后，立即挑选精兵三千余人，佯攻南京朝阳门，暗中向太平门发起进攻；次日又偷袭朝阳门，均被太平军击退。七月五日（8月9日），向荣又偷袭汉西门未成，次日进攻雨花台、朝阳门均被打败。七月二十二日（8月26日），署江宁将军苏布通阿和总兵秦定三督兵进攻雨花台，也被太平军击退。
八月十七日（9月19日），向荣改变策略，不再实行强攻，而是让士兵改装易服，冒充赶集人，挑着鸡鸭鱼肉等，混入神策门外的买卖街，拟定以放火为号，趁着早市人多之际，偷袭神策门外的太平军营垒。可是由于放火的士兵与进攻的士兵配合不默契，结果被城楼上的太平军发现，城上顿时众炮齐发，清军抵挡不住只得撤回大营。
向荣的江南大营当时本就兵力不多，上述这一连串的进攻都被击败，就已经印证了向荣所说的—阻挡太平军尚有把握，而攻占南京城则无把握。可是咸丰皇帝并不这样想，他在十二月五日（1854年1月3日）的上谕中措辞十分严厉：
向荣自抵军营以来，实在与贼接仗，仅止钟山与七桥瓮两次。嗣后迭次奏报，非言攻战之难，即铺张进攻之法，究竟数月以来，从未见一真实胜仗。
总由骄滑之习，横结于中，不知悛改，殊堪痛恨！向荣接奉此旨，若再不迅速进攻，仍前迁延观望，国法具在，必当立置重典，断不能以东南暂保无事，遂从宽宥也。
在咸丰皇帝看来，自己对向荣已经给予了足够的耐心，如果不是向荣已经尽心进攻南京城，恐怕咸丰皇帝早已将其治罪。然而站在向荣的角度，江南大营的确是困难重重。
当时向荣除了要顾及南京之外，还得派兵增援镇江、上海，甚至援救江西和扬州，因为这些地方此时都在遭受着太平军的侵扰。到了咸丰三年（1854）十月的时候，向荣军只剩下万余人，真正能够上阵作战的也就几千人而已。向荣斗胆向咸丰皇帝奏请将江北大营的瞿腾龙部队的两千人中，拨给自己一千人使用。
咸丰皇帝断然拒绝，他认为向荣的这个请求，是削弱江北大营的愚蠢想法。江北大营一旦削弱，太平军就又有可能挥师北上，到时京畿地区受到威胁，向荣承担得了这个责任吗？因此他痛斥向荣说：
汝自广西追贼至江南，徒费多兵，未见有尺寸之功，尚何面目拨江北之兵？断不准行，汝必要江北兵，可将汝首送来。
咸丰皇帝的话让向荣无地自容，吓得他立即上表请罪，此后不敢再提请拨江北之兵的事。可是随着战局的发展，江南大营的兵力越来越捉襟见肘，向荣感觉自己的前途十分暗淡，也暗自埋怨皇帝陛下为什么如此不理解自己。他或许并不知道，江北大营也存在着诸多问题。
江北大营最初的最高指挥官是钦差大臣琦善，直隶提督陈金绶帮办军务，大营成立不久后就开始围攻扬州。咸丰三年（1853）十一月，太平军扬州守军在清军的极大压力下，在曾立昌、陈世保的指挥下冲出扬州，与赖汉英、黄生才等援军会合南走瓜州。琦善随后领军进入扬州，实际上是占了一座空城。
咸丰皇帝得到消息后，发出上谕，对琦善围攻扬州那么长时间最后仅是得到一座空城，表示极为不满，将琦善、陈金绶等一干人革职留营效力。那段时期琦善虽然丢了职位，但毕竟还能利用自己的威望统领着江北大营的军务。
次年江北大营便发生了人事变化。咸丰四年（1854）二月，琦善领兵进攻瓜州，遭到了太平军的顽强抵抗，总兵瞿腾龙战死，琦善因为战事颇为不顺也身染重病，半年后死于军中。咸丰皇帝以前任江宁将军托明阿为钦差大臣，督办扬州军务。托明阿就这样成了江北大营的第二任主帅。
身为满洲旗人的托明阿，也算是一员能征善战的勇将，历任参将、副将、总兵、提督、将军等职。咸丰三年（1853）他奉命领军援救安徽滁州，堵截太平天国北伐军，而后又尾追北伐军至河南、山西、直隶等地，因为作战负伤不得已解职休养。咸丰四年（1854）二月伤愈后，赴直隶僧格林沁军营帮办军务，奉命围攻阜城、东光、连镇，为镇压太平天国北伐军立下功劳。七月，托明阿被咸丰皇帝任命为钦差大臣后，就赶往扬州督办军务。咸丰皇帝特意下谕令，让他悉心筹划，与陈金绶等人全力配合镇压太平军，尤其要与江南大营的向荣经常联络，万万不可心存成见。
咸丰皇帝的谕令就如同一个预言，或许他对自己的臣子实在过于了解，所以才特意给托明阿下了这样一道谕令。后来的事实证明，托明阿仰仗自己镇压太平天国北伐军的那点儿功劳，丝毫不把向荣等人放在眼里，不仅没和向荣建立联络，而且对自己驻守的扬州地区也疏于防备。
早在咸丰三年（1853）的时候，因为上海小刀会的起义，内阁学士许乃钊因在上海镇压不利而被革职处分，咸丰皇帝以吉尔杭阿署江苏巡抚。咸丰五年正月一日（1855年2月17日），吉尔杭阿在法军提督拉尼尔的协助下，费尽九牛二虎之力终于拿下了上海，小刀会领导人刘丽川带领贴身的二百名卫兵想要从虹桥突围，最终寡不敌众战死，小刀会起义被镇压下去。
咸丰皇帝随后让吉尔杭阿奔赴江南大营帮办军务，这样一来就为向荣增添了一些实力。可是好景不长，咸丰五年（1855）十一月，咸丰皇帝不知出于什么意图，谕令吉尔杭阿移兵进攻镇江，试图切断镇江太平军守军与外界的联系。可是太平天国燕王秦日纲看出其意图，立即增兵镇江，当时已经升任冬官正丞相的陈玉成带领先锋部队一举冲过清军防线，与镇江守将殿左五检点吴如孝会师，成功建立了与镇江之间的协防战线。
咸丰六年（1856）二月，秦日纲与镇江城内守军内外夹攻